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基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现
引用本文:苏振强,廖晨钟,谢爱华,鲁先平,石乐明. 基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现[J]. 计算机与应用化学, 2003, 20(5): 556-562
作者姓名:苏振强  廖晨钟  谢爱华  鲁先平  石乐明
作者单位:深圳微芯生物科技有限责任公司,广东,深圳,518057;深圳微芯生物科技有限责任公司,广东,深圳,518057;中国科学院过程工程研究所多相反应重点实验室,北京,100080
基金项目:国家863高新技术研究发展计划资助项目(2002AA234021,2002AA234041,2002AA104270,2002AA223146),广东省2002年生物技术新药-抗Ⅱ型糖尿病Ⅰ类新药开发项目,深圳市药物创新平台与新药开发项目
摘    要:设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法。结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索。在此基础上,针对美国NCl(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验。结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合。这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统——TASS(Target Activity Structure System)中。

关 键 词:化学结构数据库  VF2算法  结构检索  Oracle  药物开发  化学基因组学
文章编号:1001-4160(2003)05-556-562
修稿时间:2003-06-11

An oralce database for efficient storage and retrieval of chemical structure data
SU Zhen-Qiang,LIAO Chen-Zhong,XIE Ai-Hua,LU Xian-Ping,SHI Le-Ming. An oralce database for efficient storage and retrieval of chemical structure data[J]. Computers and Applied Chemistry, 2003, 20(5): 556-562
Authors:SU Zhen-Qiang  LIAO Chen-Zhong  XIE Ai-Hua  LU Xian-Ping  SHI Le-Ming
Abstract:A schema for efficient storage and retrieval of chemical structure data based on Oracle database was designed and implemented. The VF2 graph matching algorithm on which the chemical structure search system was based has been modified and extended appropriately. A database containing 250, 251 2D chemical structure data from the U. S. NCI (National Cancer Institute) was created successfully for testing. The experiments demonstrate that the chemical structure information can be stored effectively and retrieved easily. Importantly, this information can be integrated easily with other types of data, e. g. high throughput screen data and global gene expression profiling data, typically generated in drug discovery and development processes. Therefore, such data system will enable rapidly and efficiently information-mining needs of pharmaceutical R&D. The improved version of this design has been integrated into Chipscreen s TASS (Target Activity Structure System) , which can be used as an integrated biochemoinformatics software system for pharmaceutical R&D.
Keywords:chemical structure database   VF2 algorithm   structure search   oracle   drug discovery   chemical genomics  
本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录!
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