| 基于OpenMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化 |
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| 作者姓名： | 白明泽 程丽豆育升 孙世新 |
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| 作者单位： | 1. 电子科技大学 计算机科学与工程学院,成都 610054
2. 重庆邮电大学 高性能计算与应用研究所,重庆 400065
3. Department of Physical Sciences, Nicholls State University, Thibodaux, Louisiana 70310, USA |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(61070090) |
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| 摘 要： | 为提高分子动力学模拟在共享内存式服务器上的计算速度,对基于OpenMP的分子动力学并行算法(Critical方法)进行了性能分析与优化。通过在多核服务器上的测试,以及加速比和并行效率的计算分析了Critical方法的并行性能,进而提出优化的三角形方法。所提方法中每个线程所计算的粒子数固定,且粒子数目呈阶梯状上升,使得各线程能够错时到达临界区。从而使程序在临界区的闲置时间比Critical方法减半,加速比明显提高。
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| 关 键 词： | 分子动力学 并行计算 多核中央处理器 OpenMP 临界区 |
| 收稿时间： | 2011-07-13 |
| 修稿时间： | 2011-09-11 |
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