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| 神威太湖之光上分子动力学模拟的性能优化 | |
| 作者姓名： | 田卓 陈一峯 |
| 作者单位： | 北京大学信息科学与技术学院,北京 100871 |
| 基金项目： | 国家重点研发计划（2017YFB0202001）;国家自然科学基金（61432018,61672208） |
| 摘 要： | "神威·太湖之光"国产超级计算机的特点是适用于高通量计算系统,此类系统往往存储器访问延迟,网络延迟较长.在实际应用中,有一大类问题是时间演化的模拟问题,往往需要高频状态迭代,每次迭代需要通信.此类应用问题的典型代表是分子动力学模拟,分子的性质依赖于时间演化,导致状态相关的时间尺度上难以并行化.实际应用中,全原子模型需要... |
| 关 键 词： | 神威太湖之光 分子动力学 迭代 异构 同步 |
| 收稿时间： | 2018-11-08 |
| 修稿时间： | 2019-10-25 |
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