| BioSeg：一个生物序列数据模型 |
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| 引用本文： | 朱扬勇,熊赟.BioSeg：一个生物序列数据模型[J].计算机科学与探索,2008,2(1):77-96. |
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| 作者姓名： | 朱扬勇 熊赟 |
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| 作者单位： | 1. 复旦大学,计算机与信息技术系,上海,200433;上海生物信息技术研究中心,上海,201203
2. 复旦大学,计算机与信息技术系,上海,200433 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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国家高技术研究发展计划(863计划) |
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| 摘 要： | 生物序列数据的表达和存储是生物序列数据处理的关键。当前的数据库管理系统不能有效地支持生物序列数据类型和操作，人们不得不用文本数据类型或直接使用文本文件存储生物序列数据。这种状况造成了生物序列比对、模式发现等数据处理的低效率。研究了生物序列数据的特征，分析并归纳了用户对生物序列数据的查询需求，提出了一个新的生物序列数据模型BioSeg。BioSeg模型由描述部分和多维数组组成，描述部分表示生物序列注释和其他相关信息，多维数组表示具体序列（如DNA序列“ATCCCGTA”）。BioSeg模型提供了实现生物序列数据查询的代数操作。相对于生物序列数据的文本存储方式，BioSeg模型提供的数据查询具有良好的效率和灵活性。
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| 关 键 词： | 生物序列 数据库管理系统 数据模型 生物信息学 |
| 修稿时间： | |
BioSeg:a biological sequence data model |
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| ZHU Yangyong,XIONG Yun.BioSeg:a biological sequence data model[J].Journal of Frontier of Computer Science and Technology,2008,2(1):77-96. |
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| Authors: | ZHU Yangyong XIONG Yun |
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| Affiliation: | 1. Department of Computer and Information Technology， Fudan University， Shanghai 200433， China 2. Shanghai Center for Bioinformation Technology， Shanghai 201203， China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Biological Sequence Database Management System （DBMS） data model Bioinformatics |
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