| 基于Level Set曲面的蛋白质分子场特征分析 |
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| 引用本文： | 韩玮,金志栋,汪莉,彭群生. 基于Level Set曲面的蛋白质分子场特征分析[J]. 计算机辅助设计与图形学学报, 2008, 20(9) |
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| 作者姓名： | 韩玮 金志栋 汪莉 彭群生 |
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| 作者单位： | 浙江大学CAD,&,CG国家重点实验室,杭州,310058;浙江大学数学科学研究中心,杭州,310027;浙江大学CAD,&,CG国家重点实验室,杭州,310058 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，浙江省杰出青年团体项目 |
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| 摘 要： | 阐述了利用Level Set模型抽取并分析蛋白质分子场特征方面的工作.从蛋白质分子结构出发,基于分子力学和分子动力学理论计算得到蕴含丰富生化信息的分子场数据;设计了一种有效的Level Set模型揭示分子场能量突变区域;进而构造体特征函数,抽取并分析Level Set曲面的拓扑结构特征;最后对同一蛋白质不同状态下的LevelSet曲面进行多属性比对.采用文中方法可成功地抽取蛋白质分子场的重要特征,所抽取的特征与已有生物学结论一致,如DPS蛋白质与铁离子结合的空腔区域、HIV-1蛋白酶内部的水分子排出通道,以及HIV-1蛋白酶在水溶液中进行SMD模拟时的生物活性变化等.
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| 关 键 词： | 分子场 特征分析 Level Set曲面 多属性比对 |
Exploring the Features of the Macromolecule Field with Level Set Surfaces |
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| Han Wei,Jin Zhidong,Wang Li,Peng Qunsheng. Exploring the Features of the Macromolecule Field with Level Set Surfaces[J]. Journal of Computer-Aided Design & Computer Graphics, 2008, 20(9) |
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| Authors: | Han Wei Jin Zhidong Wang Li Peng Qunsheng |
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| Affiliation: | Han Wei1,2) Jin Zhidong1) Wang Li1) Peng Qunsheng1)1)(State Key Laboratory of CAD & CG,Zhejiang University,Hangzhou 310058)2)(Center of Mathematical Sciences,Hangzhou 310027) |
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| Abstract: | This paper introduces the research on the feature extraction and analysis of molecular field with level set methods. We evaluate the molecular field of a protein according to the molecular mechanics and molecular dynamic mechanics; then develop a novel variational formulation of the geometric active contour to extract the feature of molecular field; and propose a volume feature extraction function to detect the topological features imbedded in the level set surfaces; Finally, we explore multiple attributes ... |
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| Keywords: | molecular field feature analysis Level Set surfaces multiple attributes |
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