| 基于GPU的分子动力学模拟并行化及实现 |
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| 作者姓名： | 费辉 张云泉 王可 许亚武 |
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| 作者单位： | (中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室 北京 100190);
(中国科学院软件研究所计算机科学国家重点实验室 北京 100190);
(中国科学院研究生院北京100190)3(广州大学网络与现代教育技术中心 广州 510006) |
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| 基金项目： | 本文受国家863计划项目(2006AA01A125,2009AA01A129,2009AA01A134) ,国家重大专项核高基项目(2009ZX01036-001-002)资助。 |
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| 摘 要： | 分子动力学模拟作为获得液体、固体性质的重要计算手段,广泛应用于化学、物理、生物、医药、材料等众多领域。模拟体系的复杂性和精确性的需求,使得计算量巨大,耗费时间长。并行计算是加速大规模分子动力学模拟的霍要途径。GPU以几百GFlops甚至上I}Flops的运算能力,为分子动力学模拟等的计算密集型应用提供了新的加速方案。提出了一种基于GPU的分子动力学模拟并行算法—oApT-AD,并在OpenCL和CUDA框架下加以实现。,r}能测试显示,在Tesla C1060显卡上,该算法在OpcnCL框架下的实现相对于CPU的串行实现,最高达到120倍加遥比。通过对比发现,该算法在CUDA上的性能与()pcnCI、基本相当。同时,该算法还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。
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| 关 键 词： | 分子动力学 GPU OpcnCL CUDA 原子分解法 |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
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