图自动编码器上二阶段融合实现的环状RNA-疾病关联预测

大部分现有的用于预测环状RNA(circRNA）与疾病之间关联关系的计算模型通常使用circRNA和疾病相关数据等生物学知识，配合已知的circRNA-疾病关联信息对来挖掘出潜在的关联信息。然而这些模型受已知关联构成的网络稀疏性、负样本过少等固有问题的影响，导致预测性能不佳。因此，在图自动编码器基础上引入归纳式矩阵补全及自注意力机制进行二阶段融合，以实现circRNA-疾病关联预测，由此构建的模型叫GIS-CDA (Graph auto-encoder combining Inductive matrix complementation and Self-attention mechanism for predicting Circ RNA-Disease Association）。首先，计算circRNA集成和疾病集成的相似性，并利用图自动编码器学习circRNA和疾病的潜在特征，以获得低维表征；接着，将学习到的特征输入归纳式矩阵补全，以提高节点之间的相似性和依赖性；然后，将circRNA特征矩阵和疾病特征矩阵整合为circRNA-疾病特征矩阵，以增强预测的稳定性和精确性；最后，引入...