组织中全基因组DNA甲基化的液相色谱-串联质谱分析

建立液相色谱-串联质谱测定组织中全基因组DNA甲基化水平的方法。采用苯酚氯仿提取组织DNA,提取的DNA用88%甲酸在140℃下裂解,DNA裂解液加入同位素胞嘧啶作内标,经N2吹干后,用甲醇溶解,以液相色谱-串联质谱检测胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的含量,并计算全基因组中DNA甲基化的水平。结果表明,胞嘧啶的线性范围为1~100μg.L-1,相关系数为0.997 4,相对标准偏差为0.70%~4.09%;5-甲基胞嘧啶的线性范围为1~50μg.L-1,相关系数为0.994 8,相对标准偏差为0.60%~4.81%。胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的检出限为1 pg,日内相对标准偏差为1.86%~4.67%,日间相对标准偏差为3.72%~4.68%,胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的加样回收率为86.52%~105.14%。本研究所建立的方法检测组织中DNA甲基化程度,具有专一性强、操作简便的优点,能较好的满足全基因组DNA甲基化检测的要求。