| 基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法 |
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| 作者姓名： | 刘琦 张引 叶修梓 俞荣栋 |
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| 作者单位： | 1．浙江大学 沃森基因组科学研究院,浙江 杭州 310008;2．浙江大学 生命科学学院,浙江 杭州 310027;
3．浙江大学 计算机科学与技术学院,浙江 杭州 310027 |
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| 摘 要： | 针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法,提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法,利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA phe、PSTV、poliovirus mutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析,表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量,同样取得了不错的效果.
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| 关 键 词： | RNA二级结构 相似度 奇异值分解 特征提取 |
| 文章编号： | 1008-973X（2007）08-1249-06 |
| 修稿时间： | 2006-04-26 |
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