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面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究
引用本文:徐琳,李晓民,谭光明,刘新春,卜东波,冯圣中,孙凝晖. 面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究[J]. 计算机学报, 2006, 29(2): 233-238
作者姓名:徐琳  李晓民  谭光明  刘新春  卜东波  冯圣中  孙凝晖
作者单位:中国科学院计算技术研究所国家智能中心,北京,100080;中国科学院研究生院,北京,100039;中国科学院计算技术研究所国家智能中心,北京,100080
基金项目:中国科学院知识创新工程项目;中国科学院资助项目
摘    要:
动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率,在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGAPE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础。

关 键 词:RNA  二级结构预测  FPGA  并行  流水
收稿时间:2004-12-06
修稿时间:2004-12-062005-09-28

FPGA-Oriented Fine-Grained Algorithm for RNA Secondary Structure Prediction
XU Lin,LI Xiao-Min,TAN Guang-Ming,LIU Xin-Chun,BU Dong-Bo,FENG Sheng-Zhong,SUN Ning-Hui. FPGA-Oriented Fine-Grained Algorithm for RNA Secondary Structure Prediction[J]. Chinese Journal of Computers, 2006, 29(2): 233-238
Authors:XU Lin  LI Xiao-Min  TAN Guang-Ming  LIU Xin-Chun  BU Dong-Bo  FENG Sheng-Zhong  SUN Ning-Hui
Affiliation:1.National Research Center for lntelligent Computing Systems, Institute of Computing Technology Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080;2.Graduate School of the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100039
Abstract:
Dynamic programming is the most important algorithm in RNA secondary structure prediction. This paper proposes a fine-grained parallel algorithm by blocking the dynamic pro gramming matrix. By the analysis to the data-dependence, the authors introduce pipeline to im prove the efficiency of algorithm. They validate the correctness through clock-level simulator and obtain a series of result about speedup, bubble ratio and storage access bandwidth. They deter mine some basic parameters for FPGA and settle the foundation of FPGA realization.
Keywords:RNA  FPGA
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