| 子结构检索中关系数据库插件的使用和效率 |
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| 引用本文： | 王玉玲,吴昊,温浩.子结构检索中关系数据库插件的使用和效率[J].计算机与应用化学,2011,28(11). |
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| 作者姓名： | 王玉玲 吴昊 温浩 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室,北京,100190;中国科学院研究生院,北京,100049
2. 中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室,北京,100190 |
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| 基金项目： | 中国科学院信息化专项资助项目(INF-115-C01-SDB3-03) |
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| 摘 要： | 采用关系数据库插件能够实现化合物描述符(FingerPrint)的生成、建立索引和化合物的子结构检索。本文以PubChem有机化合物Molfile为数据源,在Oracle关系数据库上分别安装插件OrChem(JAVA)和Bingo(C~(++))构建了化合物分子结构数据库。本文从FingerPrint的构成和索引策略两方面讨论了OrChem和Bingo的主要差异,并选取10个特征化合物进行子结构检索测试。对存储40万种化合物的分子结构数据库的测试结果显示,OrChem可满足用户检索响应,Bingo则更为快捷。对于存储2600万种化合物的分子结构数据库,针对Bingo通过优化Oracle数据库内存管理、数据表结构、子结构预筛选参数,实现了满足用户的高效检索。
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| 关 键 词： | 分子结构数据库子结构检索 关系数据库插件 预筛选 |
Relational database cartridges and their efficiency in chemical sub-structure searching |
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| Wang Yuling,Wu Hao,Wen Hao.Relational database cartridges and their efficiency in chemical sub-structure searching[J].Computers and Applied Chemistry,2011,28(11). |
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| Authors: | Wang Yuling Wu Hao Wen Hao |
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| Affiliation: | Wang Yuling~(1,2),Wu Hao~1 and Wen Hao~1 (1.State Key Laboratory of Multiphase Complex Systems,Institute of Process Engineering,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100080,China,yulingwang@home.ipe.ac.cn) (2.Graduate University of the Chinese,Academy of Sciences,Beijing,100049,China) |
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| Abstract: | Relational database cartridge provides FingerPrint generation,indexing and molecular substructure searching.Two Oracle database cartridges,OrChem(JAVA) and Bingo(C~(++)),are used in this work to develop the molecular structure database and its sub-structure search system with PubChem organic compound Molfile data.Differences between OrChem and Bingo on FingerPrint and Index strategy were discussed for 2-dimensional sub-structure searching.The efficiency of OrChem and Bingo on sub-structure searching was tes... |
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| Keywords: | molecular structure database substructure searching relational database cartridges pre-screening |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
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