| 应用符号动力学原理实现RNA二级结构的相似性分析 |
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| 引用本文： | 田逢春,王世元,王嘉,刘晓.应用符号动力学原理实现RNA二级结构的相似性分析[J].计算机研究与发展,2013,50(2):445-452. |
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| 作者姓名： | 田逢春 王世元 王嘉 刘晓 |
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| 作者单位： | 1. 重庆大学通信工程学院 重庆 400044
2. 重庆大学通信工程学院 重庆 400044;西南大学电子信息工程学院 重庆 400715 |
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| 基金项目： | 中央高校基本科研业务费专项项目(CDJXS10160001);国家自然科学基金项目(61001157,61101232);西南大学博士基金项目(SWU111027) |
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| 摘 要： | 基于符号动力学原理,提出了一种新的RNA二级结构序列的图形表示方法.通过生物信息和自由能两种信息,该图形表示方法将RNA二级结构序列中的自由基和碱基对分别映射成两类时间序列.这种映射方法不仅能够在转换过程中不丢失任何数据信息,而且在二维图形中也能够清楚地识别配对碱基所在的区域.基于该图形表示方法对二级结构的表示结果构建特征矩阵.进一步由该特征矩阵的最大特征值组成用于相似性分析的向量.采用新的相似性分析方法,分别从时域和频域对不同病毒在3’末端的RNA二级结构序列集合进行定性和定量的相似度分析.仿真结果表明,该方法能够有效地实现RNA二级结构序列的相似度分析.与其他方法相比,新方法所得结果中数值差值较大,有利于区分不同物种.
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| 关 键 词： | RNA二级结构 相似性分析 图形表示 符号动力学 离散傅里叶变换 |
Similarity Analysis of RNA Secondary Structure with Symbolic Dynamics |
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| Tian Fengchun
,
Wang Shiyuan
,
Wang Jia
,
Liu Xiao.Similarity Analysis of RNA Secondary Structure with Symbolic Dynamics[J].Journal of Computer Research and Development,2013,50(2):445-452. |
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| Authors: | Tian Fengchun Wang Shiyuan Wang Jia Liu Xiao |
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| Affiliation: | 1(College of Communications Engineering, Chongqing University, Chongqing 400044) 2(School of Electronic and Information Engineering, Southwest University, Chongqing 400715) |
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