| nr数据库分析及其本地化 |
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| 引用本文： | 邓泱泱,荔建琦,吴松锋,朱云平,陈耀文,贺福初.nr数据库分析及其本地化[J].计算机工程,2006,32(5):71-73,76. |
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| 作者姓名： | 邓泱泱 荔建琦 吴松锋 朱云平 陈耀文 贺福初 |
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| 作者单位： | 1. 汕头大学人工智能与模式识别实验室,汕头,515063
2. 北京放射医学研究所系统生物学实验室,北京100850 |
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| 基金项目： | 国家科技攻关项目;科技部科研项目;北京市科委科技计划项目;中国科学院资助项目 |
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| 摘 要： | 通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较，论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上，设计方案实现了nr数据库的本地化，对nr数据库的记录进行了统计分析，提供了数据库的内部访问，为蛋白质拄释系统整合nr数据库做好了第一步工作。
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| 关 键 词： | 蛋白质序列数据库 序列比对 蛋白质 |
| 文章编号： | 1000-3428（2006）05-0071-03 |
| 收稿时间： | 2005-03-07 |
| 修稿时间： | 2005-03-07 |
Integrated nr Database in Protein Annotation System and Its Localization |
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| DENG Yangyang,LI Jianqi,WU Songfeng,ZHU Yunping,CHEN Yaowen,HE Fuchu.Integrated nr Database in Protein Annotation System and Its Localization[J].Computer Engineering,2006,32(5):71-73,76. |
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| Authors: | DENG Yangyang LI Jianqi WU Songfeng ZHU Yunping CHEN Yaowen HE Fuchu |
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| Affiliation: | 1. Laboratory of Artificial Intelligence and Pattern Recognize, Shantou University, Shantou 515063 ; 2. Laboratory of System Biology, Beijing Institute of Radiation Medicine, Beijing 100850 |
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| Abstract: | Comparing the nr database with the IPI database by using NCBI blastp program to align human protein sequences, this paper provides an evidence of necessity of integrating the nr database in the protein annotation system. Then it localizes the nr database, provides its statistical information and local service, gets the annotation information source ready for the protein annotation system. |
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| Keywords: | Protein sequence database Sequence alignment Protein annotation Localization |
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