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| 基于局部结构交互的RNA假结预测 | |
| 引用本文： | 刘元宁,艾露露,段云娜,李誌,田明尧,张浩.基于局部结构交互的RNA假结预测[J].吉林大学学报(工学版),2015,45(2):613-618. |
| 作者姓名： | 刘元宁 艾露露 段云娜 李誌 田明尧 张浩 |
| 作者单位： | 1. 吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012;吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室,长春130012 2. 长春理工大学应用技术学院,长春,130022 3. 军事医学科学院军事兽医研究所,长春,130122 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(60971089) |
| 摘 要： | 基于RNA局部结构间的交互作用,提出一种含假结的RNA二级结构预测新方法LIFold。对给定的RNA序列,首先通过能量计算得到不含假结的能量最优结构,然后应用局部结构交互配对生成假结茎区,在已得到的最优结构基础上构建含假结的能量计算模型,最后通过优化算法得到含假结的RNA二级结构。应用该方法基于HotKnots测试数据的敏感性和阳性预测值(PPV)分别达到84%和80%,基于PseudoBase数据库测试数据的敏感性和阳性预测值分别达到78%和73%,与HotKnots、ILM、PknotsRG、IPknot及FlexStem等知名软件相比较,准确率均有所提高。 |
| 关 键 词： | 计算机应用 RNA二级结构 假结 最小自由能 交互配对 |
RNA pseudoknot prediction based on local structure interaction |
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| LIU Yuan-ning , AI Lu-lu , DUAN Yun-na , LI Zhi , TIAN Ming-yao , ZHANG Hao.RNA pseudoknot prediction based on local structure interaction[J].Journal of Jilin University:Eng and Technol Ed,2015,45(2):613-618. | |
| Authors: | LIU Yuan-ning AI Lu-lu DUAN Yun-na LI Zhi TIAN Ming-yao ZHANG Hao |
| Affiliation: | LIU Yuan-ning;AI Lu-lu;DUAN Yun-na;LI Zhi;TIAN Ming-yao;ZHANG Hao;College of Computer Science and Technology,Jilin University;Symbol Computation and Knowledge Engineering of Ministry of Education,Jilin University;College of Applied Technique,Changchun University of Science and Technology;Military Veterinary Institute,Academy of Military Medical Science; |
| Abstract: | |
| Keywords: | computer application RNA secondary structure pseudoknot minimal free energy pairing interaction |
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