| 序列拼装程序的并行化研究与实现 |
| |
| 引用本文： | 蔡立志,童维勤,廖文昭.序列拼装程序的并行化研究与实现[J].计算机工程与应用,2003,39(14):105-107. |
| |
| 作者姓名： | 蔡立志 童维勤 廖文昭 |
| |
| 作者单位： | 上海大学计算机学院,上海,200072 |
| |
| 基金项目： | 上海市教委曙光计划资助(编号:2000SG40)项目 |
| |
| 摘 要： | 基因序列拼装是分子生物研究的重要环节之一。随着DNA序列的快速增长,如何提高基因序列拼装的速度,成为当前基因组研究的重要问题。为充分利用SMP以及集群的资源,在找出Phrap程序的瓶颈后,分别在SUNEnterprise3500及集群上将串行的Phrap程序进行了并行化。论文论述实现并行拼接程序的机理和性能。
|
| 关 键 词： | 并行化 序列拼装 消息传递 |
| 文章编号： | 1002-8331-(2003)14-0105-03 |
| 修稿时间： | 2002年4月1日 |
Parallelization of Gene Sequence Assembly Program |
| |
| CaiLizhiTongWeiqinLiaoWenzhao.Parallelization of Gene Sequence Assembly Program[J].Computer Engineering and Applications,2003,39(14):105-107. |
| |
| Authors: | CaiLizhiTongWeiqinLiaoWenzhao |
| |
| Abstract: | Gene sequences asse mb ly plays a vital role in molecular biology research.As the amount of DNA data in-creases rapidly,how to improve the speed of sequence assembly becomes a ke y topic in genomics research community.In order to utilize the resource of SMP and cluster fully,after finding the bottleneck of the performance of Phrap,th e authors have developed a parallel assemble program on sun Enterprise3500an d cluster respectively through assigning tasks to different processors.This pa per describes the implementation and the performance of it. |
| |
| Keywords: | paralleli zation sequences assembly message passing |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
