| 隐马尔可夫模型的多序列比对研究 |
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| 引用本文： | 罗泽举,宋丽红.隐马尔可夫模型的多序列比对研究[J].计算机工程与应用,2010,46(7):171-174. |
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| 作者姓名： | 罗泽举 宋丽红 |
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| 作者单位： | 1. 重庆工商大学长江上游经济研究中心,重庆,400067;重庆工商大学计算机科学与信息工程学院,重庆,400067
2. 重庆工商大学经济管理实验教学中心,重庆,400067 |
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| 基金项目： | 国家“十一五”科技支撑计划重大项目资助No.2006BAJ05A06;;重庆市科委自然科学基金(No.2007BB2205);;重庆市科委重点攻关项目(No.2008AC0043)~~ |
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| 摘 要： | 研究一种关于隐马尔可夫模型的多序列比对，利用值和特征序列的保守性，通过增加频率因子，改进传统隐马尔可夫模型算法的不足。实验表明，新算法不但提高了模型的稳定性，而且应用于蛋白质家族识别，平均识别率比传统隐马尔可夫算法提高了3.3个百分点。
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| 关 键 词： | 隐马尔可夫模型 多序列分析 蛋白质识别 |
| 收稿时间： | 2008-9-17 |
| 修稿时间： | 2008-12-15
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Multiple sequence analysis of hidden Markov model |
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| LUO Ze-ju,SONG Li-hong.Multiple sequence analysis of hidden Markov model[J].Computer Engineering and Applications,2010,46(7):171-174. |
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| Authors: | LUO Ze-ju SONG Li-hong |
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| Affiliation: | LUO Ze-ju,SONG Li-hong 1.Research Center of the Economy of the Upper Reaches of Yangtze River,Chongqing Technology , Business University,Chongqing 400067,China 2.School of Computer Science & Information Engineering,China 3.Economics , Management Center,China |
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| Abstract: | A new multiple sequence alignment about Hidden Markov Models(HMMs) is researched,using the conservative feature of L value and consensus sequence,by increasing frequency factor,traditional HMMs learning algorithm is improved.Experiment indicates that not only the stability of the model is improved,but also a average improvement of 3.3% is achieved for protein family recognition by comparing the new algorithm with the traditional one. |
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| Keywords: | hidden markov models multiple sequence analysis protein recognition |
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