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PCA技术在二硫键连接模式预测中的应用研究
引用本文:裔东亮,朱林,杨杰,沈红斌.PCA技术在二硫键连接模式预测中的应用研究[J].计算机仿真,2010,27(2):218-220,298.
作者姓名:裔东亮  朱林  杨杰  沈红斌
作者单位:上海交通大学图像处理与模式识别研究所,上海,200240
基金项目:国家自然科学基金(60704047)
摘    要:关于二硫键是由蛋白质的两个半胱氨酸之间配对形成的一种共价键,可以存在于同一条蛋白质多肽键内,也可以存在于不同的多肽键之间。二硫键的形成是蛋白质折叠过程中的重要步骤,同时影响蛋白质折叠的速率和途径。因此利用计算机方法预测二硫键连接模式有非常晕要的意义。采用一种新的方法预测二硫键连接模式。结合序列多重特征向量和通过PSIPRED得出的二级结构预测信息。由于原方法会产生高维数据,使用PCA进行降维,在降维后的低维数据上采用支持向量回归技术(SVR)来预测二硫键连接模式。结果显示,上述方法提高了预测精度。

关 键 词:二硫键  主分量分析  支持向量回归

PCA for Prediction of Disulfide Connectivity Patterns
YI Dong-liang,ZHU Lin,YANG Jie,SHEN Hong-bing.PCA for Prediction of Disulfide Connectivity Patterns[J].Computer Simulation,2010,27(2):218-220,298.
Authors:YI Dong-liang  ZHU Lin  YANG Jie  SHEN Hong-bing
Affiliation:Institute of Image Processing and Pattern Recognition/a>;Shanghai Jiao Tong University/a>;Shanghai 200240/a>;China
Abstract:Disulfide bonds are primary covalent crosslinks between two cysteine residues in proteins,it can occur in a protein peptide bond or between different protein peptide bonds.To many proteins,disulfide connectivity is the character of the final folding protein structure.It's an important step for the folding of proteins and it also affects the folding rate and way.Therefore,there is a great need to develop computational methods capable of accurately predicting disulfide connectivity patterns in proteins that h...
Keywords:Disulfide bonds  PCA  SVR  
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