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单体型组装问题计算模型的比较与分析
引用本文:周伟,王建新,谢民主,陈建二.单体型组装问题计算模型的比较与分析[J].计算机科学,2008,35(11):166-169.
作者姓名:周伟  王建新  谢民主  陈建二
作者单位:中南大学信息科学与工程学院,长沙,410083
基金项目:国家自然科学基金重点项目:生物信息学中的相关组合理论和算法研究(60433020)
摘    要:单体型检测在遗传病基因的定位、药理反应的研究、个体识别等方面有极其广阔的应用前景。单体型组装问题指如何利用个体的基因测序片断数据,根据不同的优化准则确定该个体单体型的计算问题。对MSR,MFR,MEC,WMLF,MEC/GI等单体型组装模型做了详细的分析比较,得出了如下结论:在没有引入测序误差情况下,上述模型的重构精度基本一致。随着测序误差的增加,MEC/GI模型的容错性最好,重构精度最高;MSR模型受测序误差的影响最大,只适用于测序误差极小的情形。

关 键 词:单核苷酸多态性  基因型  单体型  NP难问题

Survey on Computing Models for Haplotype Assembly Problem
ZHOU Wei,WANG Jian-xin,XIE Min-zhu,CHEN Jian er.Survey on Computing Models for Haplotype Assembly Problem[J].Computer Science,2008,35(11):166-169.
Authors:ZHOU Wei  WANG Jian-xin  XIE Min-zhu  CHEN Jian er
Abstract:Haplotype detection has expansive application in inherited gene's orientation,medicine reaction's research and individual identification.The haplotype assembly problem is the computing problem of inducing a individual's haplotypes based on several optimal criteria from one's DNA fragments sequencing data.This paper made detailed research on such models as MSR,MFR,MEC,WMLF,MEC/GI and got conclusion as follows:in the case of no reading errors,the reconstruction rate of these models is basically identical.As t...
Keywords:Single-nucleotide polymorphisms  Genotype  Haplotype  NP-hard problem  
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