首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
     

求解蛋白质结构预测问题的局部搜索算法
引用本文:吕志鹏 黄文奇. 求解蛋白质结构预测问题的局部搜索算法[J]. 计算机科学, 2005, 32(11): 148-149
作者姓名:吕志鹏 黄文奇
作者单位:华中科技大学计算机科学与技术学院,武汉,430074
基金项目:本工作为国家973计划(批准号:G1998030600)资助项目.
摘    要:蛋白质结构预测问题是计算生物学领域的核心问题之一。通过理论计算的方法根据蛋白质氨基酸序列直接预测其空间结构是解决这一问题的有效途径。构造了新的邻域结构,采用了部分随机跳坑策略,对此问题提出了新的局部搜索算法。计算结果表明,该算法计算效率要优于传统的遗传算法和Monte Carlo方法。对于链长为50的算例还找到了文献中所没有的全新的最低能量构形。

关 键 词:蛋白质结构预测 格点模型 局部搜索 跳坑 局部搜索算法 蛋白质结构 预测问题 Carlo方法 求解 理论计算

Local Search Algorithm for Solving Protein Structure Prediction Problem
LU Zhi-Peng,HUANG Wen-Qi (School of Computer Science and Technology,Huazhong University of Science and Technology,Wuhan. Local Search Algorithm for Solving Protein Structure Prediction Problem[J]. Computer Science, 2005, 32(11): 148-149
Authors:LU Zhi-Peng  HUANG Wen-Qi (School of Computer Science  Technology  Huazhong University of Science  Technology  Wuhan
Affiliation:School of Computer Science and Technology, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430074
Abstract:Protein structure prediction has proven to be one of the central problems in the field of computational biology. It is a feasible approach to predict theoretically the three-dimensional structure of proteins based only on amino acid sequence information. Using a new neighborhood structure and partly randomized off-trap strategy, a novel local search algorithm for protein structure prediction is proposed. Computational results demonstrate that our algorithm not only is more efficient than conventional genetic and Monte Carlo algorithms, but also find new configurations of lowest energy states missed in orevious papers for the sequence of length N=50
Keywords:Protein structure prediction   Lattice model  Local search   Off-trap
本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录!
点击此处可从《计算机科学》浏览原始摘要信息
点击此处可从《计算机科学》下载全文
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号