| 基于不同算法的Motif预测比较分析与优化 |
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| 引用本文： | 张斐,谭军,谢竞博.基于不同算法的Motif预测比较分析与优化[J].计算机工程,2009,35(22):94-96. |
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| 作者姓名： | 张斐 谭军 谢竞博 |
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| 作者单位： | 1. 重庆邮电大学计算机科学与技术学院,重庆,400065
2. 重庆邮电大学生物信息学院,重庆,400065 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目 |
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| 摘 要： | 研究转录因子结合位点（TFBs）的主要预测模型及其预测的算法,通过基于调控元件预测的3种代表性的算法MEME、Gibbs采样和Weeder预测拟南芥基因组。比较结果表明,Gibbs采样算法和Weeder算法预测长、短motif效率较高。重点分析MEME算法,提出结合不同算法查找motif的优化方法,并以实验验证该方法能有效提高预测效率。
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| 关 键 词： | 转录因子结合位点 motif预测 算法比较 |
| 修稿时间： | |
Comparison, Analysis and Optimization of Motif Finding Based on Different Algorithms |
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| ZHANG Fei,TAN Jun,XIE Jing-bo.Comparison, Analysis and Optimization of Motif Finding Based on Different Algorithms[J].Computer Engineering,2009,35(22):94-96. |
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| Authors: | ZHANG Fei TAN Jun XIE Jing-bo |
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| Affiliation: | (1. Dept. of Computer Science and Technology, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing 400065; 2. Dept. of Bioinformatics, Chongqing University of Posts and Telecommunications, Chongqing 400065) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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