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| 一种基于主集分割的基因芯片聚类算法 | |
| 引用本文： | 滕莉,付旭平,李宏宇,李瑶,陈文斌,李荣宇,沈一帆.一种基于主集分割的基因芯片聚类算法[J].软件学报,2005,16(9):1591-1598. |
| 作者姓名： | 滕莉 付旭平 李宏宇 李瑶 陈文斌 李荣宇 沈一帆 |
| 作者单位： | 1. 复旦大学,计算机科学与工程系,上海,200433 2. 复旦大学,生命科学学院,遗传研究所,上海,200433 3. 复旦大学,数学系,上海,200433 4. 上海博星基因芯片有限责任公司,上海,200092 |
| 基金项目： | Supported by the Nationl Natural Science Foundation of China undder Grant No.60473104(国家自然科学基金) |
| 摘 要： | 聚类算法广泛应用于生物芯片数据分析中,用于寻找表达相似的基因或样本.大多数已有算法都需要人为地给出一些参数,然而在没有先验知识的情况下,人为地确定这些参数是十分困难的.为了解决这一难题,提出了一种迭代的聚类算法,首先用主集方法对原有基因进行重新排序,使高度相似的基因排列在特定区域.类的分割界线通常难于确定.提出一种标准,根据类内元素间的距离远小于类外元素间的距离的性质,从排序后的数据集中划分出一个类.将找到的类从当前数据集中排除以后,对剩下的数据重复以上处理,直到满足所提出的徨停止条件为止.从多方面分析了 |
| 关 键 词： | 基因芯片 主集 聚类 相关表达 排序 |
| 收稿时间： | 2004/5/31 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2/4/2005 12:00:00 AM |
A Microarray Cluster Algorithm Based on Dominant Set Segmentation |
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| TENG Li,FU Xu-Ping,LI Hong-Yu,LI Yao,CHEN Wen-Bin,LI Rong-Yu and SHEN Yi-Fan.A Microarray Cluster Algorithm Based on Dominant Set Segmentation[J].Journal of Software,2005,16(9):1591-1598. | |
| Authors: | TENG Li FU Xu-Ping LI Hong-Yu LI Yao CHEN Wen-Bin LI Rong-Yu and SHEN Yi-Fan |
| Abstract: | |
| Keywords: | microarray dominant set clustering coexpressed sorting |
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