| mRNA可变剪接问题的并行化研究* |
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| 引用本文： | 牛北方,郎显宇,陆忠华,迟学斌.mRNA可变剪接问题的并行化研究*[J].计算机应用研究,2008,25(3):705-708. |
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| 作者姓名： | 牛北方 郎显宇 陆忠华 迟学斌 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院,计算机网络信息中心,超级计算中心,北京,100080;中国科学院,研究生院,北京,100049
2. 中国科学院,计算机网络信息中心,超级计算中心,北京,100080 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863计划)
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国家自然科学基金
,
科技部资助项目 |
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| 摘 要： | 对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能.
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| 关 键 词： | 可变剪接 AltSplice 并行化 表达序列标签(EST)序列库 消息传送接口 |
| 文章编号： | 1001-3695(2008)03-0705-04 |
| 修稿时间： | 2007年1月7日 |
Parallelization research on mRNA alternative splicing |
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| NIU Bei fang,LANG Xian yu,LU Zhong hu,CHI Xue bin.Parallelization research on mRNA alternative splicing[J].Application Research of Computers,2008,25(3):705-708. |
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| Authors: | NIU Bei fang LANG Xian yu LU Zhong hu CHI Xue bin |
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| Affiliation: | (1.Supercomputing Center, Computer Network Information Center, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080, China; 2.Graduate School, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | alternative splicing AltSplice parallelization EST(expressed sequence tag) sequences data set MPI(message passing interface) |
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