| Motif识别算法简介及软件性能研究* |
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| 引用本文： | 朱骥,杨华,牛北方,郎显宇,陆忠华,迟学斌.Motif识别算法简介及软件性能研究*[J].计算机应用研究,2006,23(10):66-69. |
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| 作者姓名： | 朱骥 杨华 牛北方 郎显宇 陆忠华 迟学斌 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院,计算机网络信息中心,超级计算中心,北京,100080;中国科学院,研究生院,北京,100049
2. 中国科学院,计算机网络信息中心,超级计算中心,北京,100080 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863计划) |
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| 摘 要： | Motif在转录和后转录水平的基因表达调控中起着重要的作用。目前，识别Motif的算法和相应的软件已有不少，但是却鲜有对各种算法及软件性能共同评测的研究和报告。介绍了算法的分类以及三种常见的Motif识别算法Wordup，MM和Gibbs采样，并对AlignACE，MEME，MotifSampler，Weeder等13种Motif寻找软件进行性能比较分析。通过生物学意义的研究和性能比较结果可以得出：由于唯有Weeder算法考虑了Motif保守核心位置，因而它在各种软件中识别效果较好；大部分算法只考虑简单而
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| 关 键 词： | Gibbs采样 |
| 文章编号： | 1001-3695(2006)10-0066-04 |
| 收稿时间： | 2005-06-16 |
| 修稿时间： | 2006-01-23 |
Introduction of Algorithms and Performance Research of Softwares for Motif Discovery |
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| ZHU Ji,YANG Hu,NIU Bei fang,LANG Xian yu,LU Zhong hu,CHI Xue bin.Introduction of Algorithms and Performance Research of Softwares for Motif Discovery[J].Application Research of Computers,2006,23(10):66-69. |
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| Authors: | ZHU Ji YANG Hu NIU Bei fang LANG Xian yu LU Zhong hu CHI Xue bin |
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| Affiliation: | (1.Supercomputing Center, Computer Network Information Center, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080, China; 2.Graduate School, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Motif Wordup MM |
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