| 基于计算的蛋白质复合物预测方法综述 |
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| 引用本文： | 潘玉亮,关佶红,姚恒,石运佳,周水庚.基于计算的蛋白质复合物预测方法综述[J].计算机科学与探索,2022,16(1):1-20. |
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| 作者姓名： | 潘玉亮 关佶红 姚恒 石运佳 周水庚 |
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| 作者单位： | 同济大学 电子与信息工程学院,上海 201804;同济大学 嵌入式系统与服务计算教育部重点实验室,上海 201804,复旦大学 计算机科学技术学院,上海 200433;复旦大学 上海市智能信息处理重点实验室,上海 200433 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(61772367,61972100)。 |
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| 摘 要： | 蛋白质是生命活动的物质基础,直接参与、执行生命的活动过程。大多数蛋白质通过相互作用形成复合物来实现各种生物功能,因此预测蛋白质复合物有助于了解复合物的结构及其功能,也为细胞机制的研究奠定了重要基础。目前,随着高通量实验技术的不断发展,全基因组蛋白质相互作用(PPI)数据日益增多,领域内已经出现了很多基于计算的蛋白质复合物预测方法。虽然现有方法各具特色与优势,但也存在一些不足。首先,针对现有基于计算的蛋白质复合物预测方法进行了分类和比较全面、详细的分析评述;接着,介绍了复合物预测中常用的评价指标和主要数据集,并比较和分析了几种代表性方法的预测性能;最后,对复合物预测方法进行了总结与展望,提出了今后有待解决的若干问题。希望通过对各类方法的分析与比较,为相关人员使用和研究基于计算的蛋白质复合物预测方法提供有价值的参考和方向指引。
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| 关 键 词： | 生物信息学 蛋白质复合物 蛋白质相互作用(PPI)网络 预测方法 |
Computational Methods for Protein Complex Prediction:A Survey |
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| PAN Yuliang,GUAN Jihong,YAO Heng,SHI Yunjia,ZHOU Shuigeng.Computational Methods for Protein Complex Prediction:A Survey[J].Journal of Frontier of Computer Science and Technology,2022,16(1):1-20. |
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| Authors: | PAN Yuliang GUAN Jihong YAO Heng SHI Yunjia ZHOU Shuigeng |
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| Affiliation: | (College of Electronic and Information Engineering,Tongji University,Shanghai 201804,China;Key Laboratory of Embedded System and Service Computing of Ministry of Education,Tongji University,Shanghai 201804,China;School of Computer Science,Fudan University,Shanghai 200433,China;Shanghai Key Laboratory of Intelligent Information Processing,Fudan University,Shanghai 200433,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | bioinformatics protein complexes protein-protein interaction(PPI)network prediction methods |
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