| SegHMC:一种基于Segmental HMM模型的顺式调控模块识别算法 |
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| 引用本文： | 郭海涛,霍红卫,于强.SegHMC:一种基于Segmental HMM模型的顺式调控模块识别算法[J].自动化学报,2016,42(11):1718-1731. |
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| 作者姓名： | 郭海涛 霍红卫 于强 |
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| 作者单位： | 西安电子科技大学计算机学院 西安 710071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（61173025，61373044，61502366），中国博士后科学基金（2015M582621）资助 |
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| 摘 要： | 顺式调控模块（Cis-regulatory module，CRM）在真核生物基因的转录调控中起着重要作用，识别顺式调控模块是当前计算生物学的一个重要课题.虽然当前有许多计算方法用于识别顺式调控模块，但识别准确率仍有待进一步提高.将顺式调控模块的多种特征信息结合在一起，有助于提高识别顺式调控模块的准确率.基于此，本文提出了一种识别顺式调控模块的算法SegHMC（Segmental HMM model for discovery of cis-regulatory module）.该算法建立了一种关于顺式调控模块识别问题的Segmental HMM模型，进一步扩展了顺式调控模块调控结构（或调控语法）的表示，不仅将顺式调控模块表示为模体（Motif）的组合，还进一步将模体共同出现的频率、模体顺序偏好以及顺式调控模块中相邻模体间的距离分布等特征引入到顺式调控模块的调控语法中.在模拟数据集和真实生物数据集上的实验结果表明，本文方法识别顺式调控模块的准确率显著优于当前的主要方法.
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| 关 键 词： | 基因的转录调控 模体 Segmental HMM 顺式调控模块识别 |
| 收稿时间： | 2015-05-18 |
SegHMC: an Algorithm for Discovery of Cis-regulatory Module Based on Segmental HMM |
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| GUO Hai-Tao,HUO Hong-Wei,YU Qiang.SegHMC: an Algorithm for Discovery of Cis-regulatory Module Based on Segmental HMM[J].Acta Automatica Sinica,2016,42(11):1718-1731. |
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| Authors: | GUO Hai-Tao HUO Hong-Wei YU Qiang |
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| Affiliation: | School of Computer Science and Technology, Xidian University, Xi'an 710071 |
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