| 基于QRSCU方法的RHD基因的偏好性研究及其应用 |
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| 引用本文： | 齐斌,赵静静,高雷,朱平.基于QRSCU方法的RHD基因的偏好性研究及其应用[J].计算机与应用化学,2011,28(4). |
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| 作者姓名： | 齐斌 赵静静 高雷 朱平 |
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| 作者单位： | 1. 江南大学理学院,江苏,无锡,214122;无锡职业技术学院,江苏,无锡,214121
2. 江南大学理学院,江苏,无锡,214122 |
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| 基金项目： | 江南大学创新团队发展计划 |
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| 摘 要： | Rh血型系统作为人类最复杂的血型系统之一,其临床意义仅次于ABO血型系统.研究人类Rh血型系统中RHD基因对同义密码子的使用偏好性有助于从生物信息学角度了解RHD基因的编码特征.本文基于拟氨基酸编码方法,计算了人类Rh血型系统中RHD基因的同义密码子的相对使用度(quasi relative synonymous codonusage,QRSCU)及4种碱基分别出现在密码子3'端的相对频率(quasi relative frequency of nucleotide to codon3',QRFN3').通过分析计算结果中RHD基因的QRSCU值,得出RHD基因偏好使用以C或G结尾的同义密码子,也说明RHD基因偏好使用密码子-反密码子结合作用强的同义密码子,且避免使用结合作用中度的同义密码子.另外,通过分析计算结果中RHD基因的ORFN3'值,得出RHD基因的同义密码子对后面所接的第一个碱基的使用也有很强的使用偏好性.
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| 关 键 词： | RHD基因 拟氨基酸 同义密码子 偏好性 |
The analysis of the codon bias of RHD gene based on the QRSCU method |
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| Qi Bin,Zhao Jingjing,Gao Lei,Zhu Ping.The analysis of the codon bias of RHD gene based on the QRSCU method[J].Computers and Applied Chemistry,2011,28(4). |
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| Authors: | Qi Bin Zhao Jingjing Gao Lei Zhu Ping |
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| Affiliation: | Qi Bin~(1,2),Zhao Jingjing~1,Gao Lei~1 and Zhu Ping~(1*) (1.School of Science,Jiangnan University,Wuxi,214122,Jiangsu,China) (2.Foundation Department,Wuxi Institute of Technology,214121,China) |
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| Abstract: | Rh blood group system as one of the most complex blood group system of human,its clinical significance is only slightly behind ABO blood group system.Studying the preferences of synonymous codon of the RHD gene in human Rh blood type systems is help to understand the RHD gene's encoding characteristics from bioinformatics aspect.In this paper,the quasi relative synonymous codon usage(QRSCU) and the quasi relative frequency of nucleotide of codons of 4 kinds of bases appearing at the 3' end separately(QRFN3'... |
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| Keywords: | RHD gene quasi-amino acids synonymous codon preference |
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