应用PCR-DGGE技术分析发酵鸭肉中细菌多样性

对不同前处理的发酵鸭肉应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术进行细菌菌群分析。以细菌通用引物扩增16S rDNA基因可变区V3区,进行DGGE上样,从而获得可以表征细菌群落结构的图谱。研究结果表明,热炒后发酵和未热炒发酵的2个样品菌群差异比较大,但它们都有乳杆菌(Lactobacillus alimentarius),在发酵过程中乳酸菌是主要优势菌,而且未热炒发酵相对于热炒后发酵的样品各菌群数量比较明显。热炒后发酵的鸭肉中存在乳酸菌属(Lactobacillus sp),赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici),葡萄球菌属(Staphylococcus stepanovicii),丛毛单胞菌属(Comamonas sp)。未热炒发酵的鸭肉中有赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),普氏厌氧球菌(Anaerococcus prevotii),戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),吲哚嗜胨菌(Peptoniphilus indolicus),乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)。在发酵鸭肉中还检测到了3种不可培养菌Uncultured Lactobacillus sp、Uncultured bacterium、Uncultured Comamonas sp,这在鸭肉发酵过程中的作用还有待进一步研究和验证。PCR-DGGE能快速地反应发酵鸭肉中细菌群落结构。