烟草靶斑病菌（Rhizoctonia solani）SRAP-PCR 体系建立及优化

采用烟草靶斑病菌YC-9, LJT-8和QYS-7为DNA模板,初步筛选SRAP引物组合;采用L16(45)正交试验设计,对烟草靶斑病菌的SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs, Taq DNA聚合酶、引物和DNA模板浓度等5个因素进行优化试验。结果表明:共筛出13对扩增条带清晰且多态性好的引物组合;烟草靶斑病菌的最佳SRAP反应体系为Mg2+浓度2.0 mmol/L、dNTP浓度200μmol/L、Taq DNA聚合酶0.8U、引物浓度140 mmol/L、模板DNA 20 ng及1×PCR buffer,反应总体积为20 μL;各因素对SRAP-PCR扩增反应结果影响的差异较大,依次为Taq DNA聚合酶>引物> Mg2+> dNTPs=模板DNA。      

发酵肉制品总微生物RAPD扩增条件的优化

以改进的氯化苄法抽提发酵肉制品总微生物DNA,进行随机扩增多态DNA(random amplifiedpolymorphicDNA,RAPD)分析.采用单因子梯度试验法对影响发酵肉制品微生物RAPD反应的反应体系、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶的用量及DNA模板浓度进行了筛选.结果表明,发酵肉制品微生物RAPD扩增条件为25μLPCR反应体积中,2.5mmol/LMgCl2,0.15mmol/LdNTPs,15pmol引物,50ng模板DNA,1.0U Taq DNA聚合酶.     

酿酒葡萄品种SSR-PCR体系的优化与建立

以酿酒葡萄品种为原料,研究了聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)体系的主要成分对葡萄简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)扩增结果的影响,并确定了各成分的最佳用量。以改良的十六烷基三甲基溴化铵法(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)从葡萄中提取基因组DNA,通过单因素试验分析SSR-PCR体系中主要成分Mg2+浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度和模板DNA浓度对葡萄SSR-PCR反应体系扩增效果的影响。同时,采用正交优化设计试验确立酿酒葡萄SSR-PCR最佳25μL反应体系为Mg2+浓度为2.5 mmol/L,d NTPs为0.15 mmol/L,Taq DNA聚合酶为1.5 U,引物为0.5μmol/L,DNA含量为40 ng/25μL。通过优化试验的直观分析和方差分析得出PCR体系的主要成分对扩增结果的影响程度依次为:Mg2+Taq DNA聚合酶d NTPs引物模板DNA。利用此体系对4个酿酒葡萄品种DNA进行SSR-PCR反应体系扩增并进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果扩增条带清晰稳定,说明该体系可用于酿酒葡萄品种SSR标记的研究。     

附子ISSR-PCR反应体系的建立

ISSR分析可对附子(Radix Aconiti Lateralis Preparata）的遗传多样性进行研究.为获得清晰、重复性高的ISSR扩增结果,对影响ISSR-PCR的多个因素,包括DNA模板浓度、Taq酶用量、引物和Mg2 浓度进行了比较、优化.研究表明,10-60n9模板DNA,1UTaq酶,0.2μmol/L引物,1.5mmol/L MgCl2,4种dNTPs各200μmol/L,10xPCR缓冲液构建的20μL的ISSR反应体系为最适体系.     

新型植物油莎豆DNA提取与SRAP体系优化

以14个不同地理来源的油莎豆品系为实验材料,研究了油莎豆DNA快速提取方法;以SRAP反应体系中DNA模板量、Mg2＋浓度和引物浓度3个因子分别设置3个水平,共配制27个反应体系,对油莎豆SRAP反应体系进行优化。研究结果表明：改良CTAB法可获得较高质量的DNA,参试材料的A260/A280介于1.70～1.98;在27个SRAP反应体系（15μL）中,最优反应体系为DNA模板25ng、Mg2＋1.5mmol/L、引物浓度1μmol/L、dNTPs 0.3mmol/L和Taq酶1U,可扩增出清晰稳定的多态性条带。     

烟草SSR反应体系的优化

以烤烟品种NC2326、G28及其F1为材料,研究了烟草SSR分析中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响。结果表明:在总体积为20μL的PCR反应中,含20ng模板DNA,1.5U TaqDNA聚合酶,MgCl2终浓度为1.5mmol.L-1,dNTPs浓度为200μmol.L-1,引物浓度为0.25μmol.L-1时效果较好。     

烟草抗PVYN突变株SN01的SRAP—PCR反应体系的建立与优化

采用正交试验对烟草抗PVYN突变株SN01幼嫩叶片的SRAP-PCR反应体系中5个主要因素（dNTPs、Mg2＋、TaqDNA聚合酶、引物和DNA）进行了优化以建立合适的SRAP反应体系。结果表明,在20μL的反应体系中,各因素的最佳加入量分别是：dNTPs（2．5mmol／L）3．2μL、Mg2＋（25mmol／L）1．6μL、TaqDNA聚合酶（2．5u／μL）0．16μL、引物（10μmaol／L）0．6gL、DNA模板120ng。对该SRAP—PCR反应程序中的退火温度和循环次数筛选表明,最佳退火温度为57℃,循环次数为35次。该优化体系的建立,为进一步对烟草抗PVYN突变株SN01的抗病基因研究提供了可靠基础。     

烤后烟叶多重PCR反应体系的优化

以烤烟品种中烟100为模板,利用两对SCAR引物,采用单因素和正交优化试验,研究烤后烟叶多重PCR反应体系中各主要因素的影响情况,建立了适合烤后烟叶多重PCR扩增的最佳反应体系:20μL体系中含模板DNA 45 ng,Mg2+浓度2.50 mmol/L,d NTP浓度0.40 mmol/L,Taq酶用量4.00 U.该体系多重扩增条带清晰,可缩短鉴别时间,为利用多重PCR技术鉴别烤烟DNA指纹图谱奠定了基础.     

蓖麻DNA的提取及SRAP反应体系的建立

为建立蓖麻快速有效的DNA提取方法和SRAP标记的技术体系,本研究采用SDS法和CTAB法对蓖麻不同叶片（新鲜嫩叶、老叶和陈旧的嫩叶、老叶）的基因组DNA进行提取,并以DNA模板用量、Mg^2＋浓度、引物浓度和Taq酶用量4个因素的不同水平配制了10个反应体系对蓖麻SRAP反应体系进行优化。结果表明,SDS法和CTAB法均可获得较高质量的DNA,多数样品的A260／A280值介于1．7～1．9之间,但以CTAB法更为省工省时,不同叶片DNA的提取效果,以嫩叶效果最佳;设计的10个反应体系中,以反应体系A（总体积为15μL,40ng DNA模板,1．5mmol／L Mg^2＋浓度,0．2mmoL／L dNTPs,0．3μmol／L引物浓度和1Unit Taq酶）最为经济适用,将该体系用于蓖麻的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。本实验为蓖麻的遗传多样性研究及目标性状的分析定位提供了技术支撑。     

烟草靶斑病菌基因组DNA提取及RAPD反应体系的优化

采用改良的CTAB法,对16个烟草靶斑病菌菌株进行基因组DNA的提取,所得的DNA样品的OD26o/OD280值在1.76～1.89之间,电泳主带清晰,无弥散、拖尾现象,DNA质量较高.通过单因素和正交设计结合的方法对影响RAPD-PCR反应的主要因子Mg2+,dNTP,引物的浓度和模板DNA,Taq酶的用量进行了优化,建立了适宜于病菌的RAPD分子标记的最佳反应体系.优化的反应体系为:模板DNA 10 ng,Mg2+浓度3.25 mmol/L,dNTP浓度0.175 mmol/L,Taq酶1.4 U,引物浓度0.5 μmol/L,反应体系总体积为25 μL.通过该反应体系可以获得清晰、稳定、特异性的分子标记谱带,扩增结果较好.     

茶树叶绿体DNA的PCR-RFLP反应体系优化

通过正交设计对影响茶树聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)反应体系的主要因素进行优化,快速确立适合茶树叶绿体DNA PCR-RFLP分析的扩增体系和酶切体系。结果表明：最佳PCR扩增体系为100ng模板DNA、200μmol/L dNTPs、1.5mmol/L MgCl2、50ng叶绿体引物、3U TaqDNA聚合酶、加ddH2O至25μL;最佳酶切体系为6μL扩增产物用量、2U限制性内切酶量、1×限制性内切酶buffer、加ddH2O至15μL,37℃酶切6h。利用优化的反应体系,对30个茶树品种叶绿体DNA进行PCR-RFLP扩增,可获得清晰扩增图谱和多态性酶切图谱。     

PCR 方法检测河豚鱼的引物筛选及反应体系优化

根据Genbank 公布的河豚鱼细胞色素b 基因序列,应用软件Primer Premier 5.00 版设计了7 对引物,经过PCR 筛选,确定可以在所有8 个供试河豚鱼样品中检出目的DNA 片段的引物HT-1,用于建立河豚鱼的PCR 检测方法。对该PCR 方法中6 个因素包括退火温度、Mg2+ 终浓度、Taq DNA 聚合酶用量、dNTPs 终浓度、引物终浓度和模板DNA 用量进行优化,确定优化的PCR 扩增体系：10 × PCR 缓冲液2μL,MgCl2 终浓度1.5mmol/L,Taq DNA 聚合酶1.0U,dNTPs 终浓度300μmol/L,引物终浓度0.2μmol/L,DNA 模板400ng,加纯水至总体积20μL。扩增程序定为94℃预变性5min,94℃变性30s,62℃退火30s,72℃延伸30s,40 个循环,72℃延伸5min。据此建立河豚鱼成分PCR 检测方法,并通过河豚鱼与非河豚鱼的PCR 检测结果比较,验证了该方法的河豚鱼特异性。研究结果还表明,该方法的检出限为0.1%,含量为0.1% 的河豚鱼样品PCR 检出率至少在97.5% 以上。     

桑黄DNA提取及RAPD反应体系的优化

以桑黄菌丝体为实验材料,采用CTAB法与SDS法提取DNA,并对RAPD反应体系进行优化。结果表明,应用CTAB法提取的DNA纯度和完整性较好,在此方法上建立了桑黄RAPD反应最佳体系(25μL):模板DNA1.0μL,引物0.8μL,dNTPs0.6μL,Taq聚合酶0.3μL,Buffer2.5μL,ddH2O19.8μL,并通过正交实验验证了该反应体系的稳定性和通用性。PCR扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,40℃退火1min,72℃延伸1.5min,45个循环,72℃最终延伸5min。     

烤后烟叶SSR反应体系的优化研究

以烤烟RG11品种为原料,研究烤后烟叶简单重复序列(SSR)分析中聚合酶链式反应(PCR)体系各主要因素及其之间的相互作用对SSR扩增的影响,结果表明:烤后烟叶SSR-PCR反应最佳体系为20μL体系中含35 ng模板DNA,1.5 U TaqDNA聚合酶,2.375 mmol/L MgCl2,0.6 mmol/L dNTPs和0.4μmol/L引物.