大规模单核苷酸多态性位点验证的集群解决方案

随着高通量的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)检测技术的发展,世界各地的实验研究积累了大量的SNP数据,但是目前尚无一个全面综合的SNP数据库.SNP在致病基因发现、司法鉴定、个体化医疗等方面的应用得到了极大的关注和发展,因此有必要建立一个整合的人类SNP数据库.在整合中需要进行大规模的单核苷酸多态性位点的验证,该工作通过一个自主开发的、健壮的、用户友好的生物信息学集群计算工具包EasyCluster在集群系统上得以高效完成.     

SNP功能分析的生物信息学方法及其资源

在后基因组时代,单核苷酸多态性 (Single Nucleotide Polymorphism,SNP) 数据的快速积累使得用计算方法对编码区和非编码区SNP进行功能分析成为可能;但是目前各种SNP功能预测方法的预测精度均不能令人满意.针对这一问题,文章根据SNP的分类,分别对错义SNP、同义SNP和非编码区SNP功能分析的生物信息学方法进行了总结.其中重点介绍了基于序列特征和基于结构特征的有害错义SNP预测方法.还介绍了互联网上提供SNP资源和功能注释工具.分析表明,各种SNP功能分析方法还有很大的改进余地.     

人工神经网络在单核苷酸多态性(SNP)检测中的应用

人类单核苷酸多态性(SNPs)国际研究计划和中华民族单核苷酸多态性项目已经进行了两年多时间,由于研究工作耗资巨大,使得这两个项目都进展缓慢。目前人类单核苷酸多态性(SNPs)研究主要都是依靠生物实验来确定,借助计算机和数学算法来预报人类单核苷酸多态性(SNPs)是生物信息学领域的一个难题。在大量文献分析的基础上,试用人工神经网络算法来预报人类单核苷酸多态性(SNPs),通过构建适当的数学模型,预报人类单核苷酸多态性(SNPs)的准确率达到了73%,在生物实验中参考数学模型预报结果,可以节省大量研究资源。     

基于神经网络预测的SNP信息的剪接点识别算法研究

随着基因组计划的完成,人们需要尽快从这些海量数据中了解基因组的结构,揭示生命的奥秘,剪接位点识别是其中的一个重要环节,然而到目前为止该问题仍未能得到很好的解决。在分析此问题时引入了第三代遗传标记单核苷酸多态性(SNP),以期探索变异对剪接机制的影响;其次,对DNA序列的数字化进行了探讨。通过实验表明,单核苷酸多态性的引入对于剪接位点识别算法的性能有着一定的影响,此外文中提出的编码方法对预测精度的提升亦有正面作用,整体效果比目前常用方法有了大幅提升。     

一种面向SNP选择的模糊聚类算法

在对高维少样本的遗传数据进行单核苷酸多态性(SNP)选择时,为能使所选SNP子集高度代表所有SNP信息,实现数据降维,在模糊C均值(FCM)算法的基础上提出一种改进方法GN-FCM。通过引入SNP权重因子量化SNP位点重要程度的差异性,同时将重点SNP邻域正则项引入模糊聚类的损失函数中,挖掘高度重要SNP与同邻域内其他SNP的关联性。实验结果表明,GN-FCM具有较好的收敛性,与DW-FCM算法相比,其构造的SNP子集在支持向量机、决策树和朴素贝叶斯分类中准确率分别提升5.73%、3.40%和3.79%,F1值分别提升4.01%、3.20%和2.22%。     

ED算法和SNP-index算法计算SNP位点的比较分析——以拟南芥为例

SNP(单核苷酸多态性)是发生在DNA序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异。ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F₂代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是2种算法得到的SNP位点数量和SNP基因型比例相近。     

单核苷酸多态性在疾病相关性分析中的编码问题研究

作为第三代遗传标记的单核苷酸多态性(SNP)具有数量众多、分布广泛且遗传稳定性等特点,其是疾病-基因相关性以及药物设计等研究的基础所在。这类研究多采用基于计算的方法,因此如何对SNP进行适当的编码进而提升算法的性能是其中十分关键的一个环节,然而目前专门针对SNP编码问题的研究还相对较少。在常用SNP表示方式的基础上,根据疾病易感性研究的特点,并结合SNP之间的关联性,提出了几种新的编码方法。大量实验表明,编码方式对疾病易感性分析算法的性能有着较大的影响,基于分布信息的编码方法能获得更好的结果,即其能更好地对SNP序列进行描述,在最大程度上保留原有生物序列所携带的丰富信息,更适合于疾病易感性研究。     

SNP连锁不平衡下的基因隐私保护模型

人类基因测序技术的快速发展,测序成本大幅降低,使基因数据得到广泛的应用,在全基因组的单核苷酸多态性与疾病关联研究中,单核苷酸多态性与患者的身份、表型和血缘关系等敏感信息相关联,单核苷酸多态性连锁不平衡容易导致患者的隐私信息泄露.为此,基于单核苷酸多态性连锁不平衡相关系数,提出矩阵差分隐私保护模型以实现基因数据和单核苷酸多态性连锁不平衡的隐私保护,同时确保基因数据具有一定的效用.该模型可以实现单核苷酸多态性连锁不平衡下全基因组关联研究中基因数据隐私与效用的权衡,并对单核苷酸多态性连锁不平衡下的基因隐私保护具有促进作用.     

基于SNP实验流程的信息管理系统

针对研究单核苷酸多态性(SNP)分子生物实验的特点和需求,利用Java技术开发一套基于SNP实验流程的,并且集成TaqMan、Sequencing、Illumina 3个实验平台数据的实验室信息管理系统。系统为B/S体系,采用基于MVC(Model-View-Con- troller)模式的J2EE架构,层次清晰、界面友好、使用方便、支持多用户同时在线操作,且可跨操作系统平台(Windows/Linux/ Unix)运行。本文简要介绍系统的设计思路、体系架构、实现过程和主要功能。本系统实现了实验室数据的收集、存储、整合、查询,提高实验室的工作效率和管理水平,可为今后分子生物学、化学、医学以及其他实验学科的实验室信息管理系统的建设提供参考。     

简述三种私有数据库云模型

云计算是目前IT行业的热点,本文将数据库、RAC集群及服务器虚拟化技术相结合,提出了三种代表性的数据库云架构模型——服务器整合模型、操作系统整合模型和数据库整合模型以及其应用场景。     

基于网络智能代理的基因调控信息集成数据库更新

在现有基因调控信息数据的基础上,建立了一个基因调控信息集成数据库系统。使用了网络智能代理的相关技术,在对本地和远程数据进行灵活地比对之后,分三种情况实现了对本地数据的更新操作。本程序大大减轻了数据库维护的负担,同时也具有很大的灵活性,可扩展性较强。     

基于Oracle数据库的备份恢复机制的研究

论述几种Oracle数据库备份机制。当Oracle数据库遇到不可预知的问题时,备份可以减少失去企业应用重要数据的危险,而且备份对系统性能几乎没有影响。当进行备份操作的时候,Oracle还可以继续对外提供服务。     

异构环境下基于Web的信息系统的设计与实现

信息社会的到来,使得Web技术与数据库技术紧密结合起来,开发基于Web的MIS系统是未来的发展方向。但是目前一个系统中经常存在多个异构数据库。因此,该文着重对如何进行异构环境下基于Web的信息系统的开发进行了分析,提出了使用PHP技术开发异构环境下基于Web的信息系统的方案,并给出了实例。     

基于分布式数据库与C／S的连锁药店管理系统设计与实现

分布式数据库理论已比较成熟，但成熟的分布式数据库管理系统（DDBMS）目前还很少见，更常见的一些集中式数据库产品中集成一些分布式数据库处理的功能。文中介绍的连锁药店管理系统，从实际的数据库管理系统产品出发，基于分布式数据库思想、客户机/服务器结构，实现了分布式应用。     

基于数据字典库的信息系统的设计

基于保险业务综合管理信息系统中应用软件的开发实践,介绍了采用数据驱动并通过建立数据字典库对系统进行管理的方法,同时介绍通过某些通用工具来支持信息系统设计的技术。最后针对ＭＩＳ的若干基本对象模型进行了讨论,并给出一个通用界面生成的例子。     

An Intelligent Tool to Support Requirements Analysis and Conceptual Design of Database Design

As an application of artificial intelligence and expert system technology to database design,this paper presents an intelligent design tool NITDT,which comprises a requirements specification language NITSL,a knowledge representation language NITKL,and an inference engine with uncertainty reasoning capability.NITDT now covers the requirements analysis and conceptual design of database design.However,it is possible to be integrated with another database design tool,NITDBA,developed also at NIT to become an integrated design tool supporting the whole process of database design.     

民航综合信息平台核心服务的设计与实现

介绍基于面向服务体系结构的民航综合信息平台,根据民航业务自身特点,利用面向服务的设计思想对综合信息平台的核心业务逻辑进行自上而下的组件设计,并将其封装成平台的核心服务,实现了对下层数据库的操作。实验结果表明,该服务系统是有效的。     

智能数据库工具技术

本文详细介绍了一个智能数据库支持工具FoxPert的设计与实现技术.该工具立足于主流数据库系统，采用一种增强的松耦合结构实现了FoxPro,Oracle与知识表示语言CLIPS(C language integrated production system)的无缝连接.它在体系结构、集成平台、集成方向和集成形式上具有鲜明的技术特点，已在不同部门推广应用.     

基于Map Objects的旅游规划管理信息系统的设计与开发

旅游规划与空间地理信息密不可分,建立其管理信息系统利于旅游区的综合管理与规划.在论述旅游规划管理信息系统开发方式的基础上,提出系统的总体结构和主要功能,确立旅游区数据库综合设计的方法,实现空间数据库与关系数据库的关联和信息数据的图形化显示.结合地理信息系统组件Map Objects,在VB平台上设计实现信息查询检索和统计分析、基本图层操作、旅游区空间分析等功能.时数据库的关联和专题地图制作的关键技术进行分析研究,并对核心代码进行描述.开发的系统经调试运行正常,可广泛应用于各类旅游资源的规划与管理.