基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究

为准确评价部分烟草种质资源的遗传多样性,利用42对已发表多态性较好的烟草SSR标记引物对38份烤烟种质资源进行分析,筛选出22对引物在这些种质间存在多态性,平均等位位点数为3.68个,Nei's多样性指数平均为0.451,Shannon信息指数平均达0.789。UPGMA聚类分析表明,红花大金元有明显特异性。遗传结构分析显示,参试材料可分为2个类群,类群1和类群2分别包含16份和22份种质材料,且类群1变异范围大于类群2,类群2材料多表现为自然株高在210 cm以下,叶数20~25,茎围10~11 cm,田间赤星病较严重,青枯病发病相对较轻。研究结果为提升SSR分子标记筛选效率和部分烤烟种质创新应用提供理论依据。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

从212对SSR标记引物中筛选出48对引物,对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

吉林省绿豆种质资源遗传多样性SSR分析及指纹图谱构建

为分析吉林地区绿豆种质资源遗传多样性并构建DNA指纹图谱,明确吉林省绿豆资源遗传背景及品种真伪鉴定提供依据,以吉林省74份绿豆品种为材料,利用9对多态性丰富的SSR引物对其进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。9对SSR引物共检测到40个等位基因,每对引物检测到2~9个,平均为4.44,PIC值变幅介于0.076 8~0.725 4之间,平均为0.45;品种间遗传相似系数变幅介于0.111 1~1.000 0之间,平均为0.499 0。遗传相似系数在0.6~1.0之间有1 159个,占全部数据的42.91%;UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.503 7的阈值处,可将74份绿豆材料分为三大类群,相同地理来源品种大多成簇分布;基于检测结果构建了0/1格式的DNA指纹图谱和分子身份证,为吉林省绿豆品种区分鉴别提供参考。吉林省绿豆品种间亲缘关系较近,遗传背景狭窄,遗传相似度较高,今后应加强种质资源引进与创新以丰富该地区绿豆资源遗传多样性;SSR指纹图谱及分子身份证的构建对绿豆品种真伪鉴定、溯源管理及原产地保护具有重要意义。     

中国花生小核心种质SSR遗传多样性

从206对SSR引物中筛选26对引物对我国花生全套小核心种质298份资源进行了遗传多样性分析,相似系数为0.51～0.99,其中种质zhh1497与zhh1398遗传差异最大。检测到3个在不同植物学类型中特异表达的标记带型,包括普通型1个（2A06/440）,龙生型1个（2A06/440）,珍珠豆型1个（PM443/270）,多粒型2个（PM443/270,9E08/500）。分析结果表明,多粒型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均最大,平均相似系数最小,其次是普通型花生,龙生型和中间型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均较小,平均相似系数较大。在我国花生小核心种质中,国外引入资源的多态性信息量和多样性指数均高于我国本土资源的对应值。在我国本土花生资源中,长江流域和南方地区资源的多态性信息量和遗传多样性指数均高于其他地区。     

黑龙江省种植大豆品种遗传多样性分析及与性状关联SSR标记筛选

为从分子水平鉴定黑龙江省种植大豆品种的遗传多样性,并筛选与蛋白质、脂肪、百粒重和水分等大豆主要性状显著关联的SSR分子标记,利用18对SSR引物,采用荧光毛细管电泳法分析黑龙江省75个种植大豆品种遗传多样性,并与性状进行关联分析.结果 表明:18个SSR标记中的10个标记可以实现单对引物准确鉴别42个大豆品种,18个S...     

烟草种质资源遗传多样性与群体结构分析

发掘优良基因,为改良烟草品种提供理论依据。采用ABI-3500xl遗传分析仪对87份烟草种质材料进行多态性检测。在87份烟草种质中,41对SSR引物共检测出241条多态性位点,平均为5.88个位点。遗传相似系数为0.47~0.91,PIC值为0.23~0.91,平均为0.63。群体结构分析表明,当K=2时,△K值最大,即87份烟草材料可划分为2个类群P1和P2,P1类群又可划分为5个亚类,P2类群可划分为2个亚类。烟草种质资源遗传多样性丰富,群体结构划分与种质类型不完全相关。     

SSR荧光标记技术分析东四省典型绿豆品种的遗传多样性

东北是我国绿豆主产区之一,品种资源相对丰富。分析不同绿豆品种间遗传背景差异,明确其群体遗传结构,有助于提高品种资源在育种中的利用效率。本研究利用8对SSR引物对东四省40份绿豆品种进行荧光标记毛细管检测分析,共检测出43个等位变异,平均为5.4个,多态信息含量(PIC)变幅介于0.40~0.75之间,平均为0.55。比较分析发现,平均等位变异数目的分布为:黑龙江省(3.63)=辽宁省(3.63)>内蒙古自治区(3.50)>吉林省(2.88);多态信息含量(PIC)的分布为:黑龙江省(0.530)>辽宁省(0.527)>内蒙古自治区(0.469)>吉林省(0.382),即黑龙江省遗传变异水平最高,吉林省最低。聚类分析表明,黑龙江和辽宁的绿豆种质为组群Ⅰ,内蒙古和吉林为组群Ⅱ。本研究初步明确了东北各省(区)绿豆品种的遗传多样性水平,为资源的再收集及育种利用提供了参考,并为绿豆资源的深入利用奠定了基础。      

基于SSR荧光标记分析我国主要审(认)定烤烟及白肋烟品种遗传多样性

将毛细管电泳荧光检测技术应用于烟草SSR标记研究,分析我国审(认)定通过的63份烤烟与8份白肋烟种质的遗传多样性。选取36对SSR引物,共扩增产生多态性带205条。运用NTSYS-pc2.10e软件计算Dice遗传相似系数,结果显示71份烟草种质的遗传相似系数介于0.223~0.924之间,平均为0.658。表明我国审(认)定通过的烟草栽培种间的遗传基础狭窄、遗传多样性不丰富。     

烟草种质的SSR标记遗传多样性及青枯病抗性的关联分析

烟草青枯病是影响烟草产质量的主要病害之一,开发出与烟草青枯病抗病性密切相关的优异等位基因,可加速抗病品种的选育进程。据此,本研究选用94份烟草种质材料作为研究对象,运用236个SSR标记对这些材料进行基因分型和群体结构分析,开展基于连锁不平衡的关联分析探测与青枯病抗性相关的分子标记。结果表明,236个SSR标记在94份烟草种质中检测到904个等位变异位点,平均每个SSR标记为3.83个位点;这些SSR标记的多态性信息量（PIC）值在0.1361~0.8760之间,平均为0.5136。基于SSR基因分型数据,构建了126个标记单倍型;在此基础上进行群体结构分析,将94份种质划分为2个类群,表明本研究烟草种质的群体结构简单,有利于减少伪关联。二年田间抗病性数据与单倍型的关联分析发现7个单倍型与青枯病抗病性密切相关,其中有3个单倍型在二年的田间试验中均表现出与青枯病抗性密切相关,平均解释率超过10%。研究结果可为烟草青枯病抗病材料的分子标记辅助筛选提供参考。      

粤糖系列甘蔗品种遗传多样性的SSR分析

从56对SSR引物中筛选出18对多态性较好的引物,对18个粤糖系列甘蔗品种的遗传多样性进行分析,结果表明,每对引物的多态性位点平均为13.8个,多态性位点率为64.6%.18个甘蔗品种的遗传相似系数在0.5555～0.7597之间,平均为0.6762,遗传多样性属中等水平.遗传相似系数分析认为,粤糖83-271与粤糖93-159亲缘关系最近(GS=0.7597),其次是粤糖81-3254与粤糖92-1287(GS=0.7467).聚类分析在D=0.6300水平上把18个粤糖品种分为2大类,在系谱中亲缘关系密切的品种大多数都可以聚在一起.     

燕麦种质资源农艺性状的遗传多样性分析--测试文章

分析了国内外54份燕麦种质资源的遗传多样性,归纳其遗传亲缘关系,为合理利用燕麦品种(系)资源提供理论依据。结果表明：(1) 54份种质资源农艺性状间存在广泛的遗传多样性,5个质量性状(粒色、粒型、穗型、小穗型、抗病性)以抗病性的多样性指数最高,粒色的遗传多样性指数最低;8个数量性状(单株分蘖数、株高、穗长、小穗数、轮层数、单株粒数、单株粒重、千粒重)以单株粒重的遗传多样性指数最高,变异系数最大。(2)聚类分析将54份种质资源的8个数量性状分为4大类群,类群Ⅰ为高秆、大粒型育种目标亲本材料;类群Ⅱ为矮秆育种目标亲本材料,类群Ⅲ的有益性状不明显,为多目标性状育种的亲本材料,类群Ⅳ为增加轮层数、小穗数等育种目标的优良材料。     

利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性

利用微卫星（SSR）标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高（2.111 6）,基因分化系数比较低（0.191 5）。     

豆角中毒素中毒机理的研究

豆角营养丰富,口感好,是我国大众普遍喜食的蔬菜,但其因加工熟制过程不当,引发豆角中毒事件频繁发生,初步研究认为豆角中含有血细胞凝集素、皂苷和蛋白酶抑制剂等毒性物质。文章对豆角中能够引起中毒的各种因素进行了综合阐述,对可能的毒素的毒性及解决方法进行了具体的分析,以期为科学加工及食用豆角提供理论依据。     

基于SSR标记的黑龙江省绿豆品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

目的:为明确黑龙江地区绿豆品种遗传多样性水平并构建SSR指纹图谱,为绿豆育种研究及品种鉴定奠定基础。方法:基于SSR荧光标记技术,利用筛选得到的14对SSR引物对黑龙江地区35份绿豆品种进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。结果:14对SSR引物在35个绿豆品种中共检测到49个等位基因,每对引物检测到2~7个,平均3.5个;多态性信息含量PIC值介于0.106~0.761之间,平均为0.398。参试品种遗传相似系数变幅介于0.6966~1.0000之间,平均为0.894,其中在0.82~0.86之间的遗传相似系数占全部数据的51.2%。在遗传相似系数为0.83的阈值处可将参试材料分为三大类群。构建了35份具有品种特异性的绿豆SSR指纹图谱及分子身份证,具有唯一性,可用于绿豆品种鉴定。结论:黑龙江地区绿豆品种遗传多样性水平不够丰富,SSR指纹图谱具可应用于绿豆品种真伪鉴定。      

不同地域和寄主来源的核盘菌遗传多样性分析

为了解核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum（Lib.）de Bary]遗传多样性和进化关系,利用SSR分子标记对采自不同地区和寄主来源的32个核盘菌分离物进行分析,17对SSR引物共检测到69个多态性位点,平均每对引物检测到4.06个位点。其中,引物AF377908-1/AF377908-2和AF377922-1/AF377922-2的等位变异数目最多,高达8个,而引物AF377903-1/AF377903-2和AF377925-1/AF377925-2的等位变异数目最少,为2个。17个SSR引物的多态性信息量（PIC）的平均值为0.56,引物AF377922-1/AF377922-2的PIC最高,为0.78。聚类分析显示,32个核盘菌分离物可划分为5个组群,来自同一地区的大部分核盘菌分离物聚在相同或相近的组内,表明核盘菌群体内的SSR遗传背景基本一致,而群体间的遗传变异较大。     

Simple Sequence Repeat Markers in Genetic Divergence and Marker-Assisted Selection of Rice Cultivars: A Review

Sequencing of rice genome has facilitated the understanding of rice evolution and has been utilized extensively for mining of DNA markers to facilitate marker-assisted breeding. Simple sequence repeat (SSR) markers that are tandemly repeated nucleotide sequence motifs flanked by unique sequences are presently the maker of choice in rice improvement due to their abundance, co-dominant inheritance, high levels of allelic diversity, and simple reproducible assay. The current level of genome coverage by SSR markers in rice is sufficient to employ them for genotype identification and marker-assisted selection in breeding for mapping of genes and quantitative trait loci analysis. This review provides comprehensive information on the mapping and applications of SSR markers in investigation of rice cultivars to study their genetic divergence and marker-assisted selection of important agronomic traits.