16S rDNA克隆文库法分析小龙虾肠道细菌多样性

利用16S rDNA克隆文库法对小龙虾肠道共生细菌进行系统发育分析。采用细菌16S rDNA通用引物以小龙虾全肠DNA为模板扩增共生细菌的16S rDNA并建立基因文库,对得到的基因序列进行系统发育分析。结果表明,从小龙虾肠道共得到24个不同的16S rDNA序列,系统发育分析表明这24个16S rDNA序列代表的克隆分别与柠檬酸杆菌属、拟杆菌属、梭菌属、Anaerorhabdus furcosa、Haloplasma、希瓦菌属、巨型球菌属、中慢生根瘤菌属、Brachymonas、Sinanaerobacter、Cyanobium、丹毒丝菌属菌株的16S rDNA序列最为接近,相似性为83.6%～99.4%。小龙虾肠道内细菌资源丰富,且肠道细菌在小龙虾食物消化过程中发挥一定作用,而16S rDNA克隆文库法在反映小龙虾肠道中主要微生物的物种组成,特别是样本中优势微生物类群上具有一定优势。     

一株细菌纤维素生产菌的分离鉴定

获得一株细菌纤维素高产菌株并对其进行鉴定.从自制醋醅、红茶菌液及残次水果等材料中筛选细菌纤维素高产菌株.采用生理生化鉴定结合16S rDNA序列的系统发育学分析确定该菌株的系统发育地位.获得的菌株AXB(X)为好氧性的革兰氏阴性杆菌,菌体大小为(0.6μm～0.8μm)×(1.5μm～2.0μm),单个、成对或成链.菌株AXB (X)与Gluconacetobacter sp.的16S rDNA序列同源性为98％.经鉴定菌株AXB (X)为葡糖杆菌属.     

鲜乳中常见污染细菌的分离与鉴定

对吉林省污染鲜乳的细菌进行分离鉴定,以分析本地区鲜乳污染情况,为建立针对性检测鲜乳中的污染细菌提供参考。采集吉林省部分地区奶牛养殖场及农户散养奶牛自产鲜乳,采用常规培养方法进行分离培养。用聚合酶链式反应(PCR)扩增细菌16S rDNA,对PCR产物测序、分析,与Genbank上已知的细菌16S rDNA序列对比同源性,交叉同源性较高的细菌进行生化实验加以补充鉴定。结果表明,分离并鉴定出吉林省污染鲜乳的常见细菌,为鲜乳在生产加工过程中有针对性的检测特异性细菌奠定了基础。     

醋醅中分离菌株W321种属鉴定的研究

试验以从醋醅中分离纯化到的菌株W321为研究对象,为进一步开发利用这一菌株,根据菌株W321的形态特征、生理生化特征和16S rDNA序列,对其进行种属鉴定的研究.经形态与生理生化鉴定菌株W321属于芽孢杆菌属,16S rDNA序列与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的同源性达到了99％,表明与枯草芽孢杆菌极为相似,因而将菌株W.鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).     

浓香型白酒曲药中细菌组成及系统学分析

利用免培养法(Culture independent approach)提取浓香型白酒曲药中细菌的总DNA,在分子水平上运用PCR扩增技术和16S rDNA序列同源性分析等方法测定曲药中细菌的16S rDNA基因近全序列,并建立系统发育树图.结果表明,组成该曲药中的细菌分属于Delftia、Dysgonomonas、Bacteroidetes,proteobacterium、Nocardiopsis、Pseudomonas和Arthrobacter几大类群(phylum),表现出高度的细菌多样性.     

烟草可培养内生细菌16S rDNA的PCR-RFLP和系统发育分析

为了解烟草内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基和稀释平板法从不同生长期的烟草的根、茎、叶中分离得到127株内生细菌.利用细菌16S rDNA特异引物扩增得到16S rDNA的部分片段,长约700 bp,分别用内切酶MspⅠ、HaeⅢ、AfaⅠ、HinfⅠ对扩增产物进行限制性酶切.16S rDNA PCR-RFLP分析中,在100％相似性水平处,除了cj23、ty16、cg23、wy6、cj25、wy13、my23、ty7、cj14、cg25、cg2、cj13、my11,my27单独成群外,其余菌株分为15个分类操作单元,其中Otu1、Otu2,Otu27类群最大,分别包括了27、18,26个菌株.对29个代表菌株16S rDNA序列系统发育分析表明,这些菌株主要分布于芽孢杆菌(Bacillus)分支,其余菌株分布于葡萄球菌属(Staphylococcus)、微杆菌属(Microbacterium)、单胞菌属(Sphingomonas)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)、纳西杆菌属(Naxibacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、寡养食单胞菌属(Stenotrophomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、泛菌属(Pantoea)、克雷伯菌属(Klebsiella)、Bifissio属系统发育分支.通过Shannon多样性指数对不同生长期分离到的菌株进行多样性分析和比较,结果表明团棵期叶片中分离到的内生细菌多样性最大,随后是旺长期,苗期次之,成熟期最小.     

川西高原牦牛酸奶子乳酸菌遗传多样性及系统发育研究

采用16S rDNA基因的限制性酶切片段长度多态性分析(16S rDNA-PCR-RFLP)和16S～23S rDNA基因间区(ISR)的酶切多态性分析(ISR-PCR-RFLP)技术,研究分离自川西高原牦牛酸奶子的81株乳酸菌的遗传多样性,并结合16S rDNA序列分析技术研究16S rDNA-PCR-RFLP的各类群代表菌株的系统发育关系。结果表明：供试菌株共有23种16S rDNA遗传型,供试菌株按61%相似系数可分为4个类群,按81%相似系数,可分为16个类群,结合序列分析结果,乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)细菌为主要类群;16S～23S rDNA基因的ISR扩增产物的酶切分析表明,供试菌株共有19种ISR遗传型,按60%相似系数,供试菌株可分为4个类群,按80%相似系数,供试菌株可划分为14个类群。     

浓香型白酒窖泥中细菌多样性的免培养技术分析

采用免培养(culture independent)技术直接从浓香型白酒窖泥中提取细菌微生物混合基因组DNA(也叫元基因组DNA),利用细菌16S rDNA通用引物扩增窖泥细菌的序列,根据16S rDNA序列对细菌多样性进行初步分析。采用PCR扩增技术、分子克隆技术以及序列同源性分析等方法测定细菌的16S rDNA,通过与基因数据库中相似菌群序列同源性的比较,得到样品菌种多样性,分别构建系统发育树。结果显示,细菌含有几大类群,表现出高度的细菌多样性。共分为Uncultured bacterium、Clostridium、Lactobacillus、Eubacterium和Syntroph-omonas五个细菌分类。     

准噶尔乌头中一株苹果斑点落叶病菌拮抗菌的分离及鉴定

从准噶尔乌头(Aconitum soongaricum Stapf)的根茎中分离出1株对苹果斑点落叶病菌(Ahernaria mali)有拮抗作用的内生菌XJAS-ZB-14,其主要生理生化指标与短小芽孢杆菌相符.利用16S rDNA通用引物对其基因组DNA进行扩增,并测序得到XJAS-ZB-14的部分16S rDNA序列,GenBank注册号为FJ237280.经Blastn比对,用软件MEGA4.0按照Neighbor-Joining方法构建16S rDNA系统发育树.与菌株XJAS-ZB-14同源性最高的菌株为Bacilluspumilus DSM27T(AY456263),相似性为100%,(G+C)m01%为53.41%,最终鉴定为短小芽孢杆菌Bacillus pumilus,并时其生长条件作了研究.     

细菌型豆豉发酵菌株的鉴定

为了明确细菌型豆豉发酵菌株的身份,首先采用形态及生理生化方法进行鉴定,接着提取该菌株的基因组DNA,并根据芽孢杆菌属16S rDNA序列两端的保守性片段设计引物,然后用PCR方法扩增出16S rDNA部分序列,纯化、测序,最后经BLAST搜索进行序列比对和构建系统进化树.结果表明,菌株BBDC3为革兰氏阳性芽孢杆菌,生理生化特征与枯草芽孢杆菌相符;扩增出的16S rDNA部分序列长为1344bp,与序列号为EF488171的枯草芽孢杆菌16SrDNA序列的相似度最高,为99%;系统进化树中,菌株BBDC3与枯草芽孢杆菌AB018487在同一分支.因此,菌株BBI)C3属于枯草芽孢杆菌.