菲律宾蛤仔原肌球蛋白线性表位初步预测

目的通过生物信息学,预测菲律宾蛤仔原肌球蛋白的线性表位。方法对菲律宾蛤仔原肌球蛋白同源性、抗原性指数进行分析,利用在线工具预测及综合分析预测表位,进一步与人和猪原肌球蛋白序列对比初步筛选过敏原线性表位。结果 4种软体类的原肌球蛋白同源性较高,且原肌球蛋白的整体性抗原指数较高。菲律宾蛤仔原肌球蛋白中抗原表位区域较多,在与人、猪的序列比较后,最终预测出4个抗原表位。结论预测出了4个线性表位分别为Peptide 2 TLLQKKYTNLENEFDQVNEK,Peptide 6 EKQVKDAKYVAEEADRKYDE,Peptide 9 KDAENRAAEAERVVNKLQ和Peptide 10 ELLAEKEK YKAISDELDQ。     

鸡蛋卵转铁蛋白过敏原B细胞线性表位的预测研究

为预测鸡蛋过敏原卵转铁蛋白的B细胞线性表位,以GenBank中提供的鸡蛋卵转铁蛋白氨基酸序列为基础,分别用Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法和Karplus-Schulz法对鸡蛋卵转铁蛋白的抗原指数、亲水性、蛋白表面可及性及柔韧性进行预测,并用Chou-Fasman法和Deleage-Roux法预测其二级结构,综合分析以上预测结果,得出鸡蛋卵转铁蛋白可能的B细胞线性表位区。结果表明鸡蛋卵转铁蛋白存在7个潜在表位区,包括蛋白第174～181、215～222、231～240、288～294、332～344、415～429、547～555位可能为B细胞线性表位优势区域。该结果将有助于鸡蛋卵转铁蛋白B细胞表位的进一步精确定位。     

大豆过敏原11S球蛋白G2中A2链结合表位的预测

采用生物信息学软件NCBI GenBank数据库、PDB数据库、SWISS-MODEL、Deep View 4.1等预测11S球蛋白G2中A2链的二级结构和三级结构模型,使用DiscoTope 2.0 Server软件预测B细胞构象表位,发现构象表位多位于无规则卷曲处。定位B细胞线性结合表位,结果表明11S球蛋白G2中A2链的可能线性表位有：37KPDNRIE43、79PSYTNGP85、114SQQRGRSQRP123、52WNPNNK57、196QQGGSQSQKGKQQE209、241QGENEEED248、267RKPQQEEDDDDEEEQ281、287TDKGC291。此表位预测为后续制肽、免疫等操作找出更准确的肽序,以便建立适合我国大豆过敏人群的食品大豆过敏原的检测技术。     

鸡蛋致敏原溶菌酶的B细胞IgG线性表位定位

目的 探究鸡蛋致敏原溶菌酶的B细胞线性表位。方法 先使用生物信息学工具对其氨基酸序列分析，预测其潜在的B细胞线性表位，同时合成覆盖其完整氨基酸序列的重叠肽，然后利用斑点杂交法（dot-blot）筛选出与抗溶菌酶兔血清IgG特异性结合的多肽片段，从而定位出溶菌酶的B细胞IgG线性表位。结果 通过生物信息学工具综合分析预测出了鸡蛋溶菌酶的4个B细胞线性表位，分别为AA18-21（DNYR）、AA39-51（NTQATNRNTDGST）、AA62-78（WWCNDGRTPGSRNLCNI）、AA109-117（VAWRNRCKG）；利用dot-blot定位出5个鸡蛋溶菌酶的B细胞IgG线性表位，分别为AA1-15（KVFGRCELAAAMKRH）、AA28-30（WVC）、AA70-78（PGSRNLCNI）、AA103-117（NGMNAWVAWRNRCKG）、AA124-126（IRG）。研究结果表明，采用生物信息学工具预测的B细胞线性表位与已知的溶菌酶的B细胞IgE线性表位的重合率达75%，与用dot-blot定位的B细胞IgG线性表位的重合率达40%，一定程度上证实了利用生物信息学预测致敏原表位的可行性，但预测结果的准确性仍需进一步验证。结论 本研究确定的溶菌酶B细胞线性表位可为进一步开展溶菌酶的精准检测和低致敏食品等研发工作提供关键的结构信息。     

牛乳β-乳球蛋白过敏原表位及其潜在应用

过敏原表位是过敏原直接参与免疫反应的物质基础, 也是导致过敏反应的“元凶”。牛乳β-乳球蛋白是lipocalin家族的代表和常用模式蛋白, 它的表位信息比较完整, 拥有7个人血清IgE和6个IgG的线性表位、3个IgE结合的构象性表位以及7个T细胞表位。另外, 它的动物源血清IgE、IgG和T细胞表位也在不断被发现。牛乳β-乳球蛋白的表位信息为基于表位的应用提供了重要的支撑, 它们的应用主要涉及到预测食物过敏原的致敏性, 食物过敏的交叉反应, 食物过敏的诊断, 食物过敏的免疫治疗以及食物过敏原的检测等5个方面。     

生物信息学技术在食物过敏原表位预测中的应用

表位是过敏原与抗体结合的物质基础。基于生物信息学技术的表位预测包括线性表位预测和构象性表位预测。其中线性表位预测主要是基于过敏原蛋白的理化性质进行预测;构象性表位预测主要包括基于蛋白结构信息和结合噬菌体展示技术的两大类预测。利用生物信息学技术预测食物过敏原表位主要应用在牛乳、鸡蛋、鱼、甲壳类水产动物等动物性食物过敏原和花生、大豆、小麦、果蔬类等植物性食物过敏原方面。     

牛乳β-乳球蛋白过敏原线性表位串联体的分子设计

本实验以牛乳β-乳球蛋白中与人血清IgE结合的7个B细胞表位(B1、B2、B3、B4、B5、B6和B7)和1个T细胞表位(T)为研究对象,旨在使设计出的牛乳β-乳球蛋白多表位串联体分子中各表位能够保留独立的抗原性。按照表位串联体设计原则,B细胞表位之间的连接序列为甘氨酸(G),T细胞与B细胞表位之间的连接序列为两个赖氨酸(KK)。通过生物信息学的研究,借助DNAStar软件和SOMPA网络服务器,对这8个表位连接顺序进行优化组合后,设计出的串联体分子组合结构为:T-K-K-B1-G-B6-G-B5-G-B3-G-B7-G-B2-G-B4,其氨基酸序列是:KIPAVFKIDALNENKVLVLDTKKLIVTQTMKGEVDDEALEKFDKALKALPGKTKIPAVFKIDAGKPTPEGDLEILLQKGKALPMHIRLSFNGLLDAQSAPLRVYVEELKPGAQKKIIAEKTKI。经过预测,该串联体中各表位均呈现出了抗原性,且没有新的表位产生。研究结果表明,分子设计正确,研究方法值得同类工作借鉴。     

芝麻主要过敏原Ses i 6抗原表位预测及敏感人群分析

芝麻蛋白是一类营养全面的完全蛋白。Ses i 6作为芝麻蛋白质的主要成分同时也是主要过敏原。本研究旨在探明Ses i 6的致敏表位。经过生物信息学分析预测,B细胞线性表位为QTREPRLTQ、RTMERTEASEQQDRG、RSGEQEQQAR、QEHRGRQL,空间上共分布有10处B细胞构象表位,HLA-DQA10601-DQB10402基因携带者为主要的敏感人群。     

食物致敏原表位定位技术的研究进展

食物致敏原是引起食物过敏的元凶，多为蛋白质。抗原表位是在抗原分子中与抗体反应或被抗原受体识别，并引发机体免疫应答的特殊化学基团。从表位水平认识食物致敏原，能揭示食物过敏的物质基础，为解决食物过敏问题提供精准的靶标。本文基于表位结构和定位方法的不同，介绍了食物致敏原表位定位技术的发展，并进一步展望了致敏原表位信息对于改进食物过敏鉴定技术和低致敏食物加工方法的应用前景。     

花生过敏原Ara h 2.02 二级结构和B 细胞抗原表位预测

为预测花生过敏原Ara h 2.02 的二级结构和B 细胞抗原表位,通过Genbank 数据库搜索到Ara h 2.02 基因,并推导出其相应的氨基酸序列,采用SOPMA 和DNAStar 软件预测该蛋白质的二级结构以及通过Jameson-Wolf 法、Kyte-Doolittle 法、Emini 法和Karplus-Schulz 法分别预测其抗原指数、亲水性、表面可性、柔韧性等参数,并综合分析预测该蛋白的B 细胞抗原表位。结果表明：在序列28～31、56～73、76～90、92、148、156～158、168～169 区域最可能是Ara h 2.02 蛋白的B 细胞抗原表位的优势区域。该结果将为寻找Ara h 2.02 的最佳优势表位提供支持,同时为该蛋白单克隆抗体的制备等研究提供理论依据。     

小麦主要过敏原CM16线性B细胞表位的预测及初步鉴定

目的：探究小麦主要过敏原α-淀粉酶/胰蛋白酶抑制剂CM16的线性B细胞表位。方法：通过提取小麦蛋白粗提物,进行体外模拟胃肠道消化,发现小麦过敏原中具有消化抗性的α-淀粉酶/胰蛋白酶抑制剂CM16的片段;进一步通过生物信息学方法分析CM16的一级氨基酸序列、二级结构,并通过同源建模确定CM16的三级结构。结果：利用生物信息学法预测出CM16的4 条线性B细胞表位后,结合质谱得到的抗消化肽段信息进行比对分析,发现其中2 条肽段存在部分重合,也证明了生物信息学分析鉴定过敏原线性B细胞表位方法的可行性和应用性。结论：通过生物信息学预测小麦过敏原CM16线性B细胞表位有助于进一步认识小麦过敏原,对小麦过敏原的识别和检测具有重要的参考和借鉴作用。     

拟穴青蟹原肌球蛋白抗原表位适配体小肽的筛选与鉴定

目的筛选对拟穴青蟹过敏原原肌球蛋白(tropomyosin,TM)抗原表位具有特异性结合能力的适配体小肽,并鉴定适配体小肽对TM的免疫结合活性的抑制作用。方法采用ExPASy peptide cutter软件预测TM分子中胰蛋白酶酶切位点,结合TM线性表位设计反义小肽,经AutoDock 4.0软件模拟分子对接,筛选得到适配体小肽。采用抑制性ELISA的方法,检测筛选的适配体小肽对TM与特异性IgG抗体结合活性的抑制作用。结果 TM氨基酸序列中有25个胰蛋白酶酶切位点,设计TM的31条反义小肽,利用分子对接筛选得到12个适配体小肽。抑制性ELISA结果显示,12条适配体小肽均能明显抑制TM与IgG抗体的特异性结合,其中适配体小肽5抑制能力最强,其抑制率为36.2%。结论通过分子对接筛选得到能明显抑制TM免疫结合活性的适配体小肽,为降低TM致敏性的研究提供理论参考。     

水生动物原肌球蛋白致敏原研究进展

原肌球蛋白(tropomyosin,TM)是甲壳类动物中的一种常见的泛致敏原,同时部分鱼中TM致敏性已得到证实.其蛋白质结构保守、同源性高、致敏性强,且具有广泛的免疫交叉反应.原肌球蛋白致敏性及其消减方法、免疫交叉反应都与抗原表位有关.因此,表位研究是原肌球蛋白研究中的重点.本文中介绍了国内外水生动物原肌球蛋白的性质、...     

基于耐消化肽的核桃主要过敏原Jug r 2的线性表位筛选

由于核桃Jug r 2是核桃中的主要过敏原,Jug r 2的线性表位是引发核桃过敏反应的关键因素,因此筛选Jug r 2线性表位工作是必要的.本研究利用免疫信息学中的DNAStar Protean系统和ABCpred在线工具预测Jug r 2中的B细胞线性表位.利用体外模拟胃肠消化和HPLC-MS/MS对抗消化肽段的一...     

超高压结合胰蛋白酶消减虾原肌球蛋白致敏性及其抗原线性表位残留

比较常压下酶水解与超高压下酶水解虾原肌球蛋白（tropomyosin,TM）的致敏性差异及线性表位的残留,探讨超高压下酶水解TM增强致敏性消减效果的原因。采用间接酶联免疫吸附测定法检测TM致敏性,傅里叶变换红外光谱和荧光光谱法检测TM二级和三级结构;以致敏性（OD492 nm）为指标,确定常压和超高压下酶水解TM的条件;采用质谱法检测水解片段的氨基酸序列。结果表明,在40 ℃、200 MPa下,保压时间30 min有利于胰蛋白酶活力的提高;压力在100～600 MPa内,TM致敏性随压力升高而降低,其致敏性与二级结构中β-转角的相对含量及三级结构的变化有关;在常压下（40 ℃、酶添加量3 000 U/g、水解30 min）,TM水解产物的致敏性消减率为89%,水解产物中含8～16 个氨基酸残基的片段数量占76.8%,且线性表位的消减率为60.0%～66.7%;在超高压下（40 ℃、酶添加量3 000 U/g、200 MPa下水解30 min）,TM水解产物的致敏性消减率为98%,水解产物中含8～16 个氨基酸残基的片段数量占93.3%,且线性表位的消减率为88.9%～90.0%。因此,超高压可以促进酶水解TM,有利于线性表位的消除,从而降低水解产物的致敏性。     

Immunological characteristics of monoclonal antibodies against shellfish major allergen tropomyosin

Two types of murine monoclonal antibodies (MAbs) against American lobster (Homarus americanus) were generated and characterized. Three purified MAbs were characterized to be specific to the shellfish major allergen tropomyosin. MAbs 5G5E1 and 1A3A7 were reactive to tropomyosin from crustacean species only, whereas MAb 2A7H6 was reactive to both crustacean and mollusk tropomyosins. None of the antibodies reacted to vertebrate tropomyosins. Competitive ELISA indicated that the antigenic epitopes recognized by the two types of MAbs were different from each other. In addition, competitive immunoblot results showed that the binding of shellfish-allergic patient IgEs to lobster tropomyosin was inhibited by the MAb 2A7H6 only. This finding suggests that the antigenic epitope for the 2A7H6 antibody might be similar or close to the allergenic epitope shared by crustaceans and mollusks. Consequently, the MAbs recognizing the different common antigenic epiotopes obtained in the present study would not only facilitate the allergen characterization of shellfish, but may also be useful for the development of specific and sensitive immunoassays for allergen quantification or epitope mapping.