甘南地区牦牛曲拉中细菌群落结构

基于Illumina MiSeq高通量测序平台,对甘南牦牛曲拉样品中细菌16S rRNA V3-V4区进行测序,通过α多样性、物种分类组成及β多样性分析对曲拉中细菌多样性及群落结构进行分析。结果表明：曲拉样品中优势门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势属为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）,不同来源的样品中群落组成存在差异;细菌的功能基因预测表明,不同来源样品的细菌群落之间存在差异。研究结果可为曲拉的利用和食用安全性提供理论依据。     

西藏不同产区曲拉细菌群落结构的比较分析

为探究西藏不同产区传统发酵乳制品曲拉中细菌多样性及其微生物安全性,该研究通过Illumina MiSeq测序平台,对西藏拉萨(LS)、日喀则(RKZ)、山南(SN)、昌都(CD)、林芝(LZ)、那曲(NQ)和阿里(AL)共7个地区的曲拉样品细菌多样性及群落结构进行了系统分析。结果表明,曲拉具有高度的细菌多样性,并且不同地区的样品存在一定的共性和差异。在门的水平上,7个地区的优势菌均集中在厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其相对丰度分别在(12.82±5.63)%^96.54±1.39%和(3.46±1.39)%^75.09±9.37%。相比门的种类,拉萨(LS)最多,为24个门,阿里(AL)最少,为2个门。在属的水平上,拉萨地区(LS)曲拉样品中的优势菌属为雷尔氏菌属(Ralstonia)、假单胞菌属(Pseudomonas)和苍白杆菌属(Ochrobactrum),其相对丰度分别为(17.25±7.05)%、(16.05±3.22)%和(9.52±3.19)%;其他6个产地的曲拉样品中优势菌属主要为乳球菌属(Lactococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus),其相对丰度分别为(85.13±2.99)%^25.82±1.42%和(4.15±1.38)%^57.21±3.11%;而在属的种类上,LS最多,为409个属,AL最少,为15个属。聚类分析显示,不同曲拉样本的菌群与地理位置存在一定关系,同一个采样区的样本具有一定的聚类趋势,同时发现LZ、RKZ和CD可聚为一类,而其他4个地区的样品较为离散,且各自独立。     

甘南牦牛曲拉中真菌群落结构

提取曲拉样品的DNA,选择合适的通用引物扩增ITS特定区域,采用Illumina高通量测序技术检测目标区域的序列变异和丰度,通过分析曲拉样品中真菌的Alpha多样性、物种分类组成及Beta多样性,以揭示甘南牦牛曲拉中真菌菌群的群落结构。结果表明,曲拉中具有高度的真菌多样性,并且不同来源样品的Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数和ACE指数存在差异;在曲拉样品中共检测出6个门和123个属的真菌,所有样品中的共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),共有优势属为毕赤酵母属(Pichia)和双足囊菌属(Dipodascus);采用非度量多维尺度分析和非加权组平均法聚类分析可以将曲拉样品分为3类,结果与样品来源一致;置换多元方差分析表明,不同来源的样品间真菌组成差异显著(P=0. 001); Spearman关联网络图表明,样品中真菌群落之间正相关占主导地位;研究结果可为牦牛曲拉的品质控制奠定基础。     

烟草种子附生细菌群落结构与多样性分析

为揭示烟草种子附生细菌的群落结构和多样性,采用分离培养法分析了6个烟草品种（烤烟K326、云烟85、云烟87及红花大金元,雪茄烟301和白肋烟L8）种子可培养附生细菌种类,并采用Illumina高通量测序技术研究了4个品种（K326、云烟85、雪茄烟301和白肋烟L8）种子附生细菌的群落结构与多样性。结果表明:6个品种种子上共分离鉴定出细菌35株,可培养优势附生细菌有假单胞菌（Pseudomonas）、芽胞杆菌（Bacillus）、肠杆菌（Enterobacte）、泛菌（Pantoea）、鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas）等菌属。高通量测序结果表明:K326、白肋烟L8和云烟85种子的附生细菌结构上存在共性与差异,共有的优势菌有假单胞菌、泛菌、鞘氨醇杆菌（Sphingobacterium）、肠杆菌、糖芽胞杆菌（Saccharibacillus）、寡养单胞菌（Stenotrophomonas）、根瘤菌（Rhizobium）等菌属,烟草品种附生细菌多样性排序依次为云烟85＞K326＞L8＞301。      

西藏地区青稞酒曲微生物群落结构及多样性分析

为分析西藏地区青稞酒曲中微生物群落结构组成差异,基于高通量测序技术对西藏7个地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成及多样性进行分析。结果表明,青稞酒曲中富含丰富的微生物类群,且细菌多于真菌;那曲(NQ)样品细菌多样性最高,昌都(CD)样品真菌多样性最高;青稞酒曲中的优势细菌菌群为乳酸杆菌属、明串珠菌属和魏斯氏菌属,优势真菌菌群为根霉菌属和曲霉菌属,不同地区青稞酒曲中优势微生物类群存在一定的共性和差异性。主成分分析表明,NQ、阿里(AL)、日喀则(RKZ)和山南(SN)样品间细菌群落结构相似,CD、林芝(LZ)和拉萨(LS)样品间细菌群落结构相似;AL、NQ、LS、LZ和SN样品中的真菌群落聚为一类,而CD和RKZ各聚为一类。LEfSe差异判别分析表明,不同地区青稞酒曲中均有各自的标志性细菌类群,真菌菌群除SN样品外,其它地区均有标志性真菌类群。结论:西藏不同地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成存在明显差异。本研究为进一步开发利用益生微生物类群和复合型酒曲的制备提供了理论依据。     

云南泡藠头和泡辣椒中细菌与真菌群落结构和多样性分析

采用高通量测序技术对云南省昆明市、红河州和文山州地区泡藠头和泡椒的细菌真菌多样性进行解析。基于Shannon指数的α-多样性分析结果表明,3个地区泡菜的微生物多样性、优势度和均匀度存在差异,文山地区泡藠头中细菌群落的多样性最高,且均匀度较好;红河地区泡藠头和泡辣椒真菌菌群结构最丰富。其中,泡藠头和泡椒中优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形杆菌门(Proteobacteria),相对丰度分别为99.21%和58.19%;优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella),相对丰度分别为98.07%、19.46%和17.70%;文山和红河泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为接合酵母菌属(Zygosaccharomyces),昆明泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为毕赤酵母属(Pichia)。研究表明不同地区、不同种类的泡藠头与泡椒中微生物多样性存在差异。该研究初步揭示了云南附近地州的泡藠头与泡椒中微生物的多样性,为提高云南特色发酵蔬菜的品质提供理论指导。     

不同季节新鲜鸭蛋表面污染细菌的多样性分析

为研究鸭蛋壳表面污染细菌的多样性以及季节性变化,在春、夏、秋和冬4 个季节采集新鲜鸭蛋,利用超声波洗涤蛋壳制备细菌样本,通过Illumina MiSeq高通量测序分析样品细菌菌群的多样性。结果表明,共获得697 244 条优化序列归属于650 个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,包括35 个门,298 个属,447 个种。其中相对丰度占比较大的优势菌有：厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌属（Bacillus）和肠球菌属（Enterococcus）,分别占比17.78%和17.16%;变形菌门（Proteobacteria）肠杆菌科（Enterobacteriaceae）埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）占比17.14%。4 个季节样品的优势菌群相同,皆为芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）和埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）,但种群结构和物种丰度各不相同,冬季样本Chao指数和ACE指数最大,平均分别为596.5±22.29和587.5±17.82;Shannon指数最大和Simpson指数最小,平均分别为3.52±1.02和0.1±0.07,种群复杂度表现最为突出;春夏秋冬四季样品共有的OTU为35 个,分别占各样品OTU数目的0.06%～70.00%,独有的OTU数目分别为9（春）、0（夏）、17 个（秋）和496 个（冬）,各个季节样品的菌群种类具有较大的差异性;不同季节分别有弧菌（Vibrio）、淤泥假单胞菌（Pseudomonas_caeni）、肠杆菌（Enterobacter）、溶菌杆菌（Lysinibacillus）、梭菌（Clostridium_sensu_stricto_1）等存在,部分致病菌受气温影响明显。该结果为进一步研究鸭蛋主要腐败菌及其控制提供了理论依据。     

诺邓火腿加工过程中细菌群落的动态变化

为研究诺邓火腿内部细菌的群落组成及动态变化,本文利用高通量测序技术对诺邓火腿腌制期、风干期、发酵期和成熟期4个加工阶段的细菌16S rRNA V₃-V₄区进行扩增和测序,并对其群落结构多样性及其与火腿理化性质的关联性进行分析。结果表明,腌制期诺邓火腿细菌多样性最高;厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门等细菌为发酵过程中优势菌群;葡萄球菌属、嗜冷杆菌属及假单胞菌属等在4个加工阶段均有分布;整个加工过程中丰度占比最高的为葡萄球菌属。含水量对腌制期细菌群落影响最大,成熟期含水量下降至33.4%左右;含盐量对风干期和发酵期样本影响最明显,在这两个时期丰度占比最高的葡萄球菌属与含盐量显著正相关,成熟期含盐量增加至约6.7%;酸碱度及游离氨基酸含量与成熟期样本关联度最大,这个时期的酸碱度为6.05左右,游离氨基酸达1.86%。通过以上研究将为理解诺邓火腿特殊品质的微生物影响机制,开发能够改善肉制品品质、提高发酵效率的发酵剂提供参考。     

香辛料对传统发酵泡菜中细菌群落结构及理化特性的影响研究

该研究基于高通量测序技术研究香辛料对传统发酵泡菜细菌群落结构的影响，并监测发酵过程中pH、总酸和亚硝酸盐含量的变化。结果表明，未添加香辛料的泡菜（P组）中主要优势菌属为肠杆菌（46.34%）、明串珠菌（18.25%）、乳球菌（9.76%）、假单胞菌（4.22%）等，添加香辛料的泡菜（PS组）中明串珠菌（70.26%）成为绝对优势菌；主坐标分析（PCoA）结果表明，两组泡菜的菌群结构差异极显著（P<0.01）,PS组中各样本聚集程度高；与P组相比，PS组泡菜有更快的产酸速率，且显著降低了亚硝酸盐的含量（P<0.05）;Spearman相关性分析结果表明，P组中Lactobacillus KR107058.1.1463、Vibrio KF799889.1.1509、Pseudomonas EU539857.1.1397、Pseudomonas AF534216.1.1462和Enterobacteriaceae KC555526.1.1442均与亚硝酸盐含量呈极显著正相关（P<0.01）,PS组中来自明串珠菌属的三个特征序列与亚硝酸盐含量呈极显著负相关（P<0.01...     

槟榔贮藏及加工过程中细菌群落结构变化

目的：确保槟榔产品细菌指标合格。方法：采用Illumina Miseq高通量测序技术对槟榔由原料到成品全过程关键工序样品进行测序分析。结果：7个样品共获得191 456条有效序列，隶属于239科790属，优势菌属包括Bacillus（芽孢杆菌属）、Pseudomonas（假单胞菌属）、Hydrogenophaga（氢噬胞菌属）、Leuconostoc（明串珠菌属）和Chryseobacterium（金黄杆菌属）。槟榔原籽贮藏前后细菌的群落结构存在显著差异，贮藏前（新籽）的物种丰富度要高于贮藏后（老籽）的，而老籽则拥有更高的物种多样性。槟榔加工过程中煮籽及切籽后的工序能有效减菌，两阶段消亡细菌属数量分别为216和227，煮籽到闷香之间的工序易受到环境中细菌污染，新增细菌属数量为126。结论：槟榔加工过程中污染细菌多样性变化的研究指示细菌污染应重点防控发制闷香中的细菌增殖及各工序中的环境污染，而用好煮籽工序及成品前工序是减菌的关键。     

新鲜与干制柑橘皮果胶物化特性比较分析

以柑橘皮为原料,分析、比较新鲜柑橘皮果胶（fresh citrus pectin,FCP）与干制柑橘皮果胶（dried citruspectin,DCP）的物化特性差异。采用传统酸法结合金属螯合剂（六偏磷酸钠）分别从新鲜、干制柑橘皮中提取得到果胶FCP、DCP,测定FCP和DCP的物化特性参数,包括水分、灰分、酸不溶灰分和蛋白含量等基本理化指标,以及半乳糖醛酸含量、酯化度、胶凝度、分子质量和表观黏度等果胶品质评价指标。结果表明：FCP与DCP的基本理化性质相差不大,FCP半乳糖醛酸含量、酯化度、胶凝度和分子质量分别为77.29%、67.5%、179.8和158.8 kD,而DCP对应的值依次为74.98%、66.7%、153和109.1 kD,FCP表观黏度值高于DCP。新鲜和干制柑橘皮果胶品质存在一定差异,特别是作为果胶品质重要参考指标的胶凝度,FCP要高于DCP,而这可能与FCP的分子质量较高有关,但两者的半乳糖醛酸含量和酯化度均符合果胶品质的国家标准GB25533-2010《食品安全国家标准 食品添加剂》要求。     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

鲜黄芪和干黄芪挥发性化学成分比较分析

采用同时蒸馏-萃取法提取,用气相-色谱质谱联用法结合计算机谱图检索,对鲜黄芪和干黄芪挥发性化学成分进行分析鉴定。结果表明：鲜黄芪和干黄芪挥发性成分的得率分别为0.64%、0.43%,鲜黄芪和干黄芪共鉴定出挥发性成分76种;二者的共有成分为正己醇、(E)-2-己烯-1-醇、正己醛、己-2-烯醛等11个化合物;鲜黄芪中鉴定出43种挥发性成分,主成分是正己醇、邻二甲苯、(E)-2-己烯-1-醇、(E)-2-己烯醛、正己醛;干黄芪中鉴定出44种香气成分,主成分是正己醛、正己醇、己-2-烯醛。干黄芪挥发性成分与新鲜黄芪挥发性成分相比较组成和相对含量存在着较大差异。     

浓香型白酒窖泥古菌群落结构研究及其系统发育学分析

本试验分别提取30、100和200年窖龄窖泥样品总DNA,采用PCR-DGGE和16S rDNA测序技术探索浓香型白酒不同窖龄窖泥古菌群落演替规律,结果表明:不同窖龄窖泥的古菌DGGE图谱均出现14~17条较清晰的条带,其中第4、7、11号条带在所有样品中均有检出,且优势度较高,均在4%以上;不同窖龄窖泥的古菌群落多样性指数都在1.91~2.29之间,且随窖龄的增加而呈现上升趋势;不同窖龄窖泥的古菌相似性指数在0.43~0.61之间,30年与100年窖泥古菌群落相似性指数达到了0.61且聚为一类,与200年古菌群落相似性指数相比较却分为两类。PCR-DGGE图谱优势条带割胶测序结果显示:他们分属于产甲烷古菌(Methanogenic archaeon)、甲烷袋状菌属(Methanoculleus sp)、甲烷八叠球菌属(Methanosarcinales archaeon)、瘤胃古菌属(Rumen archaeon)四个类群。本研究结果对浓香型白酒窖泥古菌群落有了一定的认识。     

不同种类鲜菌、干菌食品中嘌呤含量的比较研究

目的:运用高效液相色谱法检测常见菌类食品中的嘌呤含量,比较鲜菌与干菌中嘌呤含量的差别。方法:样品处理采用高氯酸溶液100℃水解60min。色谱柱为Waters Atlantis T3(4.6mm×250mm×5μm)柱,以10.0mmol/L甲酸铵(pH3.6)和甲醇体积比99∶1作为流动相对嘌呤进行分离,流速1.0mL/min,柱温30℃,检测波长254nm。结果:鲜菌类食品中嘌呤含量在213.8—730.3mg/kg,滑子蘑较高;干菌类食品中嘌呤含量在681.0—4 049.2mg/kg,香菇较高。含水量校正后,干菌类嘌呤含量在0.7—4.5mg/g,鲜菌类嘌呤含量在1.6—5.5mg/g。结论:菌类食品中嘌呤含量较高;干菌类食品中嘌呤含量显著高于鲜菌类;经过含水量校正后,大部分干菌类食品嘌呤含量要低于鲜菌类。     

山西老陈醋大曲真菌群落结构及多样性分析

为分析山西老陈醋大曲真菌群落结构及多样性,提取山西老陈醋成熟大曲样品总DNA,应用Illumina MiSeq高通量测序技术结合真菌ITS序列分析大曲真菌群落结构和多样性。结果表明:大曲中的真菌种类丰富,包括:子囊菌门、担子菌门和接合菌门,其中子囊菌门为优势菌门,占大曲总真菌的94.74%,担子菌门和接合菌门仅2.70%和2.51%。山西老陈醋成熟大曲在属水平上共检测到26种真菌,主要真菌为假丝酵母菌属(35.24%)、威克汉姆酵母属(11.11%)、曲霉属(27.57%)、链格孢霉属(9.34%)、酿酒酵母菌属(2.11%)、隐球酵母属(1.13%)、横梗霉属(1.14%)和根霉属(1.04%)。本研究结果反映山西老陈醋大曲真菌群落多样性,对揭示山西老陈醋的发酵机理具有一定的参考价值。