基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性

目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性.方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对.结果:初乳组样本共得到19个门...     

应用16S rDNA分析撒坝火腿表面和内部微生物多样性

为分析云南撒坝火腿中微生物的菌群构成、物种丰富度和多样性差异,以1年以上的撒坝火腿为研究对象,通过提取DNA,采用Illumina高通量测序方法对火腿表面和内部细菌的16S rDNA V3～V4区和真菌ITS2区进行扩增和测序,并对其菌落构成和多样性进行分析。结果表明:撒坝火腿中微生物菌群存在差异,细菌丰富度极显著高于真菌(P<0.01),多样性高于真菌,且内部真菌和细菌微生物多样性和丰富度均高于表面;子囊菌门下曲霉菌属是表面和内部真菌中的优势菌群,其次Yamadazyma和青霉菌属也是主要菌群,这些菌属在火腿表面的分布多于内部;厚壁菌门下葡萄球菌属是火腿表面和内部细菌中的优势菌群,色盐杆菌、酸杆菌和链球菌也是表面的主要菌群;放线菌、杆菌属、酸微菌纲及球菌属则是火腿内部的主要菌群,此外火腿内部还存在大量未知微生物。综上所述,曲霉菌和葡萄球菌是撒坝火腿表面和内部的优势菌群。     

基于高通量测序技术分析北京清香型大曲微生物多样性

利用高通量测序方法对北京某清香型酒厂大曲细菌16S rDNA V4区和真菌ITS1区进行测序分析其微生物多样性,并对大曲微生物在不同分类水平相对丰度进行统计。结果表明：大曲中在细菌操作分类单元(OTU)为47、真菌OTU为11,细菌种类较真菌种类丰富;细菌中优势菌是乳酸菌,包括乳杆菌属、片球菌属、乳球菌属、明串珠菌属四个属。同时也检测到醋杆菌属、芽孢杆菌属等;真菌中优势菌是假丝酵母属,此外还有曲霉属、毛霉属、威克汉姆酵母属等;对大曲物种Alpha多样性分析表明测序深度基本覆盖该酒曲中微生物种类;最后分析讨论了大曲优势微生物在白酒酿造中的功能。该研究对于指导白酒生产具有重要意义。     

基于高通量测序技术分析青藏高原牦牛和犏牛乳中微生物多样性的研究

为探究牦牛和犏牛生鲜乳中微生物的组成和多样性,采用高通量测序技术分析两种生鲜乳的16S rDNA V4区域,并进行生物信息学对比分析.结果显示:97％的一致性共得到5516个OTUs,微生物门水平的比较表明变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)及放线菌门(Actinobacteria...     

基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析

以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群落组成差异.结果 表明:14个样品中细菌和真菌的测序覆盖率分别为0.97和0.99.分析...     

基于16S rDNA高通量测序方法比较新疆西北部地区乳品中微生物的多样性

为更加全面地了解新疆特色乳品中微生物多样性,比较不同动物来源的原奶和酸奶的细菌群落结构,运用高通量测序技术,对乳品中细菌16S r DNA V4-V5区测序,进而对新疆克州和塔城地区牛奶、驼奶、马奶、羊奶、酸牛奶、酸驼奶和酸马奶7种乳品中细菌群落组成和多样性进行分析。研究共获得539 557条有效序列,379个OTU。多样性分析表明,原奶样品中细菌Shannon-Wiener指数明显高于酸奶样品。微生物群落组成分析发现,不同乳品之间菌群组成差异较大。7种乳品中的菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但原奶样品主要以变形菌门为主,而酸奶样品主要以厚壁菌门为主。在属水平上,牛奶主要以假单胞菌属(Pseudomonas)为主,驼奶主要以埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella),马奶主要以明串珠菌属(Leuconostoc)为主,羊奶中的优势菌属为乳球菌属(Lactococcus),而酸牛奶、酸驼奶和酸马奶都是以乳杆菌属(Lactobacillus)为优势菌属。不同动物来源的原奶和酸奶样品中的微生物多样性存在显著差异,并且原奶中检测到的环境污染菌和致病菌(或条件致病菌)的丰度也相对较高。本研究结果将为准确评估乳品中的微生物群落对新疆地区少数民族健康的影响提供一定的数据基础。     

基于16S rRNA高通量测序的西藏农、牧区牦牛酸奶菌群多样性分析

运用高通量测序技术,对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析,并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及主坐标分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异;多级物种差异判别分析及组间差异分析表明,农、牧区牦牛酸奶菌群的优势属均为厚壁菌门(Firmicutes)下的乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)及链球菌属(Streptococcus),上述3个属及其余7个丰度相对较低的属在不同区域牦牛酸奶中具有显著差异(P<0.05);对环境因子的回归分析和基于距离的冗余分析显示海拔高度对样本间差异的解释度大于年平均气温。本研究为进一步揭示自然环境与青藏高原发酵食品中微生物多样性之间的关系、筛选优良菌种提供参考。     

基于高通量测序技术分析牛栏山大曲微生物多样性

为了探究牛栏山大曲的微生物菌群结构,为制曲工艺及成品曲质量评估提供理论依据,该研究采用高通量测序方法对牛栏山低温大曲原核16S rDNA V3/V4区和真核ITS1区进行微生物多样性分析。研究结果表明,从牛栏山大曲中共获得358种原核操作分类单元（OTU）,乳酸菌类群是大曲中主体原核生物,维斯氏菌（Weissella confuse）、耐酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）和戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）分别占大曲总OTU的22.68%、16.54%和9.84%,同时大曲中高温放线菌（Kroppenstedtia eburnea）可占14.78%;而真核多样性较低,仅获得69种OTU,扣囊覆膜酵母（Saccharomycopsis fibuligera）和库氏毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）是主体真核微生物,其余真核微生物含量较低;综上得出,牛栏山大曲中原核微生物多样性要远高于真核微生物,且大曲主体微生物较为明显。     

基于高通量测序技术分析菜心切口处微生物多样性

研究菜心冷藏期间的腐败微生物,使用高通量测序技术,对冷藏菜心切口处微生物的多样性进行分析,探究冷藏期间微生物菌群相对丰度的动态变化。以4 ℃冷藏菜心为研究对象,分析贮藏早期0 d、中期7 d、后期14 d的菜心切口处细菌的16S rRNA和真菌的ITS序列,比较各组菌群组成和丰度。通过物种注释评估和物种组成分析,明确菜心贮藏过程中切口处的优势菌群。在贮藏早、中、后期,真菌优势菌群均为担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和unclassified Fungi。在贮藏早期,细菌优势菌群为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,而在贮藏中、后期,细菌优势菌群转变为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）。微生物多样性结果显示,真菌的多样性要高于细菌。本研究明确了菜心冷藏期间的微生物多样性发生规律,为后续菜心保鲜剂和保鲜技术的研究提供了理论支撑。     

基于16S rRNA高通量测序方法比较新疆冷水鱼肠道中微生物多样性

为了解新疆阿勒泰地区额尔齐斯河流域野生冷水鱼肠道微生物多样性及其群落结构组成。采用NGS高通量测序技术,分析3?种冷水鱼肠道内容物和黏膜中细菌16S?rRNA?V4区基因序列,进而比较不同种类冷水鱼肠道内容物和黏膜中微生物的群落结构组成及多样性差异。结果共获得58?328?条有效序列,242?个OTU。多样性分析表明,哲罗鱼样品中的Shannon指数明显低于细鳞鱼和黑斑狗鱼,细鳞鱼和黑斑狗鱼在群落结构上更为接近。在门水平6?个样品中的菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）、丙型变形菌门（Gammaproteobacteria）为主;哲罗鱼中Firmicutes是最占优势的菌群门,而细鳞鱼和黑斑狗鱼中Gammaproteobacteria显著增加,Firmicutes显著减少。属水平上哲罗鱼中主要以肉杆菌属（Carnobacterium）为主,细鳞鱼和黑斑狗鱼中嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、不动杆菌属（Acinetobacter）、梭菌属（Clostridium sensu stricto）等比例较高。不同种鱼肠道微生物的组成及多样性在门和属水平上有明显差异,而同种冷水鱼的肠道内容物和黏膜间微生物群落组成较为相似,无显著差异。     

基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性

研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响.选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序.结果 表明,在细菌门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bactero...     

基于高通量测序技术分析东北豆酱的微生物多样性

为了解东北市售豆酱中的微生物多样性及其结构组成,本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对东北市售5种常见豆酱进行细菌16S rDNA V4区及真菌ITS1~2区基因序列分析,探究其微生物的群落结构组成及其多样性。结果表明,5种豆酱中细菌有效序列共131462条,1732个OUT,真菌有效序列120336条,1040个OUT。样本在门的水平上,优势细菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),真菌为子囊菌门(Ascomycota)。在属水平上,细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、芽孢杆菌属(Bacillus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)。真菌主要为接合酵母属(Zygosaccharomycse)、曲霉属(Aspergillus)、赤霉属(Gibberella)、毛霉菌属(Mucor)、青霉菌属(Penicillium)。经OTU稀释性曲线的验证,能够证明本次实验结果覆盖了样品中绝大多数物种,实验结果较准确。综上所述,通过对豆酱进行高通量测序研究,发现其微生物群落和风味与其地理位置以及加工方式存在一定关系,加深了对成品豆酱中微生物群落结构和多样性的认识,能为今后豆酱的生产、保藏和优良菌种选育提供一定的理论支持。     

高通量测序检测米线中的食源性致病菌

为了解米线中食源性致病菌的污染情况,分析其细菌多样性随时间变化趋势,研究从原料到餐桌中各个环节米线样品中食源性致病菌的变化.采用高通量测序对10个米线样本中细菌16S rDNA区域进行测序分析,测序结果一共注释到5个门、11个纲、19个目、24个科和29个属的微生物信息.分析表明,在所有样品中,变形菌门均占据50％以上...     

基于MiSeq高通量测序技术宣恩地区米酒微生物多样性解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州宣恩县的3个米酒样品微生物多样性进行了解析,结果发现米酒中的细菌主要为隶属于Firmicutes(硬壁菌门)的Pediococcus(片球菌属,74.10%)、Bacillus(芽孢杆菌属,6.32%)和Lactobacillus(乳杆菌属,3.03%)以及隶属于Proteobacteria(变形菌门)的Pseudomonas(假单胞菌属,3.58%)、Acinetobacter(不动杆菌属,1.22%)和Enterobacter(肠杆菌属,1.08%),真菌主要为隶属于Ascomycota(子囊菌门)的Wickerhamomyces(异常威克汉姆酵母属,44.67%)、Saccharomycopsis(扣囊复膜酵母,23.10%)和Trichomonascus(1.20%)以及隶属于Mucoromycotina(毛霉亚门)的Amylomyces(淀粉菌,27.06%)。细菌和真菌的核心OTU包含序列条数占总序列数的89.88%和98.80%。由此可见,宣恩地区米酒存在大量的核心细菌和真菌类群。

     

基于16S rRNA基因测序分析烟叶发酵过程中表面微生物的多样性

雪茄烟叶经过发酵处理才能制成风味独特的雪茄产品,研究烟叶发酵过程中微生物的多样性对提高国产雪茄烟叶品质有重要意义。作者采集了来自云南省8个地区初步晾晒的雪茄烟叶和7种来自多米尼加共和国各地的优质雪茄烟叶,基于16S rRNA基因测序技术鉴定各个样品表面微生物种类,通过OTU聚类分析、Alpha多样性分析、物种组成分析等方法进行微生物多样性分析,获得晾晒烟叶表面的优势菌。结果显示,云南省雪茄烟叶的优势菌属为葡萄球菌属,其他常见菌属有假单胞菌属、无色杆菌属、棒状杆菌属、泛菌属等;多米尼加共和国雪茄样品中微生物物种分布较中国雪茄样品更均匀,微生物的多样性整体高于中国雪茄样品,其优势菌属多为葡萄球菌属、棒状杆菌属、四联球菌属;云南省临沧市雪茄烟叶优势菌属与多米尼加雪茄相似,而且它的物种多样性和均匀度高于中国其他地区,具有较大的发展潜力。