婴幼儿羊奶粉及米粉中的细菌多样性分析

为探究婴幼儿奶粉和米粉辅食中细菌群落结构,对婴幼儿食品生产质量控制和监管提供理论依据,本研究采用Ion torrent PGM二代高通量测序平台对14个婴幼儿食品样本中细菌16Sr RNA的V4~V5可变区进行了测序分析。测序共获得13805个不同的OTU,隶属于2界、10门、20纲、50目、84科、144属。分析结果表明,婴幼儿羊奶粉样品比米粉样品具有更高的群落多样性,奶粉样品组内差异较米粉样品小。羊奶粉样品中占绝对优势菌群隶属于厚壁菌门(65.58%)和变形菌门(16.01%),在属水平上以链球菌属(24.86%)和乳球菌属(21.44%)为主;而米粉样品中蓝藻菌门(41.79%)占有绝对优势,厚壁菌门(30.99%)和变形菌门(24.48%)次之,推测主要与两种产品的原料不同有关。另外,沙门氏菌(8.75%)、李斯特氏菌(3.61%)等与食源性疾病相关的细菌种类在米粉样品组中普遍存在,经组间差异性分析表明与奶粉样品中相应丰度有统计学差异(p<0.05),提示婴幼儿米粉产品存在潜在的食品安全隐患,其原料和生产加工环节的质量控制亟需引起生产企业和食品监管部门的重视。     

红腌菜发酵过程中细菌多样性动态分析

为探究红腌菜自然发酵过程中细菌的组成及演替规律,以工厂发酵和农户发酵红腌菜为研究对象,利用Illumina Miseq高通量测序技术对红腌菜发酵过程中的细菌多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,工厂发酵和农户发酵红腌菜共获得有效序列分别为332195和1391172条,聚类后分别得到494和388个OUT;整个发酵过程以变形菌门和厚壁菌门为优势菌门,两者相对丰度之和大于70%;乳酸杆菌目为发酵中后期的优势菌目,工厂发酵和农户发酵样品的相对丰度分别为76.74%～98.05%和53.13%～60.32%;属水平上,工厂发酵样品发酵后期以乳酸杆菌属绝对优势菌属;农户发酵样品以乳球菌属、不动杆菌属、乳酸杆菌属、明串珠菌属为优势菌属。工厂发酵和农户发酵红腌菜样品中细菌群落的主要功能均包含碳水化合物代谢、氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢、其他氨基酸代谢四条KEGG 途径。本研究增强了对红腌菜发酵过程中细菌群落动态演替情况的了解,可为传统红腌菜生产工艺的改进及优良菌种的筛选提供参考。     

南宁地区酸柠檬细菌多样性及潜在功能分析

为解析广西南宁市家庭自制酸柠檬中的细菌群落结构及潜在功能,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对酸柠檬样品细菌群落多样性进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能和表型进行预测。结果表明,酸柠檬中微生物多样性较高,不同样品间优势细菌含量差异较小。优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,累计平均相对含量达98.23%;优势细菌属为劳尔氏菌属（Ralstonia）、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、诺卡氏菌属（Nocardia）、假单胞菌属（Pelomonas）和别样杆菌属（Alistipes）,平均相对含量分别为66.13%、8.18%、2.87%、1.27%、1.01%。酸柠檬中具有氨基酸转运与代谢、能量生产和转换功能的细菌序列占总序列的比例较高,均＞7%,可促进酸柠檬独特风味的形成。     

腊肠发酵过程中细菌多样性评价及其对风味的影响

采用电子鼻对不同发酵时间腊肠风味品质进行评价,并采用MiSeq高通量测序技术对细菌多样性进行解析,同时对细菌的代谢功能进行预测,最终对细菌多样性与风味品质和代谢通路进行关联分析。结果发现在发酵到10 d左右,腊肠的风味品质发生了明显的变化,发酵初期是腊肠风味品质形成的关键时期。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）平均相对含量之和高达96.00%。在属水平上,主要为乳杆菌属（Lactobacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和魏斯氏菌属（Weissella）等乳酸菌。经基因功能预测和相关性分析发现,乳酸菌对腊肠的发酵成熟和风味品质的形成有至关重要的作用。同时,研究表明发酵时间控制在10 d左右,所得的腊肠品质较好。     

天门地区鲊广椒中细菌群落结构及乳酸菌类群研究

该研究采用MiSeq高通量测序技术和PICRUSt软件分别解析了天门地区鲊广椒的细菌类群结构与功能,并结合纯培养方式分离、鉴定和保藏了其中的乳酸菌。结果显示,15份样品被分为2个聚类,聚类Ⅰ中细菌主要隶属于乳杆菌属Lactobacillus,相对含量为89.77%;聚类Ⅱ中细菌主要隶属于克雷伯氏菌属Klebsiella、小坂菌属Kosakonia和四联球菌属Tetragenococcus,相对含量分别为19.81%、12.24%和10.89%,经Mann-Whitnay检验发现2个聚类在Lactobacillus、Klebsiella和Kosakonia等菌属上存在极显著差异(P<0.001);同时,Lactobacillus与Kosakonia和Pseudomonas等菌属之间还呈现出显著负相关关系(P<0.05)。2个聚类在15个功能上存在显著性差异,但两者均在氨基酸和碳水化合物的转运与代谢功能上具有高表达。乳酸菌分离鉴定结果显示,鲊广椒中蕴含了L.plantarum、L.brevis、L.curvatus和L.sakei等乳杆菌类群,其中L.plantarum为天门地...     

基于细菌多样性对草菇发酵制品分析评价

为解决草菇储存周期短的现实问题,进一步增加草菇产业的经济价值。参考东北酸菜的制备方法研发了一种草菇发酵制品,采用高通量测序技术,通过生物信息分析、OTU分析、多样性分析等,以白菜发酵液为参考,对草菇发酵液中微生物群落与潜在功能进行分析。结果显示,草菇发酵液的物种丰度和物种多样性均高于白菜发酵液;草菇发酵液中的优势菌属和白菜发酵液一样,为乳杆菌属（Lactobacillus）,丰度占比高达70%;草菇发酵液的安全性比白菜发酵液的安全性更高。本文还进一步分析讨论了草菇发酵液的安全性高于白菜发酵液的具体的原因。     

遂宁榨菜发酵过程中细菌群落多样性和基因功能预测分析

利用Illumina Miseq高通量测序技术解析遂宁榨菜发酵过程中细菌的多样性,并结合功能预测软件PICRUSt分析微生物群落功能。结果表明,不同发酵时间（10个）样品测序共获得495 681条有效序列,318个可操作分类单元（OTU）。门水平上,优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,其两者相对丰度之和＞93%;属水平上,乳杆菌属（Lactobacillus）成为发酵后期的绝对优势菌属,其相对丰度从0.77%增加至78.63%。PICRUSt软件预测结果显示,遂宁榨菜发酵过程中细菌群落的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包括氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢等。该研究提高了对遂宁榨菜发酵过程中微生物演替模式的了解,为筛选潜在价值的乳酸菌提供数据参考。     

自然发酵腐乳中细菌多样性评价

以腐乳为研究对象,利用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术与Miseq高通量测序技术相结合的手段解析及评价细菌多样性,同时利用传统纯培养的方法对乳酸菌进行分离、纯化与鉴定。结果显示:腐乳中主要微生物为变形菌门(Proteobacteria,80.45%),其中绿脓杆菌属、不动杆菌属、鞘氨醇杆菌属、布丘氏菌属和草螺菌属细菌为优势细菌属。同时通过PCR-DGGE和纯培养发现腐乳中鉴定出7株乳酸菌,其中2株为戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),1株为乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici),4株为屎肠球菌(Enterococcus faecium)。由此可知腐乳中蕴含着丰富的微生物资源,同时屎肠球菌(Enterococcus faecium)为优势乳酸菌。     

晴隆酸菜发酵过程中微生物菌群多样性动态分析

利用高通量测序的方法,对晴隆酸菜四个发酵时期（T1、T2、T3、T4）微生物多样性、群落结构进行动态分析。结果表明,参与发酵的细菌有24门262属,真菌有7门131属;微生物群落多样性随着发酵的进行呈下降趋势,发酵末期的微生物群落多样性最低、微生物种属数量最少;发酵前中期微生物群落结构不稳定相似性较低,而发酵末期微生物群落结构稳定相似性较高;四个发酵时期的酸菜中存在着优势菌属的消长变化,总发酵过程中微生物优势菌属为5个细菌属：魏斯氏菌（Weissella）、乳酸杆菌（Lactobacillus）、明串珠菌（Leuconostoc）、鞘脂单胞菌（Sphingomonas）、根瘤菌（Rhizobium）,9个真菌属：Sampaiozyma、枝孢菌（Cladosporium）、掷孢酵母（Sporobolomyces）、Vishniacozyma、附球菌（Epicoccum）、Plectosphaerella、Filobasidium、红酵母（Rhodotorula）、枝顶孢（Acremonium）。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。     

昆明酸浆米粉优势乳酸菌筛选及发酵性能研究

从昆明酸浆米粉中首次筛选适合于米粉发酵的优势乳酸菌菌株,研究不同培养温度对优势菌分离纯化效果的影响,探讨发酵性能。采用高通量筛选技术及应用产酸能力、发酵活力与酸浆米粉的感官评价程序,筛选发酵优势菌株,并利用微量生化反应对优势菌进行分类鉴定。结果表明:在37℃分离培养条件下乳酸杆菌较占优势,获得发酵性能优良的乳酸杆菌R1、R9、R11菌株。鉴定菌种结果:R1菌株为大双歧杆菌(Bifidobacterium magnum)、R9菌株为鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)、R11菌株为米酒乳杆菌米酒亚种(Lactobacillus sakei ss sakei)。其中R9菌株产酸能力最强,发酵活力最高,使酸浆米粉韧性高;R1菌株使酸浆米粉的米香风味最佳;R11菌株使酸浆米粉口感爽滑。可利用此3株发酵性能优良的乳酸杆菌人工制备酸浆米粉复合发酵剂,进一步开发研制优良品质的酸浆米粉。     

鄂尔多斯地区酸粥细菌多样性分析及乳酸菌的分离鉴定

以采集自内蒙古鄂尔多斯地区的8个酸粥样品为研究对象,利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对样品进行细菌菌群结构及多样性研究,分离鉴定其优势菌株。结果表明:8个样品中的细菌主要来自厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),乳酸杆菌属(Lactobacillus)和醋酸杆菌属(Acetobacter)为优势菌属。乳酸杆菌属在各样品中占比最高,为42.63%～97.49%。SZ1、SZ2样品与其他样品的菌群结构差异较大,可能与不同采集时间有关。对上述样品中的乳酸菌进行分离纯化,通过生理生化试验结合分子生物学方法,鉴定获得1株干酪乳杆菌(Lactobacillus casei),1株发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),2株植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和4株副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。上述研究结果为酸粥工业化生产提供菌种资源和理论依据。     

重庆东部地区鲊广椒乳酸菌分离鉴定及细菌菌群多样性分析

为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性,该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象,采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定,并进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进行了解析。结果表明,采用纯培技术共从鲊广椒样品中分离得到122株乳酸菌,鉴定为同一个门5个属下的22个种,其中戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）为鲊广椒中的优势细菌,分别占乳酸菌总分离株的26.23%、20.49%和18.85%。高通量测序结果表明重庆东部地区鲊广椒样品以厚壁菌门（Firmicute）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）为主,且在属水平上平均相对丰度大于1.0%的细菌属有7个,包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）、棒状杆菌属（...     

不同工厂豇豆泡菜发酵过程中理化特性及细菌群落多样性研究

基于高通量测序技术解析了两个不同工厂（J厂和W厂）豇豆泡菜发酵过程中细菌群落动态变化规律。结果表明,发酵第1天,弧菌属（Vibrio）和魏斯氏菌属（Weissella）主导了J厂,而乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）是W厂发酵第1天的主要菌属,在发酵15 d后,乳杆菌属（Lactobacillus）在J厂和W厂均占绝对主导地位。两家工厂发酵初期的细菌群落结构差异较大,但随着发酵进行,菌群结构逐渐相似。从豇豆泡菜的理化指标来看,两家工厂豇豆泡菜的pH和草酸含量逐渐降低而总酸、乳酸和乙酸含量显著增加,J厂总酸和乳酸含量高于W厂,而后者pH、盐度和乙酸含量更高。     

腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定

以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术（HTS）与变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术相结合的方法对其中所 含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门 为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、 Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸 菌 有 Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp. plantarum 和 Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L. plantarum 7株,L. alimentarius 2株,L. curvatus和L. brevis各1株以及L. sakei 4株。 由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。     

添加糖和乳酸菌对东北酸菜发酵效果的影响

为明确糖对东北酸菜发酵效果的影响,该研究设置无添加对照、添加糖、添加乳酸菌3个处理,测定酸菜发酵过程中的理化指标及微生物动态.结果表明,添加糖或乳酸菌处理,pH值下降速度显著快于对照.在发酵第12天,添加乳酸菌处理中可溶性糖的下降最为显著.在发酵第6天,与对照相比,添加乳酸菌和糖处理的乳酸菌数量更高.3个处理中添加乳酸...     

盐渍藠头盐水细菌多样性及基因功能预测分析

采用MiSeq高通量测序技术对来凤地区盐渍藠头盐水细菌多样性进行解析,并采用PICRUSt技术对其基因功能进行预测。结果表明,99.58%的基因序列长度为425～451 bp,基本覆盖16S rRNA V3-V4区序列;优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,平均相对含量分别为43.94%、33.12%和18.21%;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和嗜热油菌属（Thermoleophilum）,平均相对含量分别为30.28%、18.21%和16.13%;共有219个核心操作分类单元（OTU）,包含的序列数占总序列数的75.56%;盐渍藠头盐水中可能共有大量具有较强氨基酸转运和代谢功能的细菌类群。     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。     

高通量测序技术分析生榨米粉生粉团中细菌多样性

目的 探究生榨米粉(SZMF)生粉团的细菌多样性,并分析其致病菌污染情况。方法 收集广西南宁地区不同作坊的6份生榨米粉生团,利用16srDNA高通量测序检测,并进行细菌多样性分析,然后在16s rDNA高通量测序结果的基础上用国家标准方法对致病菌进行检验。结果 在门水平上, 6份样品的优势细菌门分别为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门。在属水平上, 6份样品中相对丰度较高的菌属为芽胞杆菌属、乳杆菌属、肠球菌属等。国家标准方法检测结果显示, 6份样品中,有3份样品含有蜡样芽胞杆菌。结论 生榨米粉生粉团中细菌种属较为丰富,不同的生产厂家其样本在菌落组成和丰度上有所不同。生榨米粉生粉团中蜡样芽胞杆污染率较高,具有一定的食品安全风险。对生榨米粉的食品安全监管时,应关注蜡样芽胞杆菌的污染情况。     

丹江镇辣椒红酸汤细菌菌群多样性分析及抗食源性致病菌乳酸菌筛选

以贵州丹江镇传统辣椒红酸汤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术进行细菌菌群多样性分析,结合微生物纯培养技术和双层平板法从中分离优势乳酸菌,通过分子生物学技术对其进行菌种鉴定,并筛选抗食源性致病菌乳酸菌。结果表明,辣椒红酸汤样品中的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。从辣椒红酸汤样品中共分离得到17株乳酸菌,经鉴定,11株为干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）、3株为副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）、1株为副干酪乳杆菌亚种（Lactobacillus paracasei subsp.）、1株为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、1株为乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）,其中4株乳酸菌具有较好的产酸和抑菌性能,且干酪乳杆菌ST7-14的抑菌能力最好,对蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）ST2-1和阴沟肠杆菌（Enterobacter cloacae）ST2-6的抑菌圈直径分别为37.0 mm和31.5 mm。