高通量测序技术分析刺梨自然发酵过程中细菌多样性

分析刺梨自然发酵过程中细菌菌群特征,为筛选刺梨酿造优良菌种提供参考。基于Illumina MiSeq高通量测序技术,分析刺梨果实自然发酵1 d、3 d、5 d和15 d 4个阶段样本中细菌种群组成和多样性。结果表明,高通量测序分析结果共获得150 385条有效序列,118个操作分类单元（OTUs）,分属于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、蓝细菌门（Cyanobacteria）等8个门类;物种多样性分析结果表明,刺梨果实发酵过程中,葡糖杆菌属（Gluconobacter）细菌表现出先增加后降低的趋势;弗拉托氏菌属（Frateuria）、肠杆菌属（Enterobacter）、塔特姆菌属（Tatumella）细菌在刺梨发酵过程中含量逐渐降低;而醋酸杆菌属（Acetobacter）和葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter）、酒酒球菌属（Oenococcus）细菌含量在发酵过程中含量不断增加。     

高通量测序分析沙棘酵素自然发酵过程中细菌多样性

为探寻沙棘酵素在自然发酵过程中细菌群落结构及多样性的变化,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对不同发酵时期的沙棘酵素液进行细菌多样性研究。结果表明：经可操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）分析共得到25 个门,57 个纲,149 个目,239 个科,422 个属,601 个种;在门水平上进行群落组成分析,共得到5 种优势菌门,分别为蓝藻细菌门（Cyanobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、未知细菌菌门（unclassified_k__norank_d__Bacteria）、酸杆菌门（Acidobacteriota）、厚壁菌门（Firmicutes）,其中,Cyanobacteria为绝对优势菌门,在前期（F22_Q）、中期（F22_Z）和后期（F22_H）3 个发酵阶段的相对丰度分别为93.28%、66.59%和35.40%;在属水平上共有5 种优势菌,分别为norank_f__norank_o__Chloroplast、雷尔氏菌（Ralstonia）、unclassified_k__norank_d__Bacteria、norank_f__Mitochondria、Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia,其中,norank_f__norank_o__Chloroplast为绝对优势菌属,相对丰度范围为35.39%～93.28%;通过样本层级聚类分析和主成分分析,3 个发酵阶段可聚为两类,前期（F22_Q）和中期（F22_Z）聚为一类,后期（F22_H）为一类。本研究揭示了沙棘酵素自然发酵过程中细菌群落演替,为沙棘酵素发酵奠定了一定的理论基础。     

基于高通量测序分析湘派卤牛肉冷藏过程中真菌多样性

目的 探究湘派卤牛肉冷藏过程中真菌菌群变化规律及其多样性。方法将湘派卤牛肉于4℃下贮藏16 d,每间隔4 d采样,利用高通量测序技术对样品中的真菌进行检测。结果 湘派卤牛肉在冷藏过程中真菌多样性呈先下降后上升的趋势。在门水平上,被孢霉门(Mortierellomycota)为优势菌门,相对丰度为22.3%～51.9%。其次为子囊菌门(Ascomycota),相对丰度为22.6%～42.0%。最后为担子菌门(Basidiomycota),相对丰度为6%～40.3%。在属水平上,优势菌属主要为:f＿Mortierellaceae;g＿unidentified、散尾鬼笔属(Lysurus)和伊萨酵母属(Issatchenkia)。主坐标分析显示4与12 d之间微生物结构差异较小,0、8、16 d之间微生物结构差异较大,两个主坐标叠加解释度达79.35%;经UPGMA聚类算法构建的真菌聚类堆叠树状图显示,5种样品可分为4个大类,其中LNR4 d、LNR12 d菌群差异不大为一类,LNR0 d、LNR8 d、LNR16 d菌群差异较大各聚为一类。结论 本研究通过对比不同冷藏时间下湘派卤牛肉的真菌...     

基于高通量测序分析进口大麦真菌多样性

文章介绍了高通量测序技术在食品安全及植物病害真菌检疫中的应用。利用Illumina-Hiseq测序技术,对进口和国产大麦的真菌多样性进行了研究。从澳大利亚、法国、加拿大和国产大麦样品中共获得331054个ITS序列,系统分类学分析将其归类为6门、25纲、50目、80科、115属、158种,表明样品的真菌多样性较高。进口大麦和国产大麦的优势真菌均以子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota为主,两者之和占到全部真菌的97.46%～99.97%;优势菌属为李维菌属Lewia、隐球菌属Cryptococcus、Udeniomyces菌属、埃里格孢属Embellisia、锁掷酵母属Sporidiobolus、赤霉属Gibberella、蜡蚧菌属Lecanicillium、链格孢属Alternaria、红酵母属Rhodotorula、曲霉属Aspergillus、格孢腔菌属Pleospora等。韦恩图分析结果显示法国、加拿大、澳大利亚和中国的大麦真菌群落种类差异较大,每个产地的大麦真菌群落有各自的特性真菌。文章利用高通量测序建立了进口和国产大麦真菌多样性生物信息学数据库,不...     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。     

基于高通量测序分析不同浏阳豆豉中真菌的多样性

建立测定酱油中铅的氢化物原子荧光光谱法,同时以酱油为样本进行精密度和准确度测定,以及对酱油能力验证盲样考核样进行不确定度分析。结果表明,铅含量在0～100.00 ng/mL呈线性关系,相关系数（R）为0.999 8,该方法的检出限为0.74 μg/L,定量限为2.22 μg/L,精密度试验结果相对标准偏差（RSD）为1.16%～4.48%,回收率为93.3%～106.6%。2个盲样考核样不确定度结果分别为（0.940±0.092） mg/L和（0.460±0.035） mg/L,能力验证考核结果为满意。研究结果表明,采用水质分析质量控制工作程序对氢化物原子荧光光谱法测定酱油中铅进行分析质量控制,保证实验结果误差在可控制的范围内,获得高度可信的分析结果。     

基于高通量测序和可培养方法的勐海发酵普洱茶真菌多样性分析

通过高通量测序技术和传统可培养方法跟踪分析了勐海百中堂茶厂普洱茶发酵过程不同阶段的真菌多样性,采用多相鉴定方法准确鉴定了可培养真菌的分类学地位。可培养方法共分离到真菌107株,包括11个属,16个种,优势种为琉球曲霉(Aspergillus luchuensis)、新黑曲霉(Aspergillus neoniger)、烟曲霉(Aspergillus fumigatus)、青霉(Penicillium sp.)、枝孢菌(Cladosporium sp.)、微小根毛霉(Rhizomucor pusillus)、伞枝横梗霉(Lichtheimia corymbifera)、食腺嘌呤芽生葡萄孢酵母(Blastobotrys adeninivorans)、法布里德巴利酵母(Debaryomyces fabryi)、布兰克假丝酵母(Candida blankii)。高通量测序共分析到真菌69个属,189个OTU,优势属包括枝孢菌属(Cladosporium)、芽生葡萄孢酵母属(Blastobotrys)、假丝酵母属(Candida)。结果显示,普洱茶发酵过程中前期真菌多样性较后期高,研究结果为发酵普洱茶微生物安全性评价及功能性分析奠定了基础。     

基于高通量测序技术分析霉变核桃仁真菌多样性

目的:研究核桃仁在适宜霉变条件(温度25 ℃、相对湿度85%)下的真菌侵染过程,揭示其霉变过程中真菌群落的结构与真菌群落样性变化。方法:采用Illumina Miseq高通量测序方法分析核桃仁霉变过程中的真菌群落组成和多样性。结果:子囊菌门是核桃样品霉变的主要真菌门类,相对丰度在27.41%~99.98%范围,其次是担子菌门,相对丰度在0.01%~32.56%范围。在真菌属水平上,霉变过程中的主要优势种群为镰孢菌属、链格孢属、赤霉属与曲霉属。1周内核桃仁的霉变过程可大致分为Ⅰ期(0~2 d)、Ⅱ期(3~4 d)、Ⅲ期(5~7 d)3个时期,Ⅱ期与Ⅰ期相比镰孢菌属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅱ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集,Ⅲ期与Ⅰ期相比镰孢菌属、链格孢属与曲霉属出现明显的富集。结论:核桃仁霉变过程中真菌微生物群落的变化分为3个时期,真菌多样性呈下降趋势,镰孢菌属、链格孢属与曲霉菌属是其霉变的优势真菌种群。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析.结果表明,样品中共检测出35个门、378个属的细菌和4个门、38个属的真菌.优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉...     

高通量测序技术分析浓香型白酒酒糟自然堆积发酵过程的微生物多样性

通过第三代高通量测序技术对浓香型白酒酒糟堆积发酵过程中的细菌、真菌进行全面的测序分析,从而解析堆积不同时间节点的微生物群落变化规律。结果表明：堆积过程中,7个时间节点分别检测到125个、34个、72个、52个、30个、35个、47个细菌属,48个、16个、26个、23个、24个、30个、28个真菌属。自然堆积发酵过程中细菌优势菌属是芽孢杆菌,占比最高达到86.22%;此外,Tuberibacillus、醋酸杆菌属（Acetobacter）的占比也较高,相对丰度最高分别达到33.46%、15.79%。真菌优势菌属是嗜热菌属,在发酵中后期中稳定存在,占比大于40%;此外,棒孢酵母属（Clavispora）和丝衣霉菌属（Byssochlamys）的占比也较高,相对丰度最高达到77.40%、83.86%。该结果为深入研究和制备可高效发酵利用浓香型白酒酒糟的功能微生物提供了数据参考。     

基于高通量测序分析刺梨果渣自然发酵过程中细菌群落结构及多样性

为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d (每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中共检测而出26个门类、40个纲类群、74个目类群、162个科类群、373个属类群。在整个发酵过程中,主要以葡糖杆菌属和醋酸杆菌属为主。发酵结束后,在门相对水平丰度值依次是变形菌门(Proteobacteria,99.85%)、厚壁菌门(Firmicutes,0.03%)、放线菌门(Actinobacteria,0.02%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.02%),在整个发酵过程中变形菌门占主要地位;在属相对水平丰度值排前面的葡糖杆菌属(Gluconobacter,65.37%)和醋酸杆菌属(Acetobacter,33.66%)为刺梨果渣发酵过程中绝对的优势菌;发酵后期细菌群落趋于稳定,表明刺梨果渣自然发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。     

基于高通量测序技术分析浓香型白酒大曲真菌菌群多样性

采用高通量测序技术对15份浓香型白酒大曲真菌多样性进行分析。结果表明,不同样品真菌群落丰度和多样性存在显著差异。主坐标分析（PCoA）结果表明,样品NX-1、NX-3、NX-4、NX-10、NX-11真菌组成相似、样品NX-2、NX-8真菌组成相似、其余样品真菌组成存在差异。15份大曲样品中共检测到393个操作分类单元（OTUs）,隶属于6个门19个纲和117个属,其中子囊菌门（Ascomycota）、酵母纲（Saccharomycetes）和散囊菌纲（Eurotiomycetes）在15份大曲样品中的相对丰度均较高。在属分类水平上,15份大曲样品出现明显差异,样品NX-1、NX-4、NX-11中的热子囊菌属（Thermoascus）、嗜热真菌属（Thermomyces）,样品NX-3、NX-10、NX-13、NX-6和NX-14中的覆膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、毕赤酵母属（Pichia）,样品NX-5、NX-12、NX-15、NX-7中的曲霉属（Aspergillus）,样品NX-9中的曲霉属和根毛霉属（Rhizomucor）、样品NX-2中的威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）、酵母属（Saccharomyces）,及样品NX-8中的耐碱酵母属（Galactomyces）和双足酵母属（Dipodascus）相对丰度较高。     

利用高通量测序技术分析民间面引子中的真菌多样性

面引子是传统面食加工中发酵剂,以前对其微生物的研究大多集中于分离培养法,本实验旨在采用新一代高通量测序技术揭示传统面引子中的真菌群落结构特征。从我国不同地区收集18?个民间面引子样品,基于宏基因组采用聚合酶链式反应扩增ITS1区,Illumina?Miseq测序,云平台分析样品中真菌群落。结果表明：18?个样品中发现101?个操作分类单元,属于真菌界4?个门、9?个纲、15?个目、25?个科、38?个属、56?个种;酿酒酵母是大多数样品中的优势菌;酿酒酵母、Fungi?sp.、unclassified_k__Fungi这3?个种在所有样品中都存在,而且数量较大;Kazachstania bulder、戴尔凯氏有孢圆酵母、矮小假丝酵母、光滑假丝酵母菌、清酒假丝酵母这5?个种数量较大,但只在单个样品中出现;异常威克汉姆酵母、Alternaria?sp.和帚状曲霉数量相对多一些,出现频率较高,在绝大多数样品中都有分布。各样品真菌群落结构相差不大,而且类型和地理分布差异也不明显。     

基于高通量测序分析不同发酵方式下黄精泡菜中微生物多样性

为探明母水发酵和接种发酵对黄精泡菜品质的影响,该文研究黄精泡菜发酵过程的相关理化指标和感官评价,并利用高通量测序方法分析不同发酵时间黄精泡菜中微生物群落组成和多样性的变化。结果表明,两种黄精泡菜发酵第3 天时pH 值为3.0,母水发酵总酸含量为11.9 g/kg,接种发酵总酸含量为7.3 g/kg,母水发酵第3 天和接种发酵第5 天成熟度最好,质地脆嫩、汁液清亮。两种黄精泡菜亚硝酸盐含量远低于标准限量（20 mg/kg）。通过微生物群落结构分析发现,两种黄精泡菜优势菌门是厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）;属水平上,接种发酵优势属是植物乳杆菌属（Lactiplantibacillus）,而母水发酵优势属是植物乳杆菌属（Lactiplantibacillus）、迟缓乳杆菌属（Lentilactobacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）和嗜戊糖乳杆菌属（Secuutliactobacillus）。Alpha 多样性指数分析表明两种黄精泡菜微生物群落丰富度相近,母水发酵微生物多样性高于接种发酵;主成分分析表明,两种黄精泡菜微生物群落结构差异较大,母水发酵群落结构随发酵时间变化较大。     

基于高通量测序技术的宜宾芽菜真菌多样性研究

宜宾芽菜是一种中国传统的酱腌菜,为探究其发酵过程中微生物的多样性和优势菌群,采用免培养法与高通量测序技术相结合分析发酵过程中微生物的群落动态变化。结果表明:宜宾芽菜发酵过程的6个不同时期共获得212844条序列,聚类分析共产生1198个OTU分类,比较充分地展示了宜宾芽菜发酵过程中真菌群落结构。通过Alpha多样性指数和稀疏曲线表明宜宾芽菜中真菌群落有着非常高的多样性与丰富性,发酵过程中的真菌优势菌群有较大的变化,并且发现了大量的非培养真菌和未分类真菌。     

高通量测序分析白切鸡菌群多样性

目的:分析包装方式及贮藏温度对白切鸡中微生物菌群结构的影响。方法:采用托盘包装(AP)、100%N₂(MN)包装和30%CO₂+70%N₂(MC)3种包装方式对白切鸡进行包装,4℃和12℃下贮藏,于贮藏中期及末期取样,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对16S rDNA的V3～V4区域测序。结果:在97%的相似水平下共获得2 216类可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),且这些OTU都属于细菌域,包括5个门、40个属;所有处理组中丰度最高的菌门均为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),两种丰度之和平均占96.93%;12℃及4℃下AP组贮藏末期样品优势菌群均为假单胞菌属(Pseudomonas),而MN和MC组优势菌群与AP组明显不同,4℃下MC与MN组优势菌群为环丝菌属(Brochothrix)和沙雷氏菌属(Serratia),12℃下还观察到肠杆菌属(Enterobacteriaceae)和克吕沃尔菌属(Kluyvera)。...     

基于高通量测序浏阳豆豉不同发酵阶段微生物多样性分析

采用454高通量焦磷酸测序研究浏阳豆豉传统生产工艺中不同阶段的微生物多样性。前发酵和后发酵3 d前后,微生物水平差异不大,但样品LY03即后发酵15 d时,无论是细菌还是真菌和样品LY01、LY02相比显示更加的多样性,微生物的门、纲、目、科、属均有明显增加,除部分没有确认的外,真菌多样性各水平分别为制曲成熟和后发酵3 d差别不大,但后发酵15 d显著增加,制曲成熟主要微生物属以根霉、曲霉为主,大量酵母菌参与后期发酵。细菌多样性变化显著,制曲成熟和经过洗曲后发酵3 d差异不大,但堆积发酵15 d各水平显著增加,芽孢杆菌属在全过程丰度高,乳酸菌种类较多和比例较高。这种堆积发酵时间不同,其微生物多样性差异明显,生产工艺的非标准化是否会影响到产品品质,特别是药效值得进一步深入研究。     

基于高通量测序的玉米中微生物多样性分析

为了明确玉米表面的微生物多样性特征,以新收获的玉米为原料,通过分离、纯化、鉴定玉米表面的优势微生物,并结合高通量测序技术,分析了玉米表面的主要微生物类群及其多样性。从玉米表面初步分离鉴定了11种细菌,其中假单胞菌3种,肠杆菌2种,克雷伯肺炎杆菌、泛菌、溶血葡萄球菌、肠球菌各1种;12种不同的霉菌,其中草酸青霉3种,黑曲霉2种,青霉、散囊菌目、绳状篮状菌、桔青霉、米根霉、串珠镰刀菌、黄曲霉各1种。通过高通量测序技术发现玉米中细菌的优势菌属为泛菌属、肠球菌属和鞘氨醇杆菌属,真菌的优势属主要有镰刀菌属、帚枝霉属、篮状菌属、青霉属和曲霉属。研究结果为深入阐述玉米储藏过程中微生物的发生发展及其生物毒素代谢规律奠定了基础。     

基于传统培养法和高通量测序技术分析新疆红枣中真菌多样性

目的 揭示新疆红枣中真菌多样性, 有效防控红枣病害的发生。方法 采用高通量测序技术与传统微生物培养法对红枣进行真菌群落结构分析, 利用Huang模型比较分离的有害真菌的生长。结果 高通量测序结果表明, 优势菌属为链格孢属（Alternaria）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和青霉属（Penicillium）, 传统微生物分离测序鉴定的真菌群落为曲霉属（Aspergillus）、链格孢属（Alternaria）、青霉属（Penicillium）、枝孢属（Cladosporium）和踝节菌属（Talaromyces）。在马铃薯葡萄糖琼脂培养基和红枣琼脂培养基上, 产黄青霉的生长速率最小, 赭曲霉的迟滞时间最长, 链格孢霉和黄曲霉在这两种培养基上的生长速率相关性较好。结论 红枣的主要致病菌是曲霉属和链格孢属。