基于高通量测序的浙江玫瑰醋发酵过程中细菌菌群结构及其动态演替撤回

基于Illumina MiSeq高通量测序对浙江玫瑰醋"冲缸放水"后醋样中的细菌DNA序列的V4区进行测序。在门水平对细菌群落进行分析,表明浙江玫瑰醋在"冲缸放水"后的发酵过程中主要菌群为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),两者相对丰度一直处于98%以上,并且变形菌门相对丰度持续升高,厚壁菌门持续降低。在属水平对细菌进行分析表明,浙江玫瑰醋发酵过程中主要为醋酸杆菌属(Acetobacter)和乳杆菌属(Lactobacillus),并且醋酸杆菌属随着发酵的进行相对丰度呈现持续上升趋势,乳杆菌属呈现下降趋势。肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度较低,但存在于整个发酵过程。开始"冲缸放水"时的细菌组成与后期发酵有明显差异。对浙江玫瑰醋发酵过程中乳酸菌进行了分离、鉴定,得到了4株副干酪乳杆菌(L. paracasei),1株清酒乳杆菌(L. sakei),1株鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus),1株干酪乳杆菌(L. casei)。将浙江玫瑰醋发酵过程中细菌组成与其他醋发酵...     

浙江玫瑰醋发酵过程中细菌菌群结构变化与有机酸形成相关性分析

基于Illumina MiSeq高通量测序对浙江玫瑰醋“冲缸放水”后的醋样中细菌V4区进行测序,并用高效液相色谱对醋样有机酸含量进行测定,得出玫瑰醋发酵过程中细菌相对丰度以及有机酸含量的变化,并用双向正交偏最小二乘（bidirectional orthogonal partial least squares,O2PLS）法模型对两者相关性进行分析,结果表明：玫瑰醋在“冲缸放水”后的发酵过程中,醋酸杆菌属和乳酸杆菌属在细菌菌群中占绝对优势（相对丰度之和大于80%）;玫瑰醋中有机酸含量一直呈现上升趋势,乙酸和乳酸含量最高,对玫瑰醋有机酸含量进行系统聚类分析和主成分分析分析,可以将醋样分为发酵前期、发酵中期、发酵后期三大类,各类醋样有机酸组成差异显著;利用O2PLS模型对细菌与有机酸相关性分析,得到23 个与有机酸相关重要性指标（VIP（pred））大于1的细菌属,包括Acetobacter、Lactobacillus、Methylobacterium等;对VIP（pred）大于1的细菌与有机酸进行相关性分析,作出细菌与有机酸相关性系数Heatmap,并得出与各种有机酸相关性系数|ρ|＞0.6的高度相关细菌属。为找寻玫瑰醋发酵过程中的功能微生物,提升玫瑰醋品质提供数据支持。     

基于高通量测序的郫县豆瓣不同发酵期细菌群落结构及其动态演替

采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对郫县豆瓣全发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行深入研究,测序获得有效序列数731188条,归类为11个门（Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria、Chlorobi、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Fusobacteria、Cyanobacteria、Bacteroidetes、Acidobacteria、Deferribacteres）和其他未分类的单元,包含37082个OTU。研究结果表明郫县豆瓣细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵的持续和环境的变化而不断变化,尤其是peijiao样品,其细菌组成的丰度与其他5个时期的样品（BZ1Y、BZ5Y、BZ10Y、HE1Y和HE5Y）差异显著。另外,还有一些未被分类的细菌新物种资源等待深入挖掘。结果揭示了郫县豆瓣中有185个细菌属,其中Staphylococcus、Weissella、Pediococcus、Lactobacillus、Corynebacterium和Bacillus属的细菌是豆瓣发酵的主要优势菌群,伴随于郫县豆瓣的整个发酵过程,对郫县豆瓣的质量与风味产生重要的影响。     

基于高通量测序分析四川辣椒酱自然发酵过程中细菌群落结构演替规律

以自然发酵的四川辣椒酱为研究对象,通过高通量测序技术,探究其在发酵过程中细菌群落的多样性和演替规律。结果表明,辣椒酱自然发酵过程中在门的水平上主要有厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等菌门,其中厚壁菌门的数量随着发酵时间增加逐渐增多,在发酵第15 d时相对丰度达到28.56%,成为丰度最高的菌门。在属的水平上主要有乳杆菌属(Lactobacillus spp.)、片球菌属(Pediococcus spp.)、魏斯氏菌属(Weissella spp.)、葡萄球菌属(Staphyloccoccus spp.)等,其中优势菌属乳杆菌属在0~25 d含量较低,在发酵第30 d时,相对丰度达到68.24%。此外,在辣椒酱自然发酵过程中,检测到肠杆菌属(Enterobacter spp.)等致病菌属,表明自然发酵辣椒酱存在微生物卫生食用安全问题。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析四川麸醋发酵过程中微生物菌群结构

以四川麸醋为研究对象,采用高通量测序技术分析四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化和演替规律。结果表明:细菌菌群和真菌菌群丰度指数均在发酵第1天时最大,而细菌菌群和真菌菌群多样性指数最大值分别在发酵第1天和第23天。在门水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌门是厚壁菌门,而真菌的优势菌门是子囊菌门。在种水平上对醋醅中细菌菌群结构和真菌菌群结构进行分析,发现细菌的优势菌种是耐酸乳杆菌和巴氏醋杆菌,分别在发酵第7天和第25天时达到最大占比54.47%和84.54%,而真菌的优势菌种是酿酒酵母,在发酵第5天时达到最大占比97.94%。此外,还在醋醅中检测出曲霉属、链格孢属等。通过对四川麸醋发酵过程中微生物群落结构变化演替规律的研究,以期能锚定优势菌种,通过调控发酵环境的微生态结构来提高麸醋的质量。     

基于高通量测序解析四川晒醋固态发酵过程中细菌群落变化

本文以四川晒醋固态发酵过程的醋醅为研究对象,采用高通量测序分析其细菌群落结构及其丰度。结果表明,在整个发酵过程中,醋醅中的细菌群落共包括166个属。当发酵第15 d时,经可操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs）分析共得到11个门、14个纲、36个目、45个科和79个属;通过UPGMA聚类分析初步探索了糖化、酒精发酵和醋酸发酵同池发酵的分界节点,即第1~3 d为发酵初期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌（Weissella）;第5~11 d为发酵中期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）,在发酵第7 d时细菌的丰富度和多样性达到最高值;第13~17 d为发酵后期,其优势细菌为醋杆菌属（Acetobacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）。本研究揭示了晒醋固态发酵过程中细菌群落演替,为进一步研究晒醋发酵过程中微生物群落结构奠定了基础。     

传统清香型白酒发酵过程中细菌群落结构及其动态演替

利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对传统清香型白酒大楂和二楂发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行研究,测序获得有效序列数分别为319 872条和269 087条,归类为15个门(厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、浮霉菌门、绿弯菌门、疣微菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门、衣原体门、硝化螺旋菌门、广古菌门、产金菌门、梭杆菌门、蓝细菌门,分别包含39 567,22 717个OTUs。研究表明:大楂和二楂细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵和环境的变化而变化,主要优势菌群包括葡萄球菌属、片球菌属、乳杆菌属。它们动态变化,此消彼长,影响大楂和二楂酒的质量与风味物质的产生。     

基于高通量测序的冷冻南极磷虾中细菌菌群 结构分析

目的分析冷冻南极磷虾中总细菌菌群和可培养细菌菌群的结构特征。方法提取冷冻南极磷虾中宏基因组,通过高通量测序技术进行总细菌菌群分析;提取冷冻南极磷虾中可培养细菌菌落的总DNA,通过高通量测序技术进行可培养细菌菌群分析。结果冷冻南极磷虾中总细菌菌群多样性丰富,相对丰度大于1%的包括芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、八叠球菌(Sarcina)、乳球菌属(Lactococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)、未分类菌(unclassified)、罗尔斯顿菌属(Ralstonia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)以及苯基杆菌属(Phenylobacterium),占总量的85.04%。冷冻南极磷虾中可培养的细菌种类少,主要包括假交替单孢菌属(Pseudoalteromonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和嗜冷单胞菌属(Psychromonas),相对丰度分别为64.43%、33.47%和1.75%。可培养细菌中占优势的假交替单孢菌属、嗜冷杆菌属和嗜冷单胞菌属仅占总细菌菌群的1.10%。结论本研究初步揭示了南极磷虾细菌菌群的多样性和相对丰度,为进一步研究微生物与南极磷虾品质的相关性奠定基础。     

PacBio测序分析开菲尔发酵过程中细菌演替

利用PacBio SMRT测序技术,对采集自新疆喀什地区牧民家中的开菲尔进行0～96 h发酵过程中细菌群落的结构演替进行分析.研究结果如下:在整个发酵过程中芽孢杆菌(Bacillus)、肠杆菌属(Enterobacter)和气单胞菌属(Aeromonas)是开菲尔发酵过程中的优势菌属.在发酵过程中鉴定到种约有6种.在整...     

基于高通量测序分析玉米浸泡液细菌菌群结构及多样性

为探究玉米浸泡液新酸、老酸在逆流浸泡过程中细菌群落的组成、微生物的多样性与淀粉提取浸泡工艺的联系,利用Illumina MiSeq 高通量测序技术对玉米浸泡副产物中的新、老酸玉米浸泡液进行细菌16S rRNA V3～V4 测序,结果表明样品中新酸2（L-2）、新酸3（L-3）、新酸4（L-4）、老酸2（X-2）、老酸3（X-3）、老酸4（X-4）中有效序列分别为42 102、41 679、39 779、39 922、39 800、38 896 条。在属的分类层次上,老酸中的优势细菌属包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、海洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）,新酸中的优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）。玉米浸泡液中的新酸老酸菌群结构和丰度有所不同,结果发现在玉米浸泡液中存在提升浸泡工艺的有益菌,也存在降低玉米淀粉质量的有害菌和腐败菌。     

基于高通量测序技术分析广味香肠中细菌群落结构和演替规律

以广味香肠为对象,采用高通量测序技术研究广味香肠自然发酵过程中细菌群落结构和演替规律,结果表明:广味香肠发酵过程中,在门的水平主要有厚壁菌门、变形杆菌门、拟杆菌门、放线菌门,优势菌门厚壁菌门随发酵时间先增后减,第20天时,厚壁菌门占比达95.4％;在属的水平上,主要有弧菌属、乳酸杆菌属、魏斯氏菌属、不动杆菌属、环丝菌属...     

高通量测序技术分析刺梨自然发酵过程中细菌多样性

分析刺梨自然发酵过程中细菌菌群特征,为筛选刺梨酿造优良菌种提供参考。基于Illumina MiSeq高通量测序技术,分析刺梨果实自然发酵1 d、3 d、5 d和15 d 4个阶段样本中细菌种群组成和多样性。结果表明,高通量测序分析结果共获得150 385条有效序列,118个操作分类单元（OTUs）,分属于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、蓝细菌门（Cyanobacteria）等8个门类;物种多样性分析结果表明,刺梨果实发酵过程中,葡糖杆菌属（Gluconobacter）细菌表现出先增加后降低的趋势;弗拉托氏菌属（Frateuria）、肠杆菌属（Enterobacter）、塔特姆菌属（Tatumella）细菌在刺梨发酵过程中含量逐渐降低;而醋酸杆菌属（Acetobacter）和葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter）、酒酒球菌属（Oenococcus）细菌含量在发酵过程中含量不断增加。     

高通量测序分析沙棘酵素自然发酵过程中细菌多样性

为探寻沙棘酵素在自然发酵过程中细菌群落结构及多样性的变化,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对不同发酵时期的沙棘酵素液进行细菌多样性研究。结果表明：经可操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）分析共得到25 个门,57 个纲,149 个目,239 个科,422 个属,601 个种;在门水平上进行群落组成分析,共得到5 种优势菌门,分别为蓝藻细菌门（Cyanobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、未知细菌菌门（unclassified_k__norank_d__Bacteria）、酸杆菌门（Acidobacteriota）、厚壁菌门（Firmicutes）,其中,Cyanobacteria为绝对优势菌门,在前期（F22_Q）、中期（F22_Z）和后期（F22_H）3 个发酵阶段的相对丰度分别为93.28%、66.59%和35.40%;在属水平上共有5 种优势菌,分别为norank_f__norank_o__Chloroplast、雷尔氏菌（Ralstonia）、unclassified_k__norank_d__Bacteria、norank_f__Mitochondria、Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia,其中,norank_f__norank_o__Chloroplast为绝对优势菌属,相对丰度范围为35.39%～93.28%;通过样本层级聚类分析和主成分分析,3 个发酵阶段可聚为两类,前期（F22_Q）和中期（F22_Z）聚为一类,后期（F22_H）为一类。本研究揭示了沙棘酵素自然发酵过程中细菌群落演替,为沙棘酵素发酵奠定了一定的理论基础。     

朗姆酒发酵过程中微生物群落结构及其动态演替

采用高通量测序技术对朗姆酒发酵过程中的微生物群落结构及其动态演替进行研究,共检出53个细菌属和25个真菌属。结果表明,朗姆酒发酵液中细菌群落多样性始终大于真菌,且细菌群落多样性在第3天添加丹多液后达到最大,此阶段中主要优势细菌为未分类的蓝细菌属（unclassified Cyanobacteria）,第5天的细菌群落多样性最小,此阶段主要优势细菌为厚壁菌门的乳酸杆菌属（Lactobacillus）;真菌群落多样性在第2天最大,酵母菌在整个发酵过程中始终属于优势真菌;采用Mantel text分析样品中微生物群落与环境因子间的相关性,结果显示,在OUT水平上,影响细菌群落和真菌群落多样性的主要是pH值,且真菌群落多样性与pH之间具有显著正相关（P＜0.05）。     

基于高通量测序分析刺梨果渣自然发酵过程中细菌群落结构及多样性

为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d (每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中共检测而出26个门类、40个纲类群、74个目类群、162个科类群、373个属类群。在整个发酵过程中,主要以葡糖杆菌属和醋酸杆菌属为主。发酵结束后,在门相对水平丰度值依次是变形菌门(Proteobacteria,99.85%)、厚壁菌门(Firmicutes,0.03%)、放线菌门(Actinobacteria,0.02%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.02%),在整个发酵过程中变形菌门占主要地位;在属相对水平丰度值排前面的葡糖杆菌属(Gluconobacter,65.37%)和醋酸杆菌属(Acetobacter,33.66%)为刺梨果渣发酵过程中绝对的优势菌;发酵后期细菌群落趋于稳定,表明刺梨果渣自然发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

传统清香型白酒发酵过程中真菌群落结构及其动态演替

通过Illumina MiSeq高通量测序技术,对传统清香型白酒大楂和二楂发酵过程中的真菌群落结构、丰度及演替规律进行研究,测序获得有效序列数分别为488 956条和642 670条,分别包含14 230个和7 303个OTU,归类为26个亚门或纲,主要为子囊菌纲、担子菌亚门、接合菌亚门和其它未分类的单元。结果表明,传统清香型白酒大楂和二楂真菌群落组成丰富,在发酵过程中真菌的种类和数量随着发酵时间的延长和环境的改变而不断变化,其中子囊菌纲的腹膜孢酵母属、酵母属、假丝酵母属、有孢汉逊酵母属和有孢圆酵母属为传统清香型白酒大楂或二楂发酵主要优势菌群。本研究为清香型白酒发酵过程中功能性微生物菌群的进一步挖掘奠定了基础。     

高通量测序分析食用玫瑰花瓣内生细菌多样性

目的:比较食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌群落结构差异。方法:应用高通量测序技术测定食用玫瑰(SM)和观赏玫瑰(GM)花瓣内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。结果:本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为17 401/27(SM)、11 143/24(GM);稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。SM和GM样品的Chao1指数分别为34.0和25.667,Shannon多样性指数分别为1.269和0.649。观赏玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为埃希氏菌属(34.48%)、无色杆菌属(13.79%)、寡养单胞菌属(13.79%);食用玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为Faecalibacterium属(25.53%)、无色杆菌属(17.02%)、瘤胃球菌属(14.89%)。地发菌属、冷杆菌属、瘤胃球菌属为食用玫瑰特有,在观赏玫瑰中未检测到。结论:食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌菌群存在差异,高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供准确、科学的数据资源。     

基于高通量测序对宜宾芽菜中细菌群落结构分析

目的:研究宜宾芽菜发酵过程中细菌微生物多样性。方法:采用Illumina高通量测序技术对芽菜样本中所有细菌的16S V1-V3区进行测序,应用QIIME软件和Mothur软件分析和统计样品序列数目、OUT数量,并进行聚类分析。结果:宜宾芽菜发酵过程中6个阶段的样本共获得204997条有效序列,优化后有效序列数为41703条,共9202个OTU分类;主要细菌类群为Firmicutes（厚壁菌门）下的Bacillus（芽孢杆菌属）,Bacteroidetes（拟杆菌门）下的Flavobacteriaceae（黄杆菌属）和Sphingobacterium（鞘脂杆菌属）,Proteobacteria（变形菌门）下的Sphingomonas（鞘脂单孢菌属）、Acidovorax（嗜酸菌属）、Chromohalobacter（色盐杆菌属）和Pseudomonas（假单胞菌属）以及Actinobacteria（放线菌门）下的Arthrobacter（节杆菌属）。结论:宜宾芽菜发酵过程中细菌菌群处于动态变化中,随着发酵的进行,部分细菌逐渐减少或消失,优势细菌趋于稳定。      

基于高通量测序的郫县豆瓣后发酵期真菌演替变化分析

为研究郫县豆瓣后发酵过程中真菌群落变化规律,揭示其特有"日晒夜露"工艺的发酵本质,采用Mi Seq测序分析其从后发酵1周至后发酵6 a期间一共7个时间点的真菌群落演替变化情况。结果表明,郫县豆瓣后发酵过程中共有3个门类群、20个纲类群、47个目类群、77个科类群、106个属类群的真菌参与演替变化;后发酵时间对郫县豆瓣的真菌群落组成具有重要影响,随着后发酵的进行格孢菌科和黑霉科真菌持续减少,而酵母科、类酵母科和毕赤酵母科的真菌则呈现先增加后减少的趋势,其峰值大多出现在3~6个月之间,但后发酵6 a的郫县豆瓣真菌群落较其他样品呈明显偏低。该方法发现了大量的非培养真菌和未报道真菌,所得真菌多样性更接近于样品微生态,更能够全面解析自然发酵调味品郫县豆瓣的真菌多样性,为传统产业的现代化改造和食品质量安全控制提供科学支撑。