陕西茯砖茶的微生物多样性和群落结构

陕西是茯砖茶的起源地和主产区之一,为分析陕西茯砖茶微生物组成,采用Illumina MiSeq对6个样品中细菌16S rRNA基因和真菌ITS1基因测序并做序列分析。结果显示,只有sx4和sx5两个样品检出细菌,优势属包括Enterococcus、Lactobacillus、Akkermansia、Parabacteroides、Faecalibacterium。真菌的优势属为Aspergillus,平均相对丰度为99.123%,最优势的种可能为Aspergillus amstelodami、Aspergillus chevalieri、Eurotiumsp.、Aspergillus spiculosus、Aspergillus heterocaryoticus、Aspergillussp.、Aspergillus ruber、Aspergillus cristatus中的一种或几种,还包括曲霉Aspergillus cibarius(4.138%)、Aspergillus piperis(0.879%)、Aspergillus penicillioides(0.019%)、Aspergillus gracilis(0.0058%);酶母Candida、Cyberlindnera、Cryptococcus、Guehomyces;霉菌Mortierella、Humicola、Fusarium、Gibberella、Phoma。该研究阐述了陕西茯砖茶样品中细菌和真菌的多样性和群落结构,可为地理标志产品保护提供参考。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析利川酱豆真菌多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门（Ascomycota）（96.79%）和担子菌门（Basidiomycota）（2.63%）;核心真菌属为毕赤酵母属（Pichia）（37.46%）、曲霉属（Aspergillus）（29.48%）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）（3.92%）、假丝酵母属（Candida）（2.86%）、Starmerella（2.62%）、节担菌属（Wallemia）（2.19%）和镰刀菌属（Fusarium）（1.03%）,且核心真菌之间的相关性均不显著（P＞0.05）。     

Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性

采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌种为紫红曲霉（Monascus purpureus）、黑曲霉（Aspergillus niger）等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）等,优势真菌种为嗜热子囊菌（Thermoascus aurantiacus）、黄曲霉（Aspergillus flavus）、疏绵状嗜热丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）等,优势真菌种为少根根霉菌（Rhizopus arhizus）、热带假丝酵母（Candida tropicalis）、异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）等。     

基于Illumina MiSeq技术分析腌干鱼加工过程中微生物群落多样性

为研究传统和乳酸菌法加工腌干鱼过程微生物的变化规律,为优化腌干鱼工艺提供理论依据,采用MiSeq测序技术,研究腌干鱼在不同加工阶段的细菌多样性,结果表明:腌干鱼加工过程微生物种类丰富,主要分为三大类:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变性菌门(Proteobacteria);蓝圆鲹初始菌相中优势细菌为肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcactae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和希瓦氏菌科(Shewanellaceae);海鲈初始菌相中优势菌主要是气单胞菌科(Aeromonadaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、摩式摩根菌科(Moraganellaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)等。传统腌制加工过程中菌相比较单一,优势菌主要是弧菌科(Vibrionaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和动性球菌科(Planococcaceae);而接种乳酸菌发酵后,加工过程中细菌多样性呈现增加趋势,并且乳酸菌成为优势菌,促进了微杆菌科(Exiguobacteracea),葡萄球菌(Staphylococcaceae)等优势菌的繁殖;此外还检测到气单胞菌(Aeromonadaceae)和乳杆菌(Lactobacillaceae)等传统蓝圆鲹腌制加工过程中没有出现的菌。海鲈在腌制加工过程中细菌多样性明显高于蓝圆鲹,乳酸菌法腌制加工过程中细菌多样性明显增加。     

利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析原料乳的菌群分布

为测定原料乳中的菌群分布情况,应用Illumina MiSeq高通量测序方法,主要对14?个奶牛场的原料乳进行采集,通过DNA测序确定菌群的多样性及致病菌的分布情况,进行操作分类单元聚类分析、Alpha多样性分析、物种分类分析3?方面的测定。结果表明不同牧场的菌群存在多样性,位于前列的分别是肠球菌属（Enterococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）,同时表明,个别牛场原料乳中有金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）和志贺菌（Shigella）的存在。     

杜仲叶茯砖茶加工过程中活性成分及微生物多样性

为了解杜仲叶茯砖茶加工过程中活性成分及微生物多样性,对杜仲叶茯砖茶不同加工阶段样品活性成分质量分数进行测定,进一步运用高通量测序技术分析各样品微生物多样性,并与10种活性成分质量分数进行相关性分析.结果表明,杜仲叶茯砖茶加工过程中主要活性成分含量整体上均呈下降趋势.曲霉属(Aspergillus)为加工过程中的优势真菌...     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

酱块发酵过程中真菌和细菌群落的演替

豆酱是中国传统的发酵豆制品。酱块制作是豆酱发酵的前期阶段,为后期发酵提供丰富的微生物和酶制剂,对豆酱的品质至关重要。为了探究自然发酵豆酱酱块发酵过程中微生物多样性,采用第二代测序Illumina MiSeq方法对采集自开原的4个不同发酵阶段的酱块样品进行微生物多样性分析。结果表明:在属级水平上,共鉴定出21个真菌分类群,其中毛霉菌(Mucor)、青霉菌(Penicillium)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)和根霉菌(Rhizopus)为优势类群;细菌共鉴定出40个细菌分类群,其中乳杆菌(Lactobacillus)、魏斯氏菌(Weissella)和肠球菌(Enterococcus)为优势类群。豆酱酱块中多样性的真菌和丰富的细菌在发酵过程中可能共同发挥特定的作用。本研究阐明了传统发酵豆酱酱块的微生物群落特征,揭示了传统酱块发酵过程中真菌和细菌的群落演替,为豆酱发酵过程控制奠定了理论基础。     

Illumina MiSeq高通量测序技术研究原料乳冷藏过程中微生物群落演替规律

为探究原料乳在4℃冷藏过程中细菌群落及其演替规律,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对乳罐中原料乳的细菌16S rDNA V4-V5区测序,对冷藏不同时间的细菌群落进行表征.结果表明,原料乳中的菌群随冷藏时间的变化而变化.整个冷藏期内,各样本共有OTU数29个,其中冷藏初期样本的特有OUT个数最多,为157...     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度>1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）(37.32%)、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）(20.34%)、酵母属（Saccharomyces）(11.03%)、耐碱酵母属（Galactomyces）(9.41%)、假丝酵母属（Candida）(5.88%)、曲霉属（Aspergillus）(4.44%)、伊萨酵母属（Issatchenkia）(2.69%)和德巴利酵母属（Debaryomyces）(1.51%)。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU）,其中有15个为优势OTU,分别被注释到8个优势菌属中,累计相对含量达92.49%,具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系,该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主,且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

应用Illumina MiSeq测序解析O3-BAC水处理技术生产饮用水中细菌多样性

采用切向流超滤技术(TFF)大量富集浓缩饮用水,提取其基因组DNA,扩增16SrDNA片段的V4+V5区,共获得45 093条序列,序列平均长度395.65bp,经高通量测序和物种注释、评估、组成分析、β-多样性分析、物种差异分析、RDA分析等进行生物信息学分析,获得饮用水中细菌多样性组成及丰度信息。结果发现,饮用水中可能含有的细菌多样性具有不确定性和随机性,对其影响最大的水质指标为浊度和余氯,经Illumina MiSeq高通量测序获得基因信息的细菌可能存在无活性或者处于VBNC状态的可能,难以采用纯培养方式培养,Illumina MiSeq高通量测序可作为饮用水细菌分析的前置技术加以推广和应用。     

不同原料和工艺对岩茯茶中真菌群落的影响

摘 要：目的 探明岩茯茶的制作原料和工艺与其真菌群落是否存在相关影响。方法 本研究以4种武夷岩茶作为原料,分别经过传统茯砖茶工艺、高压汽蒸渥堆、微生物菌剂和复合处理等工艺进行加工。通过真菌ITS2区域测序技术,对不同原料和工艺处理下岩茯茶的真菌群落结构进行表征。结果 在岩茯茶样品中共检测出3个门、12个纲、24个目、36个科、43个属和51个种,其中子囊菌门为绝对优势门、散囊菌属为绝对优势属;然而在大部分样品中散囊菌属的相对丰度均高达97%以上,是岩茯茶中的优势菌属。结论 不同原料和工艺会对岩茯茶中的真菌群落造成显著影响,而对优势真菌群落—散囊菌属的地位影响不大。本研究为今后岩茯茶生产的原料和工艺选择提供了参考,并为砖茶类产品中的微生物群落结构提供了新见解。     

基于MiSeq高通量测序技术宣恩地区米酒微生物多样性解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州宣恩县的3个米酒样品微生物多样性进行了解析,结果发现米酒中的细菌主要为隶属于Firmicutes(硬壁菌门)的Pediococcus(片球菌属,74.10%)、Bacillus(芽孢杆菌属,6.32%)和Lactobacillus(乳杆菌属,3.03%)以及隶属于Proteobacteria(变形菌门)的Pseudomonas(假单胞菌属,3.58%)、Acinetobacter(不动杆菌属,1.22%)和Enterobacter(肠杆菌属,1.08%),真菌主要为隶属于Ascomycota(子囊菌门)的Wickerhamomyces(异常威克汉姆酵母属,44.67%)、Saccharomycopsis(扣囊复膜酵母,23.10%)和Trichomonascus(1.20%)以及隶属于Mucoromycotina(毛霉亚门)的Amylomyces(淀粉菌,27.06%)。细菌和真菌的核心OTU包含序列条数占总序列数的89.88%和98.80%。由此可见,宣恩地区米酒存在大量的核心细菌和真菌类群。

     

手筑茯砖茶加工过程中挥发性组分变化分析

采用气相色谱-离子迁移谱(gas chromatography-ion mobility spectroscopy,GC-IMS)结合顶空固相微萃取-气相色谱-质谱(headspace solid-phase microextraction-gas chromatography-mass spectrometry,HS-SPME-GC-MS)联用技术对手筑茯砖茶"发花"(发酵)和干燥过程中挥发性组分的变化进行分析。GC-IMS联用技术结果表明,样品发花和干燥阶段44种小分子(C3～C10)挥发性组分均存在一定差异,发花过程手筑茯砖茶中挥发性组分不断增多,与第0天作参比,发花前4 d差异不明显,到第8天差异明显,8 d后变化趋势趋于缓慢;干燥过程中挥发性组分随干燥时间延长而增多。采用HS-SPME-GC-MS技术进一步对样品中挥发性组分进行测定,结果表明,检测出7类共57种C8～C15有机化合物,主要为萜烯类、醇类、醛类、酯类、酮类及醚类。发花和干燥过程中,挥发性组分含量和种类随时间延长而增多,以草木青辛气为特征气味的萜烯类含量和种类不断减少,以果香、药香、菌香为特征气味的醇类、酯类、酮...     

基于Illumina MiSeq和IonS5 XL测序对原料乳中微生物多样性的比较分析

不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义.以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4-V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料乳微生物多样性应用中的适用性.结果 显示:两个测序平台的原始测序数据经质控...     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

天然发酵茯砖茶微生物菌群及抗菌特性研究

对天然发酵茯砖茶的微生物菌群以及抗菌活性进行研究。微生物分离和鉴定结果表明：曲霉、青霉和散囊菌是天然发酵茯砖茶的主要微生物,其中散囊菌是真菌发酵过程中的优势菌种。发酵茶水提物的抑菌实验显示,茯砖茶的浸提物对一些食品致病菌有抑制作用,尤其是对一些芽孢形成菌如蜡状芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、产气荚膜梭菌和生孢梭菌具有抑制作用,抑菌能力随发酵时间的延长而增强。提示在茶叶真菌发酵过程中,能够产生抑制食品致病菌和腐败菌的代谢物质。     

不同储藏年限稻谷真菌群落多样性与优势菌属探究

为有效防控储藏稻谷霉变,确保稻谷在储藏期的品质与安全,本研究先后对同一粮库点新入库、储藏1年、储藏2年及储藏3年稻谷样品进行了采集,并对其真菌群落多样性进行了探究.通过Illumina MiSeq序列分析法,探究了不同储藏年限稻谷的真菌群落多样性,优势菌属以及真菌群落随储藏年限增加的演变规律.结果发现新入库储藏稻谷的真...     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

变性梯度凝胶电泳法初步解析茯砖茶渥堆发酵过程中细菌群落结构

为解析茯砖茶渥堆发酵过程中细菌群落结构和种类,对渥堆过程中不同时间段细菌16S rDNA 的V3可变区进行扩增,对细菌变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）图谱中条带进行克隆、测序和序列比对。结果表明：黑毛茶在渥堆过程中以渥堆24 h为分界点,前后各自细菌群落结构相似,但前后的差异较大;从16S rDNA 的V3可变区比对结果证明黑毛茶渥堆过程中有诺卡氏菌属、新鞘脂菌属、短波单胞菌属、韦龙氏假单胞菌属、突那梭菌属、克雷伯氏菌属、乳杆菌属及不可培养的ε-变形菌、腐败螺旋菌属、黏球菌属、根瘤菌属和未知分类地位的不可培养细菌6 种。采用DGGE指纹图谱能更全面、更真实地反映黑毛茶渥堆发酵过程中细菌群落的结构和多样性变化。