基于Web Service的蛋白质相互作用网络PSE

为了让蛋白质相互作用网络研究人员高效共享大量的生物实验数据和方便的利用与蛋白质相互作用网络相关的各种工具及方法,提出了一个基于Web Service的面向蛋白质相互作用网络PSE的方法.通过分析蛋白质相互作用网络研究的特点,指出面向蛋白质相互作用网络PSE需要基于Web Service技术.在此基础上,设计了面向蛋白质相互作用网络PSE的体系结构,体系结构符合SOA(service-oriented architecture)的标准要求,具有很好的可扩展性.实验结果表明了面向蛋白质相互作用网络PSE的有效性.     

基于贝叶斯网的蛋白质相互作用位点预测

蛋白质相互作用位点研究在蛋白质功能分析及药物设计等方面有着重要的应用。文章以蛋白质中的氨基酸残基为研究对象,使用残基的溶剂可及表面积、进化保守性打分及残基的序列信息熵三个特征为特征集,构建了基于贝叶斯方法的蛋白质相互作用位点预测的贝叶斯分类预测器。方法有效的结合了蛋白质残基特征数据集经常性数据缺失的特点及贝叶斯网在处理不确定性数据方面的优点,通过对基准的71个蛋白质数据集进行实验,结果表明我们的分类器预测的有效性。     

一种新的基于多数据源的蛋白质复合物识别算法

蛋白质复合物是许多生物过程得以实现的基石。蛋白质相互作用数据中的假阳性和假阴性对各种识别蛋白质复合物的计算方法有不良影响。为了解决这一问题,1种新的蛋白质复合物识别算法(ICMDS,Identifying Complexes based on Multiple Data Sources)被提出。该方法整合基因表达谱、关键蛋白质信息和蛋白质相互作用3种生物数据进行蛋白质复合物的挖掘。首先,ICMDS重新定义了2个相互作用的蛋白质之间的功能相似性(FS,Functional Similarity)。然后,ICMDS选择已知的关键蛋白质作为种子构建蛋白质复合物。为了消除冗余的复合物,ICMDS算法也设计了冗余过滤子程序。另外,ICMDS也使用非关键蛋白质作为种子并将之扩展为蛋白质复合物。实验结果表明ICMDS识别蛋白质复合物的能力明显优于其他计算方法。     

基于关键功能模块挖掘的蛋白质功能预测

精确注释蛋白质功能是从分子水平理解生物体的关键.由于内在的困难和昂贵的开销,实验方法注释蛋白质功能已经很难满足日益增长的序列数据.为此,提出了许多基于蛋白质相互作用（Protein-protein interaction,PPI）网络的计算方法预测蛋白质功能.当今蛋白质功能预测的趋势是融合蛋白质相互作用网络和异构生物数据.本文提出一种基于多关系网络中关键功能模块挖掘的蛋白质功能预测算法.关键功能模块由一组紧密联系且共享生物功能的蛋白质组成,它们能与网络中的剩余部分较好地区分开来.算法通过从多关系网络的每一个简单网络中挖掘高内聚、低耦合的子图形成关键功能模块.关键功能模块中邻居蛋白质的功能用于注释待预测功能的蛋白质.每一个简单网络在蛋白质功能预测中的重要性各不相同.实验结果表明,提出的方法性能优于现有的蛋白质功能预测方法.     

动态加权蛋白质相互作用网络构建及其应用研究

一个蛋白质可能在不同条件或不同时刻与不同的蛋白质发生相互作用,这称为蛋白质的动态特性.蛋白质在分子处理的不同阶段参与到不同的模块,与其他的蛋白质共同完成某项功能.因此, 动态蛋白质相互作用的研究有助于提高蛋白质功能预测的准确率.结合蛋白质相互作用网络和时间序列基因表达数据,构建动态蛋白质相互作用网络.为降低PPI网络中假阴性对功能预测产生的负面影响,结合结构域信息和复合物信息,预测和产生新的相互作用,并对相互作用加权.基于构建的动态加权网络,提出一种功能预测方法D-PIN (Dynamic protein interaction networks). 基于三个不同的酵母相互作用网络实验结果表明, D-PIN 方法的综合性能比现有方法提高了14%以上.结果验证了构建的动态加权蛋白质相互网络的有效性.     

多特征融合的蛋白质相互作用位点预测

蛋白质相互作用位点预测为蛋白质功能和药物设计的理解提供重要线索。而蛋白质的各种特征为蛋白质相互作用位点预测提供了大量有用信息,特别是进化信息、残基序列邻近和空间邻近性。不同的蛋白质特征对蛋白质间的相互作用的贡献也不一样。通过提取蛋白质序列谱、保守性和残基熵,提出了特征融合技术对蛋白质相互作用位点进行研究,采用SVM构建三种预测器,分别对各种不同的特征加以验证,实验结果表明了基于特征融合方法的有效性和正确性。     

基于有向双关系图和多核融合的蛋白质功能预测

针对多源异构蛋白质相互作用网络信息量大、数据冗余导致预测结果不能充分反映数据分布信息的问题,将功能类别网络和蛋白质相互作用网络相结合,提出基于有向双关系图和多核融合的多标记学习算法。首先,构建基于含有损失函数的目标方程和最大期望算法的自适应模型;然后,利用图优化策略融合功能类别和蛋白质相互作用网络构成的多个关联矩阵;最后,将融合后的关联矩阵代入模型中预测蛋白质功能。在Yeast和Mouse的蛋白质多源异构数据上的实验结果表明,提出的方法具有预测准确率高、标签损失率低等优势。     

基于贝叶斯方法的蛋白质界面残基预测

蛋白质界面残基预测是蛋白质相互作用研究中的一项基本工作,在生物制药及蛋白质功能研究方面有着重要的应用.以蛋白质中的氨基酸残基为研究对象,使用残基的溶剂可及表面积及残基的序列谱为特征集,构建了基于贝叶斯方法的蛋白质界面残基预测器.方法有效地结合了蛋白质残基特征集的条件独立性假设及贝叶斯方法在处理不确定性数据方面的优点,通过对含77个蛋白质的数据集进行实验,结果比其它方法获得了6%的准确率的提高,三维可视化的结果也表明分类器预测的有效性.     

基于蛋白质相互作用界面的比对算法研究

蛋白质相互作用界面是蛋白质相互作用产生的物理载体。考虑蛋白质相互作用界面间的结构相似性对于研究蛋白质功能,信号传导网络和药物设计具有非常重要的意义,而现有的蛋白质结构比对算法仅适用于蛋白质单体的全局空间结构。我们给出了基于整数二次规划模型的方法来考虑蛋白质相互作用界面的比对问题,该方法整合了蛋白质序列的进化信息、结构信息,并用进化谱的相似性来对比对上的残基打分以衡量其进化保守性。通过计算实验,发现进化上和结构上保守的残基有可能就是对于蛋白质结合起重要作用的残基,即热点。     

基于朴素贝叶斯分类器的蛋白质界面残基识别(英文)

蛋白质相互作用中界面残基的识别在药物设计与生物体的新陈代谢等方面有着广泛应用。基于朴素贝叶斯分类器对属性条件独立性的要求,构建了由蛋白质序列谱和溶剂可及表面积组成的蛋白质相互作用特征模型。在一个具有代表性的蛋白质异源复合物组成的数据集中取得了68.1%的准确率、0.201 的相关系数、40.2%的特异度和 49.9%的灵敏度,取得了比其他方法更优的结果,且远优于随机的实验结果。通过一个三维可视化的结果更好地验证了方法的有效性。     

ARINC429接口板的嵌入式实时软件设计

采用单片机C语言作为编程语言,介绍一种基于DEI1016的四发八收智能型ARINC429接口板的嵌入式实时软件设计方法;首先,简单地介绍了单片机C语言和开发流程,再详细地描述了软件的各个功能模块,最后总结了若干提高软件实时性的编程技巧和要点,这种设计方法,充分发挥了C语言在模块化、可读性、可维护性和可移植性上的优势,同时弥补了C语言执行效率不高的缺点.实践证明,用单片机C语言编写出的嵌入式软件能很好地满足接口板的高速数据传输功能的要求.     

MCU平台的嵌入式系统软件设计研究

嵌入式系统的运行需要可靠性和实时性的保证,因此良好的可靠性和实时性是嵌入式系统软件设计的重要标准。同时为了使软件系统的鲁棒性更强,嵌入式系统的设计需要一个非常好的软件架构。这里介绍了一种基于MCU平台的嵌入式系统软件架构方法。在这个方法中,事件驱动机制的引入满足了对软件架构的要求,主程序中不仅采用了优先调度机制,同时也加入了软件抗干扰措施,这些都使系统的实时性和可靠性得到了明显的提高。设计实验比较由该方法得到的软件架构与原始软件架构的实时性,得出由该方法优化后的软件架构确实具有更好的性能。     

基于LabVIEW DSC的监控软件的应用研究

本文介绍了一种适用于中小型过程控制系统的监控软件,该软件是基于LabVIEW DSC的设计方法,在实际运行中证明采用此种方法,使得软件的性价比比较高,同时验证了在过程控制中运用的可行性。     

基于uC/OS-Ⅱ操作系统的无人机飞控系统软件设计

针对以往飞控系统软件中代码多,可靠性、实时性差,不具通用性等缺点,采用uC/OS-Ⅱ操作系统设计无人机飞控软件,利用操作系统来进行软件中各任务的实时调度和通信。通过地面测试和空中试验表明:该软件系统具有可靠性高、实时性强等优点,满足飞控系统软件设计要求。     

HT-7诊断中性束装置真空远程监控系统设计

本文介绍了真空实时远程监控系统的设计要求,讨论了该系统的硬件设计、软件设计及其工作原理,给出了部分实验结果。系统成功地应用于实验并获得理想的实验结果,为诊断中性束稳态运行提供可靠保障。     

云计算环境下智能图书借还终端系统设计与实现

针对传统的图书借还系统只能通过条码扫描,获取信息,一直存在工作效率低、用户信任度下降的问题。提出并设计了一种基于RFID技术的智能图书借还终端系统,该系统利用RFID无线射频识别技术采集馆内图书、读者以及书架等信息,采用天线条码标签对智能图书馆内的图书进行监控,实现对图书借还信息进行终端操作,设计了系统软件,并通过实验进行了对比分析,实验表明对RFID系统的硬件和软件测试对传统条码技术的问题有了相对应的解决,从而达到提高智能图书馆借还书和借还终端系统效率的目的。     

机载光电探测仿真系统的研究

光电探测系统仿真是近年来世界各国重点发展和研究的一种应用仿真技术.文中介绍了基于1553B总线和以太网的一种机载光电探测仿真系统的设计与实现.详细讨论了机载光电探测仿真系统的功能、组成、设计特点并给出了具体的硬件和仿真软件的实现方法.该机载光电探测仿真系统可模拟光电探测系统在各种工作方式下的工作.将该系统应用于综合航电火控仿真系统试验,验证了综合航电火控系统的可行性与正确性,并已经在光电探测系统的设计和研制过程中取得了良好的效果.     

热轧板层流冷却仿真系统的设计

以热轧厂板带轧后的冷却过程为背景,开发层流冷却仿真系统。该系统建立了冷却过程的动态仿真模型,提供了层冷过程的输入变量、输出卷温、控制阀门数以及控制参数的各个显示窗口及画面。该系统已在某厂得到应用,为现场操作人员提供实验的软件环境和优化操作指导。     

双功能燃气热水器模糊控制系统设计

双功能燃气热水器集洗浴和采暖功能于一体,是一种新颖的智能家电。本文采用高性能AVR单片机MEGA16L结合模糊控制技术,设计了家用双功能燃气热水器模糊控制系统,完成了系统硬件和软件设计,实时运行实验表明该控制器能有效控制出水温度,并具有一定的参数鲁棒性,该控制系统已投入使用,用户反馈良好。     

基于nRF24L01和FT245BM的无线文件传输系统设计

设计了一种基于无线射频芯片nRF24L01和USB芯片FT245BM的文件传输系统,介绍了其硬件电路设计和软件控制程序设计,并给出了一些实验数据。经实测,该系统运行稳定,传输可靠,平均传输速率可达到256kb/s。