贵州黔东南侗族不同酸化程度腌鱼的微生物多样性分析

文章探讨贵州黔东南侗族不同酸化程度腌鱼的微生物多样性及群落结构差异,为研究贵州黔东南侗族传统腌鱼过度酸化问题奠定基础。通过高通量测序分析正常腌鱼与过度酸化腌鱼的微生物多样性及群落结构差异,并通过感官对正常腌鱼和过度酸化腌鱼的品质进行评价。结果表明：所有腌鱼样品中,细菌优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌优势菌门为子囊菌门(Ascomycota),优势细菌为乳酸菌(Lactic acid bacteria, LAB),优势真菌为酵母菌(Yeast)。经α多样性分析,过度酸化腌鱼细菌群落多样性高于正常腌鱼。经群落结构差异分析,S组(过度酸化腌鱼)与W组(正常腌鱼)细菌群落结构差异明显,S组细菌菌群一致性更高,S组中乳植物杆菌属(Lactiplantibacillus)显著高于W组,W组中四联球菌属(Tetragenococcus)显著高于S组。S组中真菌威克汉姆酵母(Wickerhamomyces)显著高于W组,W组的炭疽菌属(Colletotrichum)显著高于S组。通过感官评价,S组腌鱼因过度酸化,煎炸后不能成型,口感差,品质低于W组。结论：过度酸化的腌鱼品质下降,细菌群...     

复配浓香大曲对安琪小曲酿酒的影响研究

采用安琪小曲复配不同比例浓香型大曲酿酒,探究浓香型大曲对小曲酒出酒率、主要风味物质及酒醅微生物群落的影响。结果表明,与纯安琪小曲酿酒比较,大曲添加量为5%时,出酒率提高4.23%;大曲添加量为20%时,所产基酒感官品质最佳,异丁醇及异戊醇含量分别降低0.44 g/L、0.40 g/L;大曲添加量为10%时,基酒中乙酸乙酯及乳酸乙酯含量分别增加0.78 g/L、0.04 g/L;大曲添加使酒醅微生物群落多样性增加,且不同大曲添加量使酒醅优势菌群与丰度发生了不同程度的变化,说明浓香型大曲的添加能提升安琪小曲酒产品质量。相关性分析表明,不动杆菌属（Acinetobacter）与乳酸杆菌属（Lactobacillus）、伊萨酵母属（Issatchenkia）与根霉属（Rhizopus）间呈显著负相关（P<0.05）,出酒率及乳酸乙酯含量与伊萨酵母属相对丰度呈显著正相关（P<0.05）,乳酸乙酯含量与根霉属相对丰度呈显著负相关（P<0.05）。     

传统甜醅细菌多样性及其与甜醅性质关系研究

以我国典型地区传统甜醅样品为对象，采用高通量扩增子测序技术开展甜醅样品细菌微生物区系研究，解析了甜醅细菌群落结构与甜醅性质关系。研究结果显示，甜醅样品中厚壁菌门（Firmicutes）含量最高。在属水平，以魏斯氏菌（Weissella）、乳杆菌（Lactobacillus）、葡萄球菌（Staphylococcus）等丰度最高。主坐标分析（PCo A）表明3种甜醅样品的细菌群落组成不同。利用Lefse分析发现了每种甜醅样品相关的生物标志分类单元，包括乳杆菌（Lactobacillus）和葡萄球菌（Staphylococcus）等。通过冗余分析（db-RDA）发现，甜醅细菌群落与甜醅性质（乳酸、黄酮、氨基酸、蛋白、淀粉、游离脂肪酸和还原糖含量）显著相关。基于16S r DNA预测分析，甜醅细菌功能主要涉及氨基酸转运和代谢及碳水化合物转运和代谢等。为了解传统全谷物发酵食品微生物资源多样性、利用微生物改善甜醅品质及今后工业化生产等奠定理论基础，也为其他发酵食品微生物多样性研究提供参考。     

白酒发酵副产物黄水原核微生物组成及理化特性研究

黄水是固态发酵白酒的副产物,其具有丰富的微生物资源。该研究采用常规理化检测方法和高通量测序技术全面分析了不同来源黄水在理化特性和原核微生物结构组成的异同。结果表明,不同车间黄水的pH、总酸、不挥发酸、酒精度、还原糖和淀粉含量等理化指标均差异极显著（P<0.01）,并且不同车间黄水原核微生物群落的多样性、丰富度和结构组成差异显著（P<0.05）。乳酸杆菌属（Lactobacillus）是所有原核微生物的优势属,其相对丰度为72.34%～98.52%,与总酸、酒精度、不挥发酸和淀粉含量呈正相关。黄水中含有魏斯氏菌属（Weissella）、肠球菌属（Enterococcus）和副拟杆菌属（Parabacteroides）,这些微生物与pH和还原糖含量呈正相关。此外,不同车间黄水原核微生物群落差异会影响原酒酸酯的含量,乳酸杆菌属与原酒总酸和总酯含量呈极显著正相关（P<0.01）。不同车间黄水原核微生物群落结构差异与理化因子显著相关,了解理化因子对原核微生物的影响,可为以黄水为原料筛选功能菌株提供数据基础。理化因子显著影响黄水原核微生物群落组成,不同车间黄水原核微生物群落结构差...     

高通量测序方法研究传统四川泡菜母水中微生物群落的动态变化

为探明传统四川泡菜母水中的微生物群落及其变化规律,构建传统四川泡菜发酵模型,运用高通量测序方法对不同发酵阶段（20?代发酵）泡菜母水微生物群落组成和多样性进行分析。泡菜母水中的细菌群落主要包括7?个门,其中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）分别占94.64%和2.73%,为优势菌门;真菌群落主要包括3?个门和1?个未分类种群,其中子囊菌门（Ascomycota）占99.93%,为优势菌门。泡菜母水中含量在0.1%以上的细菌属有7?个,主要包括乳杆菌属（Lactobacillus）、拉乌尔菌属（Raoultella）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、乳球菌属（Lactococcus）等;泡菜母水中的真菌属主要是Kazachstania,含量超过99%。通过分析不同发酵阶段泡菜母水中的微生物群落组成和多样性,结果表明随着发酵代数的增加,泡菜母水中的细菌与真菌多样性呈下降趋势,微生物群落构成趋于稳定：Lactobacillus是达到稳态的泡菜母水中的主要细菌属,Kazachstania是达到稳态的泡菜母水中的主要真菌属。     

腌鱼中产生物胺菌株的筛选、鉴定及其特性研究

腌鱼中微生物脱羧产生的组胺等生物胺对人体有害,控制腌鱼中生物胺的含量是食品安全领域的重要课题。本文以不同腌鱼为原料,使用生物胺显色培养基、氨基酸脱羧酶培养基从中筛选获得25株产生物胺菌株,经鉴定为8个不同属,包括肠杆菌属、不动杆菌属、产气单胞菌属、摩根氏菌属、肥杆菌属、希瓦氏菌属、普罗威登斯菌属和嗜盐单胞菌属。在此基础上,进一步研究盐度及pH值对6株脱羧能力较强菌株生长及其产生物胺能力的影响。本研究结果可为控制腌鱼制品中微生物生长,降低生物胺积累提供理论参考。     

基于Biolog ECO技术对贮存过程中大曲微生物多样性变化规律的研究

根据大曲微生物的特性和生长特点,对贮存过程中大曲进行处理,用Biolog ECO微平板进行培养,并测定微生物群落代谢的活性,研究不同贮存时间的大曲微生物利用不同种类碳源的特征、分析微生物群落功能多样性指数,探讨大曲入库贮存不同阶段微生物多样性变化规律。     

中国浓香型白酒窖池糟醅中微生物群落演替分析

为探索中国浓香型白酒发酵糟醅中微生物群落演替规律,利用克隆分析,从时间和空间两个层面对糟醅微生物区系的消长变化进行较为全面的调查。根据有效克隆子分布数据计算的群落多样性参数表明:窖池糟醅微生物群落多样性在时间和空间上存在差异。应用CANOCO 4.5软件对物种和生态因子进行典范对应分析(CCA),应用CANODRAW 4.0作种类、样方分布与生态因子关系的二维排序图,排序图上清楚地反映了窖池糟醅微生物种类、群落分布与生态因子的关系。结果表明:酸度、乙醇含量、水分含量是影响微生物群落结构组成的主要微生态因子;大部分微生物适宜在低酸度条件下生长,少数耐酸微生物能在高酸度条件下生长;随着发酵的进行,生态因子发生变化,微生物群落也进行相应的演替,向耐高酒精含量、高酸度的群落发展。     

西藏地区青稞酒曲微生物群落结构及多样性分析

为分析西藏地区青稞酒曲中微生物群落结构组成差异,基于高通量测序技术对西藏7个地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成及多样性进行分析。结果表明,青稞酒曲中富含丰富的微生物类群,且细菌多于真菌;那曲(NQ)样品细菌多样性最高,昌都(CD)样品真菌多样性最高;青稞酒曲中的优势细菌菌群为乳酸杆菌属、明串珠菌属和魏斯氏菌属,优势真菌菌群为根霉菌属和曲霉菌属,不同地区青稞酒曲中优势微生物类群存在一定的共性和差异性。主成分分析表明,NQ、阿里(AL)、日喀则(RKZ)和山南(SN)样品间细菌群落结构相似,CD、林芝(LZ)和拉萨(LS)样品间细菌群落结构相似;AL、NQ、LS、LZ和SN样品中的真菌群落聚为一类,而CD和RKZ各聚为一类。LEfSe差异判别分析表明,不同地区青稞酒曲中均有各自的标志性细菌类群,真菌菌群除SN样品外,其它地区均有标志性真菌类群。结论:西藏不同地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成存在明显差异。本研究为进一步开发利用益生微生物类群和复合型酒曲的制备提供了理论依据。     

浓香型白酒酒醅微生物群落代谢分析

利用BIOLOG微生物鉴定系统研究了浓香型白酒酒醅样品的微生物群落代谢特性.结果表明,入窖发酵14～28 d期间,下层酒醅微生物群落代谢活性呈先降后升的变化趋势,功能多样性呈先升后降的变化趋势,而且酒醅微生物功能多样性的增加与pH值的显著降低之间存在着重要联系.     

应用Illumina高通量测序技术分析3 种酒曲中微生物多样性

为了解贵州花溪（酒曲A）、盘州（酒曲B）、安顺（酒曲C）3 个地区的酒曲中微生物群落组成和多样性,运用高通量测序技术对酒曲中的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区进行测序,比较不同地区酒曲中微生物群落结构差异。测定不同地区酒曲的基本理化指标,与酒曲主要细菌种群进行相关性分析。结果显示,细菌获得129 510 条有效序列,1 030 个OTU;真菌获得60 945 条有效序列,19 个OTU。细菌的多样性分析表明,酒曲B中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲C,酒曲A和酒曲C的细菌群落结构更为接近。真菌的多样性分析表明,酒曲C中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲B,酒曲A和酒曲B的真菌群落结构更为接近。在门水平上,酒曲A的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为接合菌门（Zygomycota）;酒曲B的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,优势真菌门为接合菌门;酒曲C的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,酒曲A优势细菌属为红球菌属（Rhodococcus）,酒曲C和酒曲B的优势细菌属均为芽孢杆菌属（Bacillus）;酒曲A和酒曲B的优势真菌属为米根霉属（Rhizopus）,而酒曲C的优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）。不同地方来源的酒曲中的微生物组成及多样性在属和门水平上有明显差异;酒曲理化指标与酒曲细菌种群结构具有一定相关性。     

应用MiSeq测序分析自然发酵豆酱酱块中微生物的多样性

为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平上,主要细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc),主要真菌为青霉菌属(Penicillium)、毛霉菌属(Mucor)。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,同一地区不同农家制作的酱块,绝大多数样品的微生物细菌菌群之间都存在紧密联系。     

基于高通量测序技术对6种黄酒酒曲中微生物多样性的研究

本研究以6种黄酒酒曲为原料,利用高通量测序技术,研究酒曲中细菌和真菌的微生物群落结构及其多样性。结果显示,大米红曲（JQ1）、小米红曲（JQ2）的细菌群落结构及真菌群落结构都相似;麦曲（JQ3）、中药曲（JQ4）、酒药（JQ6）的细菌群落结构接近;JQ3、JQ4、黄酒曲（JQ5）的真菌群落结构接近。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）是JQ2、JQ3、JQ4、JQ6优势细菌门;JQ1、JQ5优势细菌门为变形杆菌门（Proteobacteria）。6种酒曲的优势真菌门是子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,乳酸杆菌属（Lactobacillus）是JQ1优势细菌属;双歧杆菌属（Bifidobacterium）是JQ2优势细菌属;JQ3、JQ5优势细菌属为未培养叶绿体细菌属（uncultured_bacterium_o_Chloroplast）;枝芽孢菌属（Virgibacillus）仅为JQ4优势细菌属;葡萄球菌属（Staphylococcus）是JQ6优势细菌属。JQ1优势真菌属为塞伯林德纳氏酵母属（Cyberlindnera）,JQ2优势真菌属为红曲霉属（Monascus）,JQ3、JQ5优势真菌属为曲霉菌属（Aspergillus）;JQ4优势真菌属是耐干霉菌属（Xeromyces）,米根霉属（Rhizopus）是JQ6优势真菌属。综上,6种酒曲的微生物群落结构在门和属水平上都有较大差异,本文为后续红谷黄酒酒曲的筛选提供了理论参考。     

藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

Succession of bacterial and fungal communities during natural coffee (Coffea arabica) fermentation

Bacteria, yeasts and filamentous fungi were isolated during natural coffee processing. Bacteria were isolated in greater numbers at the beginning of the fermentation, when the moisture of the coffee beans was around 68%. Gram-positive bacteria represented 85.5% of all bacteria isolated, and Bacillus was the predominant genus (51%). Gram-negative species of the genera Serratia, Enterobacter and Acinetobacter were also found. Approximately 22% of 940 randomly chosen isolates of microorganisms were yeasts. Debaryomyces (27%), Pichia (18.9%) and Candida (8.0%) were the most commonly found genera, and these three genera tended to appear more often as the fruit was fermented and dried. Aspergillus was the most abundant genus besides Penicillium, Fusarium and Cladosporium, with 42.6% of the total fungi isolates. The genera and species identified included members known to have pectinase and cellulase activities. Of the 10 organic acids analyzed and quantified in coffee beans, acetic and lactic acids may have been generated by microbial activity. Butyric acid was not detected in any sample.     

应用高通量测序技术研究新疆产区葡萄果实、叶片及果园土壤微生物多样性

利用高通量测序技术分析中国新疆酿酒葡萄产区3?个葡萄园的土壤、葡萄叶片和酿酒葡萄中的微生物组成和多样性。结果表明从27?个样品中共得到1?043?102个高质量真菌序列代表,包括5?个菌门、237?个真菌菌属;共得到2?422?188?个高质量细菌序列代表,包括8?个菌门、314?个细菌菌属。无论是真菌还是细菌,土壤中微生物种类最为复杂、数量最多,其次是葡萄叶片和酿酒葡萄。土壤中真菌以Saccharomyces、Sordaria、Tetracladium和Geomyces为主,细菌以Arthrobacter、Kaistobacter和Skermanella为主;酿酒葡萄和葡萄叶片中真菌以Aureobasidium、Cryptococcus、Aspergillus和Sporospora为主,细菌以Pseudomonas、Sphingomonas和Adhaeribacter为主。葡萄园地理位置不同,微生物的多样性也存在差异。酿酒葡萄园复杂的微生物区系研究,对进一步开发产区特色微生物的筛选和利用提供了理论支持。     

基于高通量测序技术分析北京清香型大曲微生物多样性

利用高通量测序方法对北京某清香型酒厂大曲细菌16S rDNA V4区和真菌ITS1区进行测序分析其微生物多样性,并对大曲微生物在不同分类水平相对丰度进行统计。结果表明：大曲中在细菌操作分类单元(OTU)为47、真菌OTU为11,细菌种类较真菌种类丰富;细菌中优势菌是乳酸菌,包括乳杆菌属、片球菌属、乳球菌属、明串珠菌属四个属。同时也检测到醋杆菌属、芽孢杆菌属等;真菌中优势菌是假丝酵母属,此外还有曲霉属、毛霉属、威克汉姆酵母属等;对大曲物种Alpha多样性分析表明测序深度基本覆盖该酒曲中微生物种类;最后分析讨论了大曲优势微生物在白酒酿造中的功能。该研究对于指导白酒生产具有重要意义。     

新疆吐鲁番坎儿井饮用水中微生物多样性分析

目的：了解新疆坎儿井微生物菌群特征。方法：采集新疆吐鲁番4种不同坎儿井饮用水，利用Illlumina-Hiseq高通量测序技术对其进行测序，Majiorbio生信云平台进行微生物群落结构多样性分析。结果：质控后细菌有效序列为446 700条、真菌有效序列为407 376条，基于97%一致性共得到2 586个OTUs。门水平上，变形菌门（Proteobacteria）为4个样品共同优势的细菌门；在属水平上，阿木尔坎儿井（样品A）、奥吾提坎儿井（样品T）共同优势菌属为嗜氢菌属（Hydrogenophaga），占比分别为34.31%，57.66%；沙依坎儿井（样品S）优势菌属为曲杆菌属（Curvibacter），占比36.33%；米依木阿吉坎儿井（样品M）优势菌属为不可鉴定的丝毛单胞菌属（unclassified_f_Comamonadaceae），占比34.84%。真菌的子囊菌门（Ascomycota）为4个样品中共同优势菌门；样品S、M、T优势菌属为油壶菌属（Olpidium），分别占比15.77%，31.84%，16.38%。样品A优势菌属为不可鉴定的真菌属（Unclassified_k_fungi），占比27.68%。结论：4种样品在细菌和真菌门、属、种水平上有共同点的同时也有差异；虽然真菌多样性比细菌高，但物种所占丰富度较小。     

基于高通量测序技术分析东北豆酱的微生物多样性

为了解东北市售豆酱中的微生物多样性及其结构组成,本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对东北市售5种常见豆酱进行细菌16S rDNA V4区及真菌ITS1~2区基因序列分析,探究其微生物的群落结构组成及其多样性。结果表明,5种豆酱中细菌有效序列共131462条,1732个OUT,真菌有效序列120336条,1040个OUT。样本在门的水平上,优势细菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),真菌为子囊菌门(Ascomycota)。在属水平上,细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、芽孢杆菌属(Bacillus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)。真菌主要为接合酵母属(Zygosaccharomycse)、曲霉属(Aspergillus)、赤霉属(Gibberella)、毛霉菌属(Mucor)、青霉菌属(Penicillium)。经OTU稀释性曲线的验证,能够证明本次实验结果覆盖了样品中绝大多数物种,实验结果较准确。综上所述,通过对豆酱进行高通量测序研究,发现其微生物群落和风味与其地理位置以及加工方式存在一定关系,加深了对成品豆酱中微生物群落结构和多样性的认识,能为今后豆酱的生产、保藏和优良菌种选育提供一定的理论支持。     

酱块发酵过程中真菌和细菌群落的演替

豆酱是中国传统的发酵豆制品。酱块制作是豆酱发酵的前期阶段,为后期发酵提供丰富的微生物和酶制剂,对豆酱的品质至关重要。为了探究自然发酵豆酱酱块发酵过程中微生物多样性,采用第二代测序Illumina MiSeq方法对采集自开原的4个不同发酵阶段的酱块样品进行微生物多样性分析。结果表明:在属级水平上,共鉴定出21个真菌分类群,其中毛霉菌(Mucor)、青霉菌(Penicillium)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)和根霉菌(Rhizopus)为优势类群;细菌共鉴定出40个细菌分类群,其中乳杆菌(Lactobacillus)、魏斯氏菌(Weissella)和肠球菌(Enterococcus)为优势类群。豆酱酱块中多样性的真菌和丰富的细菌在发酵过程中可能共同发挥特定的作用。本研究阐明了传统发酵豆酱酱块的微生物群落特征,揭示了传统酱块发酵过程中真菌和细菌的群落演替,为豆酱发酵过程控制奠定了理论基础。