基于Illumina MiSeq测序技术不同地区辣椒酱细菌多样性分析

在采用MiSeq高通量测序技术对咸丰地区10个辣椒酱细菌群落多样性进行系统分析的基础上,进一步从MG-RAST数据中下载当阳地区辣椒酱测序数据,进而对不同地区辣椒酱核心细菌类群进行比较分析。结果表明,咸丰地区辣椒酱中核心细菌类群主要由Lactobacillus,Bacillus,Leuconostoc,Pediococcus,Weissella,Pseudomonas,Halomonas和Corynebacterium构成。基于UniFrac距离的主坐标分析和聚类分析均表明,咸丰和当阳地区辣椒酱细菌群落结构存在较大差异,咸丰地区辣椒酱细菌群落结构种类多样性及丰度要显著偏高(p<0.05)。该研究对揭示辣椒酱细菌多样性和不同地区间差异的关联性可能具有一定积极意义。     

鄂尔多斯地区酸粥细菌多样性分析及乳酸菌的分离鉴定

以采集自内蒙古鄂尔多斯地区的8个酸粥样品为研究对象,利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对样品进行细菌菌群结构及多样性研究,分离鉴定其优势菌株。结果表明:8个样品中的细菌主要来自厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),乳酸杆菌属(Lactobacillus)和醋酸杆菌属(Acetobacter)为优势菌属。乳酸杆菌属在各样品中占比最高,为42.63%～97.49%。SZ1、SZ2样品与其他样品的菌群结构差异较大,可能与不同采集时间有关。对上述样品中的乳酸菌进行分离纯化,通过生理生化试验结合分子生物学方法,鉴定获得1株干酪乳杆菌(Lactobacillus casei),1株发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),2株植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和4株副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。上述研究结果为酸粥工业化生产提供菌种资源和理论依据。     

陕西关中地区羊乳中细菌多样性的分析

为全面了解羊乳中细菌多样性,对陕西关中地区杨凌、宝鸡和渭南3个牧场羊乳样品中微生物宏基因组DNA的16S r RNA基因V3-V4区进行扩增、高通量测序。研究共获得225 424条高质量序列,平均每个样品聚成673个OTUs。对不同地区羊乳中细菌群落构成分析显示,所有羊乳样品中细菌门有27种,Proteobacteria为陕西关中地区羊乳中的优势菌群门,在渭南地区所占比例最高,为91.15%,在杨凌和宝鸡地区分别占62.44%和60.33%;细菌属有354种,Enterobacter是关中地区羊乳中的优势细菌属,3个地区所占比例分别为37.41%、33.82%和2.87%;细菌种有826种,P.aeruginosa为陕西关中地区的优势菌株,在3个地区分别占1.17%、0.81%和21.8%,且渭南地区的P.aeruginosa含量显著高于其他两个地区。不同地区羊乳样品细菌群体间的多样性分析表明,杨凌和宝鸡这两个地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较高,渭南地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较低。3个地区间羊乳中细菌分布有一定的差别,但样品之间微生物群落结构差距不大,有一定的相似性。     

酿酒小曲研究进展

小曲是生产小曲酒的糖化发酵剂。文中对小曲的作用、原料组成、生产条件以及生产工艺等方面的研究进展进行了综述。高质量的小曲 ,不仅能够提高小曲酒的出酒率 ,也能使酒的风味质量得到稳定和提高     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析。结果表明，样品中共检测出35 个门、378 个属的细菌和4 个门、38 个属的真菌。优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉菌门（Mucoromycota）。小曲白酒发酵过程中菌群结构不断发生变化，发酵前2 d细菌优势菌属为不明立克次体菌属（unidentified Rickettsiales），发酵3 d后的绝对优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）直至发酵结束。真菌优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）、根霉属（Rhizopus）、酵母菌属（Saccharomyces）和曲霉属（Aspergilus）。随着发酵时间延长，根霉属和曲霉属相对丰度都在降低，而酵母菌属在发酵第2天后其相对丰度在不断提高并成为优势菌。本研究揭示了复配小曲白酒酿造发酵过程中微生物群落多样性及变化规律，为复配小曲白酒的生产提供理论支持。     

张家界和湘西地区鲊广椒细菌菌群多样性比较分析

该研究采用MiSeq测序技术对采集自湖南张家界地区的18个鲊广椒样品进行高通量测序，同时从MGRAST数据库中下载12个湖南湘西地区鲊广椒的高通量测序数据，在将数据合并分析的基础上，通过多种数据方法对张家界和湘西2个地区鲊广椒菌群结构进行比较分析，探究不同地区鲊广椒细菌群落结构的异同。结果表明，2个地区鲊广椒中细菌类群丰度和多样性均无显著差异（P>0.05），但其细菌类群结构存在显著差异（P<0.05）。Mann-Whitney检验发现，张家界地区鲊广椒中乳酸杆菌（Lactobacillus）和假单胞菌属（Pseudomonas）相对含量分别为93.04%和1.78%，较之湘西地区显著偏高（P<0.05），而醋酸杆菌（Acetobacter）相对含量仅为0.03%，较之湘西地区显著偏低（P<0.05）。线性判别分析（LDA）结果表明，乳酸杆菌（Lactobacillus）和假单胞菌属（Pseudomonas）可作为张家界地区鲊广椒中的生物标志物，醋酸杆菌（Acetobacter）为湘西地区鲊广椒中的生物标志物。PICRUSt分析发现，代谢途径E（氨基酸转运与代谢...     

自然发酵的岭南桑葚果酒的细菌多样性分析

目的:基于高通量测序分析不同自然发酵周期的岭南桑葚果酒的细菌分布特征。方法:采集广州永和镇创鲜果桑采摘园的6个月短时发酵桑葚新酒(STF)和18个月长时发酵桑葚陈酒(LTF),提取其发酵全液总的生物DNA,进行16S rRNA细菌保守区域扩增、纯化和测序。下机后通过专业的生物学分析软件对测序数据进一步加工,包括物种注释、聚类分析、潜在生物功能预测分析、多样性分析等。结果:高通量测序获得新酒和陈酒的平均细菌Tag 数目分别为126 126个和127 401个,平均OTUs 数目分别为746个和789个,经物种注释,主要为变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、放线菌门、Epsilonbacteraeota、酸杆菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门和绿弯菌门10个菌门,以拟杆菌门分枝杆菌属、变形菌门雷拉内拉菌属、变形菌门弯曲菌属、厚壁菌门链球菌属、变形菌门不动杆菌属、变形菌门慢生根瘤菌、变形菌门拉尔斯顿尼亚菌属、变形菌门帕拉伯克霍尔德菌属、拟杆菌门拟杆菌属和放线菌门的分枝杆菌属为主,其中新酒中的拟杆菌门分枝杆菌属显著高于陈酒(P<0.05),变形菌门不动杆菌属显著低于陈酒(P<0.05)。结论: 不同发酵周期的桑葚果酒细菌具有不同丰富度的微生物群落多样性和差异化的菌群组成结构,功能预测分析显示LTF样本菌群中与免疫疾病、心血管疾病、发育、信号分子及相互作用等相关基因功能序列增加,提示桑葚果酒发酵时间过长,增加了产品的食用安全风险。     

基于纯培养和高通量测序技术解析仙桃地区鲊菜细菌多样性

为解析湖北省仙桃地区鲊菜中细菌多样性,该研究在采用纯培养技术对乳酸菌菌株进行分离鉴定的基础上,进一步使用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。纯培养结果发现,分离到的44株乳酸菌隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳球菌属（Lactococcus）,其中植物乳杆菌（L. plantarum）和戊糖乳杆菌（L. pentosus）分别占总分离株含量的40.91%和34.09%。Illumina Mi Seq高通量测序结果显示,鲊菜中优势细菌属主要包括乳酸杆菌属、明串珠菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属（Pseudomonas）和肠杆菌属（Enterobacter）,其平均相对含量分别为85.03%、3.31%、1.68%、1.50%和1.05%。由此可见,仙桃地区鲊菜中乳酸菌具有较高的多样性,且以植物乳杆菌和戊糖乳杆菌为主。     

基于高通量测序技术分析汉中地区泡菜水细菌多样性

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对陕西省汉中地区泡菜水中的细菌构成进行解析,并采用生物信息学方法对其多样性进行分析,同时结合多元统计学等手段探讨汉中泡菜水中微生物结构的差异。结果表明,泡菜水样品中的细菌菌群主要隶属于24个门的553属,优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,其平均相对含量分别为89.12%和7.89%;优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其平均相对含量分别为52.06%、31.40%、4.89%和1.83%。汉中地区的泡菜水样品可以划分为两个聚类,隶属于不同聚类泡菜水样品的α多样性指数无显著性差异（P＞0.05）,但细菌菌群结构存在较大差异（P＜0.05）,且片球菌属和乳杆菌属的相对含量存在显著性差异（P＜0.05）。同时,不同聚类的泡菜水中均存在一些低丰度物种,且均为一些较为独特的细菌类群。     

基于细菌多样性对草菇发酵制品分析评价

为解决草菇储存周期短的现实问题,进一步增加草菇产业的经济价值。参考东北酸菜的制备方法研发了一种草菇发酵制品,采用高通量测序技术,通过生物信息分析、OTU分析、多样性分析等,以白菜发酵液为参考,对草菇发酵液中微生物群落与潜在功能进行分析。结果显示,草菇发酵液的物种丰度和物种多样性均高于白菜发酵液;草菇发酵液中的优势菌属和白菜发酵液一样,为乳杆菌属（Lactobacillus）,丰度占比高达70%;草菇发酵液的安全性比白菜发酵液的安全性更高。本文还进一步分析讨论了草菇发酵液的安全性高于白菜发酵液的具体的原因。     

玉米和高粱小曲酒酿造特性研究对比

在实验室条件下,以玉米和高粱为原料进行小曲酒的酿造,通过对比酿酒原料及酿造过程中理化性质的差异,结合对玉米原料不同的处理工艺,以期改善玉米酿造小曲酒的酒质。结果表明,高粱的粗淀粉含量与玉米差异不显著（P＞0.05）,水分含量显著高于玉米（P＜0.05）。高粱酒样的酒精度显著高于玉米酒样（P＜0.05）;高粱糟醅的酸度、残余淀粉以及其细菌数量显著低于玉米糟醅（P＜0.05）,水分及其酵母菌数量显著高于玉米糟醅（P＜0.05）。对玉米先蒸粮再粉碎能够有效提升玉米酿造的小曲酒酒质,酒样酒精度由14.3%vol提升至24.4%vol,乙酸乙酯的含量由0.2 g/L提升至0.6 g/L。     

青砖茶渥堆过程中理化特性及细菌多样性分析

目的 基于青砖茶渥堆过程中茶样理化特性及其中细菌种群的变化,揭示青砖茶品质形成与细菌菌群间的关联。方法 利用高通量测序技术对青砖茶从原料到陈化一个月过程中的9个时间节点的细菌多样性进行研究,同时检测其理化因子的动态变化,并进行冗余分析(redundancy analysis, RDA)。结果 通过细菌种群结构主成分分析可将整个青砖茶渥堆过程分为渥堆前期(W-0)、渥堆中期(W-1~W-7)、渥堆后期(陈化期)(C-1)。青砖茶渥堆过程中细菌多样性丰富,在门水平上,优势菌为proteobacteria,相对丰度为16.9%~91.0%,actinobacteria,其相对丰度为1.04%~49.5%,属水平上,klebsiella为渥堆起始点的优势菌,Burkholderia是渥堆过程的优势属,贯穿渥堆过程的始终,Weissella为W-3中出现特异性增加的细菌菌属,渥堆后期时出现优势菌属Pediococcus。RDA显示Saccharopolyspora与pH显著正相关,Chloroplast与水浸出物显著正相关,Microbacterium和色差指标、Bradyrhizobium与含水量、Streptomyces与可溶糖、Saccharopolyspora与黄酮、蛋白质、儿茶素、茶多酚等、Caballeronia与茶多糖和咖啡碱有正相关性。结论 细菌多样性与青砖茶渥堆过程理化特征指标及理化成分的变化表现出较强的相关性,细菌群落结构的变化是造成青砖茶渥堆过程中理化特性发生改变主要原因。     

基于高通量测序分析不同年份闽南腌制萝卜干中细菌多样性

为了解闽南地区不同腌制发酵年份萝卜干中微生物结构组成变化,采用Illumina MiSeq高通量测序分析比较不同腌制发酵年份（3年,5年,10年,15年,20年）萝卜干中细菌的群落结构组成及多样性差异。结果表明,5个样本分别获得69 716、38 952、40 412、57 292、39 406条有效序列,9 762、12 657、6 269、11 251、13 051个OTUs数目;在门分类水平上,腌制发酵3年的萝卜干变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）所占比率均高于40%。发酵5年、10年、15年、20年的萝卜干中只有变形菌门（Proteobacteria）所占比率高于40%;在属分类水平上,腌制发酵3年的萝卜干主要优势菌属为鞘氨醇杆菌（Sphingobacterium）、藤黄单胞菌（Luteimonas）;发酵5年、10年、15年、20年的萝卜干主要优势菌属为不动菌属（Acinetobacter）。聚类分析（CA）和主成分分析（PCA）结果表明,发酵3年与5年以上萝卜干细菌菌群差异显著。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性,并阐明其优势真菌微生物群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）;堆积发酵中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、变形菌纲（Proteobacteria）;在窖内发酵中乳杆菌属（Lactobacillus）占绝对优势;窖泥中主要优势菌有放线菌（Actinomyces）和乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积、窖内发酵、窖泥之间细菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。     

盐分对新平酸腌菜主发酵期细菌多样性的影响

基于Illumina NovaSeq测序平台,选取无盐和有盐（盐度10%）腌制的新平酸腌菜,对主发酵期（前30 d）理化指标（pH、总酸、亚硝酸盐含量）变化明显的三个时间点的样品进行16S rRNA基因的V3-V4区测序,解析其细菌群落结构差异。结果表明,无盐和有盐腌制的6个酸菜样品共鉴定出22门、339属、902个操作分类单元（OTU）;在门分类水平上两个盐浓度腌制的酸菜样品菌群结构组成相似,变形菌门（Proteobacteria）所占比例均＞40%,处优势地位;在属分类水平上各酸菜样品中共有相对丰度较高的细菌为未分类的蓝细菌属（unidentified-Cyanobacteria）（30.02%）、水生杆菌属（Aquabacterium）（17.65%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（19.56%）;有盐腌制组的特异菌属种类较无盐腌制组多;理化指标对菌群影响大小依次为总酸＞亚硝酸盐含量＞pH值。总体而言,无盐与有盐腌制的酸菜细菌结构存在差异,盐分的存在主要影响优势细菌属和特异菌属的差异,进而影响酸菜的风味口感与贮存时间。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序的湘派卤牛肉细菌多样性分析

目的:为湘派卤牛肉保鲜保味,延长货架期。方法:对不同贮藏时间(0,4,8,12,16 d)的湘派卤牛肉样品中细菌进行多样性测序。结果:高通量测序共获得有效基因序列1 116 813条,平均每个样品74 454条。Alpha多样性分析表明,LNR8d中细菌丰度最高,LNR4d中细菌丰度最低;细菌门水平结果表明,在贮藏期间,15个卤牛肉样品中的优势菌门主要有：厚壁菌门、变形菌门和蓝细菌门。细菌属水平结果表明,LNR0d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;LNR4d的样品中优势菌属为巨大球菌属;LNR8d的样品中优势菌属为肠杆菌属;在LNR12d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;在LNR16d的样品中优势菌属为unidentified＿Chloroplast。PCoA分析显示15个样品的组内样本之间距离较大,表明其菌群差异性较大。LEfSe分析表明,LNR4d～LNR16d样品中属水平下贡献最大的细菌菌群分别为巨大球菌属、微小杆菌属、乳杆菌属。结论:研究揭示了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌多样性,探索了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌变化情况及其优势菌属。