中国庚型肝炎病毒NS3区部分基因的克隆与基因特点的分析

利用逆转录多聚酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ），从我国一输血后丙型肝炎病人血清中克隆到了庚型肝炎病毒ＮＳ３区的部分基因。经序列分析表明：我国庚型肝炎病毒ＮＳ３区与已知的ＧＢＶ－Ｃ及ＨＧＶ的核苷酸同源性在８１．７—８８．０％之间，而氨基酸同源性均大于９６％，氨基酸序列与ＨＣＶ、ＧＢＶ－Ａ、ＢＧＶ－Ｂ具有一定的结构相似性及数个共有的保守位点。     

大豆Kunitz型胰蛋白酶抑制剂基因的克隆及其转基因烟草抗虫性初探

从未成熟的大豆叶中提取总ＲＮＡ，利用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增出大豆Ｋｕｎｉｔｚ型胰蛋白酶抑制剂基因单一目的片段，克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＫＳ（＋）ＳｍａＩ位点上。序列分析表明，该基因与报导的序列高度同源：其核苷酸序列及推论的编码氨基酸序列的同源率分别为９９．５％和９８．２％。由此，构建了大豆Ｋｕｎｉｔｚ型胰蛋白酶抑制剂基因的植物高效表达载体ｐＢｉｎＳＫＴＩ。并采用农杆菌介导的叶盘法转化了烟草，获     

大熊猫朊病毒基因克隆与序列分析

根据已报道的哺乳动物朊病毒基因序列设计引物对,采用PCR方法扩增了大熊猫的朊病毒基因,将其克隆到T-Easy载体,序列测定及分析表明所克隆的大熊猫PRNP基因(GeneBank收录号为AF327449)片段为795bp,编码264个氨基酸的前体蛋白,推测其分子量约28．5ku。与已报道的牛(GeneBank收录号为AF455119)、绵羊(GeneBank收录号为AF367623)的相应序列作比较分析,核苷酸序列同源性分别为99％和83％,其编码的氨基酸同源性均为100％。在所克隆的大熊猫PRNP基因中未发现与朊病毒敏感性连锁的氨基酸多态性位点。     

斑马鱼ILF2基因的电子克隆分析

利用电子克隆方法,成功获得了ILF2基因在斑马鱼中的同源基因,为进一步研究斑马鱼ILF2基因功能奠定了基础.斑马鱼ILF2基因cDNA全长为1560bp,含有一个编码387个氨基酸的完整开放阅读框架.比较斑马鱼ILF2基因和人ILF2基因,显示两者编码氨基酸序列相似性为87%,核苷酸序列有72%相同.     

植物抗体基因工程：Ⅳ．马铃薯Y病毒小鼠中和抗体重链基因的序列分析及其植物表达

序列分析表明，马铃薯Ｙ病毒小鼠中和抗体重链基因（Ｇ９）全长为１５０５个核苷酸碱基（不包括Ｐｏｌｙ（Ａ）尾巴），其中包括５＇端非编码区１６个核苷酸碱基、编码重链信号肽的５７个核苷酸碱基、编码成熟蛋白的１３２９个核苷酸碱基和３＇端非编码区的１０３个核苷酸碱基。与已知的小鼠抗体Ｍｏｐｃ２１的重链基因（γ１）相比，核苷酸的序列同源性为９４．４％，由核苷酸序列所推导出的氨基酸序列同源性为９２．６％，其中可变区内（ＶＨ）的氨基酸序列同源性达７４．５％，这表明二者起源于同一种系基因。将完整的抗体重链基因正向插入植物表达载体ｐＢⅠ１２１中的原ＧＵＳ基因位置上，置于花椰莱花叶病毒３５Ｓ启动子控制之下，获得了能够在植物细胞内表达马铃薯Ｙ病毒中和抗体重链基因的植物表达载体ｐＹＨ。     

植物抗体基因工程：Ⅲ.马铃薯Y病毒小鼠中和抗体链基因的序列分析及其...

序列分析表明，马铃薯Ｙ病毒小鼠中和抗体轻链基因（Ｋ６）全长为９５６个核苷酸碱基，其中包括５’端非编码区３１个核苷酸碱基，编码轻链信号肽的５７个核苷酸碱基，编码成熟蛋白的６５７个核苷酸基和３’端非编码区的２１１个核苷酸碱基。与已知的其它Ｋ轻链基因（ＭＲＫ１６）相比，核苷酸的序列同源性为９８．７％，由核苷酸序列所推导出的氨基酸序列同源性为９７．０％，其变异主要发生在三个抗原识别位点内（ＣＤＲ）。将完整     

从鳗弧菌M3 Fosmid文库筛选aroA基因

为克隆鳗弧菌aroA基因 (它在细菌中编码合成芳香族氨基酸的关键酶--5-烯醇氏丙酮酰莽草酸3-磷酸(EPSP)合成酶),在实验室中构建了鳗弧菌M3大分子量基因组Fosmid文库,并通过克隆测序获得了部分序列,以此为基础,通过延伸测序获得了ar oA基因序列全长. 该基因全长1281bp,编码427个氨基酸,包含一个11个氨基酸残基的信号肽;编码区GC平均含量为46.8%,推测分子量为46177 Da.相似性分析表明,鳗弧菌的aroA核苷酸和氨基酸序列与其他弧菌的相似性最高,分别在73%～75%和78%～82%;进化树结果也表明鳗弧菌ar oA与其他弧菌的亲缘关系最近.aroA基因的克隆为构建鳗弧菌弱毒疫苗奠定了基础.     

脆壁克鲁维酵母蛋白二硫化物异构酶KfPDI的结构分析

利用ＤＮＡ限制性内切酶图谱分析将一个带有脆壁克鲁酵母蛋白二硫化物异构酶基因（ＫｆＰＤＩ）的１０ｋｂ初始克隆缩短为４ｋｂ的亚克隆,并测定了该基因的ＤＮＡ全序列。经分析发现：（１）该基因编码产物由５２０个氨基酸重印箕组成。（２）它与乳酸克鲁维酵母蛋一太化物异构酶在氨基酸序列上的同不原性为７８％。（３）民其他物种的ＰＤＩ基因在核苷酸和蛋白持水平上的同源性较弱,但都存在有两个高度保守的异构酶活性位点。     

致病性鳗弧菌金属蛋白酶基因克隆及序列分析

从我国山东沿海发病的鲈鱼（Lateolabrax japonicus）分离到一株致病性鳗弧菌（Vibrio anguillarum）W-1，该菌的胞外蛋白酶活性为4226u/ml，部分纯化的胞外蛋白酶对海水养殖大菱鲆鱼有一定的毒性。应用PCR扩增，从鳗弧菌W-1染色体DNA扩增出一条长约1.925kb的特异性PCR产物，DNA序列分析表明：克隆的片段含有完整的金属蛋白酶基因阅读框，编码611个氨基酸残基的蛋白质，该金属蛋白酶基因与一株致病性鳗弧菌蛋白酶基因的核苷酸及氨基酸序列同源性为100%，而与解蛋白弧菌（V.proteolyticus)、创作弧菌（V.vulnificus）、霍乱弧菌（V.cholerae)、斑点气单胞菌（Aeromonas punctata），嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）的氨基酸序列同源性分别为73%、70%、69%、53%、51%。     

植物抗体基因工程：Ⅲ．马铃薯Y病毒小鼠中和抗体链基因的序列分析及其植物表达载体的构建

序列分析表明，马铃薯Ｙ病毒小鼠中和抗体轻链基因（Ｋ６）全长为９５６个核苷酸碱基（不包括ｐｏｌｙ（Ａ）尾巴），其中包括５＇端非编码区３１个核苷酸碱基，编码轻链信号肽的５７个核苷酸碱基，编码成熟蛋白的６５７个核苷酸基和３＇端非编码区的２１１个核苷酸碱基。与已知的其它Ｋ轻链基因（ＭＲＫ１６）相比，核苷酸的序列同源性为９８．７％，由核苷酸序列所推导出的氨基酸序列同源性为９７．０％，其变异主要发生在三个抗原识别位点内（ＣＯＲ）。将完整的抗体轻链基因正向插入植物表达载体ｐＢ１２１中的原ＧＵＳ基因位置上，置于花椰菜花叶病毒３５Ｇ启动子控制之下，获得了能够在植物细胞内表达马铃薯Ｙ病毒中和抗体轻链基因的植物表达载体ｐＹＬ。     

华根霉(Rhizopus chinensis)前导肽脂肪酶基因的克隆及其在Pichia pastoris中的表达

通过3次PCR程序克隆得到了华根霉(Rhizopus chinensis CCTCCM201021)脂肪酶全基因序列,该基因的开放阅读框长1170bp,不含内含子,编码一个389个氨基酸残基的蛋白质,包括26个氨基酸的信号肽,94个氨基酸的前导序列和269个氨基酸的成熟肽,其推断的氨基酸序列与一些已报道的根霉脂肪酶序列同源性为86%.在巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)GS115中分泌表达前导肽序列.SDS-PAGE分析表明表达蛋白的分子量约37kD.N-端氨基酸序列分析表明该重组蛋白分泌过程中前导序列N-端的67个氨基酸被切割掉,表达的重组脂肪酶由前导序列C-端的27个氨基酸和成熟肽的269个氨基酸组成.发酵132h后上清中重组脂肪酶的表达量最高,蛋白含量约5.4mg/mL,橄榄油乳化法测水解酶活为161U/mL,其比活比野生型华根霉脂肪酶高约43倍.     

雪花莲外源凝集素基因的克隆及其多态性分析

从雪花莲叶片中分离出长度为４８４ｂｐ的雪花莲外源凝集素ｃＤＮＡ,包含了完整的雪花莲外源凝集素编码序列。通过限制性酶切图谱及ＤＮＡ序列分析,从中筛选出５种核苷酸且氨基酸序列均有差别的外源凝集素在１,ＧＡＮ１２,ＧＮＡ１３,ＧＮＡ１４和ＧＮＡ１５。     

茶尺蠖普通气味结合蛋白基因片段cDNA的克隆与序列分析

根据同源性设计简并性引物,采用RT-PCR方法扩增出了茶尺蠖普通气味结合蛋白GOBP1和GOBP2的基因cDNA片段,大小分别为415 bp和352 bp.测序结果在NCBI中经BLAST搜索,结果表明,两者与已报道的鳞翅目昆虫的气味结合蛋白基因片段或全长的同源性分别为79%~83%和78%~90%.根据两个核苷酸片段推导出的氨基酸残基数分别为138个和117个,均具有6个保守的半胱氨酸位点,符合典型的气味结合蛋白的特点.经BLAST搜索,与其他鳞翅目昆虫GOBP1和GOBP2氨基酸序列的同源性分别为62%~82%和76%~88%.     

慢生型大豆根瘤菌nfeC基因的克隆及序列分析

通过亚克隆,将重组质粒pGXN201中与nfeC基因同源的片段定位在4kbClaI XbaI片段上,序列分析表明该片段全长4038个碱基,该片段上含有一个完整的阅读框架,该阅读框架编码一个含275个氨基酸的多肽,与已报道的nfeC基因编码的蛋白质具有93%的同源性。     

条斑紫菜锰超氧化物歧化酶基因克隆与序列分析

为研究紫菜抗逆抗病的分子机制,以本实验室建立的条斑紫菜表达序列标签(EST)和全长cDNA富集文库,结合PCR技术,克隆了条斑紫菜编码锰超氧化物歧化酶(Mn-SOD)的cDNA及基因组DNA全长序列,并进行了序列特性相关分析.研究结果表明:该基因cDNA序列全长为958个核苷酸,包含一个完整Mn-SOD基因的ORF,编码224个氨基酸和终止密码子;该基因在基因组中序列长度为1416bp,包含4个外显子和3个内含子,这既不同于高等植物的6个外显子和5个内含子,也不同于人的5个外显子和4个内含子;该基因编码区密码子的平均GC含量为60.9%,第三位密码子的GC含量高达84.9%;序列中包含4个与Mn2 的结合位点及一个保守的金属结合结构域,预测分子量为24469.09Da,等电点为5.99;条斑紫菜Mn-SOD与人的相关蛋白具有类似的空间结构,都有6个跨膜α螺旋结构域;由cDNA序列推导的氨基酸序列与莱茵衣藻相似性为57.7%,系统发生分析表明条斑紫菜Mn-SOD与绿藻莱茵衣藻和硅藻海链藻的亲缘关系较近.这是该基因在红藻门中的首次报道.     

外来入侵生物福寿螺β-actin基因片段的克隆及表达分析

采用RT-PCR的方法首次对入侵我国福寿螺的β-actin基因片段进行扩增、克隆和序列测定,并通过氨基酸序列分析推导与其他相关物种的亲缘关系.结果表明,获得的福寿螺β-actin基因cDNA片段大小为840bp,核酸编码有280个氨基酸序列,与其他物种具有高度的同源性.通过邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,福寿螺首先与软体动物聚为一簇,然后与节肢动物聚为一簇,再与脊椎动物聚为一簇.此外,RT-PCR结果显示,β-actin基因在福寿螺的鳃、消化腺、肾和足部肌肉等4个组织内的表达基本一致,具有良好的稳定性.     

MultiTag: multiple error-tolerant sequence tag search for the sequence-similarity identification of proteins by mass spectrometry

The characterization of proteomes by mass spectrometry is largely limited to organisms with sequenced genomes. To identify proteins from organisms with unsequenced genomes, database sequences from related species must be employed for sequence-similarity protein identifications. Peptide sequence tags (Mann, 1994) have been used successfully for the identification of proteins in sequence databases using partially interpreted tandem mass spectra of tryptic peptides. We have extended the ability of sequence tag searching to the identification of proteins whose sequences are yet unknown but are homologous to known database entries. The MultiTag method presented here assigns statistical significance to matches of multiple error-tolerant sequence tags to a database entry and ranks alignments by their significance. The MultiTag approach has the distinct advantage over other sequence-similarity approaches of being able to perform sequence-similarity identifications using only very short (2-4) amino acid residue stretches of peptide sequences, rather than complete peptide sequences deduced by de novo interpretation of tandem mass spectra. This feature facilitates the identification of low abundance proteins, since noisy and low-intensity tandem mass spectra can be utilized.     

小麦与高冰草体细胞杂种耐盐新品系的盐胁迫应答cDNA差异表达分析

用银染DDRT-PCR技术分析了小麦济南177和小麦与高冰草体细胞杂种耐盐品系杂3号在盐胁迫前后基因的差异表达情况。并通过反向Northern杂交筛选,获得27个阳性片段。从中选出10个候选片段进行序列分析,这些序列信息表明,其表达与盐胁迫应答有一定关系。Northern杂交验证了差异片段wrsi-1在耐盐品系杂3号的根中受盐诱导,可能为胁迫早期应答基因。     

条斑紫菜丝状孢子体表达序列标签分析

为获得条斑紫菜丝状孢子体特异表达基因和抗逆相关基因，进行了条斑紫菜丝状孢子体表达序列标签分析，共获得170条表达序列标签。与数据库中条斑紫菜叶状配子体表达序列标签比较，发现73条新标签，占42．94％。这些新标签可能是条斑紫菜丝状孢子体特异表达的基因。获得的170条表达序列标签可分成106组，其中的43组，占46．6％，在蛋白质数据库中存在同源蛋白。已知功能的43组标签中，大部分与能量代谢和蛋白质合成相关，只有3组与生长发育，6组与抗逆与防御相关。上述研究结果是构建条斑紫菜分子标记连锁图谱和探讨条斑紫菜养殖性状遗传机理的重要基础。