基于全基因组测序的单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子特征分析

目的 了解肇庆市单核细胞增生李斯特菌(以下简称单增李斯特菌)食品分离株的基因组特征、毒力岛的携带情况及遗传多样性。方法 对肇庆市13株单增李斯特菌食品分离株进行全基因组测序,将组装好的contings/Scaffolds上传至在线分析平台Center for Genomic Epidemiology、Rast和VFanalyzer进行基因组注释与毒力因子基因鉴定,并应用基于全基因组测序的单核苷酸多态性分型(wg-SNPs)方法与美国生物技术信息中心(NCBI)上获取的25株国内外单增李斯特菌的基因组进行遗传进化分析。结果 13株单增李斯特菌食品分离株的基因组大小为2.82～3.04 Mb,CG含量为37.9%～38.1%,可分为6个ST型(ST1、ST3、ST8、ST59、ST87、ST101),分属于6个克隆复合群(CC1、CC3、CC8、CC59、CC87、CC101)。其中,ST3型菌株均携带LIPI-3毒力岛基因,ST87型菌株均携带完整LIPI-4毒力岛基因。wg-SNPs遗传进化分析显示13株单增李斯特菌食品分离株可分为2个进化分支,其中ST3型菌株位于进化树的根部,与其他ST型菌株进化上存在差异。结论 肇庆市单增李斯特菌食品分离株以高毒力的ST87型和ST3型为流行型,并发现一株同时携带LIPI-1～LIPI-4毒力岛的ST87型菌株,应加强对此类菌株的监测,警惕高毒力菌株在肇庆市引起感染性暴发的风险。     

苏州市食源性单核细胞增生李斯特菌的全基因组测序分析

目的 应用高通量测序技术分析苏州市食源性单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes, Lm)的毒力基因携带情况、分子分型、遗传进化谱系及遗传进化关系等分子特征。方法 对2016—2020年分离自食品的42株Lm进行全基因组测序,运用CLC Genomics Workbench 21.0.4软件进行组装及毒力基因和耐药基因分析;通过与BIGSdb-Lm数据库比对获得谱系、克隆群(clone complexes,CC)、血清群、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST);利用柏熠微生物分析平台v4.0构建最大似然树。结果 42株Lm共包含两个谱系,谱系Ⅰ和谱系Ⅱ,以谱系Ⅱ为主(83.3%)。血清群分为Ⅱ_a、Ⅱ_b和Ⅱ_c,以Ⅱ_a为主(57.1%)。42株Lm分为11个CC型, 11个序列型(sequence type, ST型)...     

咸阳市市售食品中单核细胞增生李斯特菌基因组特征及耐药和致病基因分析

目的 采用全基因组测序技术对从咸阳市市售食品中分离的64株单核细胞增生李斯特菌（单增李斯特菌）的基因组特征,耐药和致病性基因进行分析。方法 收集咸阳市市售食品中分离的64株单增李斯特菌,利用微量肉汤法进行药敏测定,同时进行全基因组测序,原始序列经拼接后利用生物信息学软件进行基因组注释、系统发育树构建及基因组特征和遗传原件分析。结果 64株分离株对于氨苄西林、青霉素、美罗培南、复方新诺明、万古霉素5种抗生素结果均为敏感。其中2株分离株对2种抗生素产生抗性,分别为四环素和红霉素。全基因组测序分析表明,64株分离株分属3个谱系,分为15个克隆群（CC）,以谱系Ⅰ和谱系Ⅱ为主;2株耐药株基因型与表型一致,耐药基因上下游遗传环境分析表明,这些基因的可能来源为猪丹毒杆菌、肠球菌和外源质粒。所有分离株均携带致病基因岛LIPI-1和LIPI-2,部分谱系Ⅰ菌株携带LIPI-3或LIPI-4,具有潜在致病风险。携带质粒和抗性相关基因的主要为谱系Ⅱ菌株。inlA基因提前终止突变均发生在谱系Ⅱ,可能降低菌株毒力。结论 咸阳市市售食品中单增李斯特菌基因组结构相对稳定,菌株存在获得性耐药,且因携带更多毒力基因而产生潜在的高致病性菌株。谱系Ⅰ和谱系Ⅱ菌株在毒力基因、抗性相关基因和质粒携带方面均具有差异,显示不同CC型菌株的毒力和环境适应性存在差异,为咸阳市单增李斯特菌的监测和防控提供了参考数据。     

食源性单增李斯特菌与英诺克李斯特菌基因组特征比较

目的 通过全基因组测序对甘肃省市售食品中分离的单增李斯特菌和英诺克李斯特菌基因组特征进行比较分析。方法 收集2021—2022年甘肃省市售食品中分离的25株单增李斯特菌和7株英诺克李斯特菌作为研究对象,对菌株进行全基因组测序,分析其系统发育谱系、克隆复合群（CC）、序列型（ST）、毒力基因、抗性基因及泛基因组。结果 32株李斯特菌分属单增李斯特菌谱系Ⅰ和Ⅱ及英诺克李斯特菌3个群,单增李斯特菌分为10个亚群,英诺克李斯特菌分为5个亚群,与CC型保持一致,核心基因组多位点序列分型能将各谱系中不同CC型的菌株明显分开,谱系Ⅰ与英诺克李斯特菌的进化关系更近。25株单增李斯特菌均携带李斯特菌毒力岛LIPI-1和内化素基因,不携带LIPI-3,有2株ST87型菌株携带LIPI-4;7株英诺克李斯特菌均不携带LIPI-1和内化素基因,均携带LIPI-4,有5株菌携带LIPI-3。单增李斯特菌有16株携带SSI-1、3株携带SSI-2,7株英诺克李斯特菌均不携带SSI-1,有6株携带SSI-2。李斯特菌的泛基因组大小随着测序基因组数目的增加呈现线性增多,25株单增李斯特菌当菌株数量达到15后核心基因数目稳定在2 272个,占泛基因组基因数目的46.2%,25株单增李斯特菌和7株英诺克李斯特菌共同的核心基因1 487个,当菌株数量达到10后数目趋于稳定。结论 核心基因组多位点序列分型可将不同谱系不同克隆复合群的李斯特菌进行区分,英诺克李斯特菌与单增李斯特菌生化特性相似与其亲缘关系相近有关,致病性差异与英诺克李斯特菌缺失单增李斯特菌特有的毒力基因相关。     

临沂市食源性单增李斯特菌分子特征分析

目的：基于全基因组测序分析临沂市食源性单增李斯特菌的毒力基因、耐药基因携带情况及分子分型特征。方法：利用测序数据对27株食源性单增李斯特菌株进行多位点序列分型、毒力基因和耐药基因分析,并构建基于cg-SNP的系统发育树。结果：27株分离菌株共分为10个ST型,其中ST121为优势型别。27株单增李斯特菌有26株菌携带磷霉素（FosX）耐药基因,占96.3%,2株菌携带四环素类（tetM）和甲氧苄氨嘧啶类（dfrG）2种耐药基因,仅有1株菌不耐药。27株菌出现两种毒力缺失,第一种是毒力岛LIPI-1缺失,缺失率为7.4%。第二种是毒力岛LIPI-2中inlF单一缺失,缺失率为40.7%。系统发育树分析显示,27株菌株距离较近,聚集于3个分支中。绝大部分菌株分离自肉制品,占74.1%(20/27)。结论：食源性单增李斯特菌存在多种耐药基因,毒力基因分布以毒力岛（LIPI-1、LIPI-2）为主,具有潜在的致病性。建议临沂市单增李斯特菌专项监测工作在牲畜肉制品的基础上,应加大对冷冻饮品及其乳制品原料、生禽肉类、水果蔬菜类样本的监管,进一步降低单增李斯特菌所致食源性疾病流行风险。     

生鲜畜禽肉来源单核细胞性李斯特菌的基因组特征及其菌膜形成能力分析

目的：了解生鲜畜禽肉中典型单核细胞性李斯特菌遗传特征与其菌膜形成能力间的关系,为生鲜畜禽肉中该菌的精准防控提供依据。方法：依据前期分型结果,挑选生鲜畜禽肉来源的8种序列分型（sequence typing,ST）的10株单核细胞性李斯特菌分离株进行全基因组测序,对其进行基因功能注释、毒力基因鉴定、可移动遗传元件（前噬菌体、基因组岛、质粒）分析、进化分析和菌膜形成相关基因分析。然后,利用结晶紫染色法对分离株进行菌膜形成能力测定,分析不同类型分离株的基因组特征与其菌膜形成能力的相关性。结果：8种ST型单核细胞性李斯特菌分离株的基因组均鉴定到毒力岛LIPI-1、LIPI-2和其他19种以上的毒力基因,以及数量不等的前噬菌体和基因组岛;仅在ST3型分离株中鉴定到毒力岛LIPI-3基因,在ST8和ST1403型分离株中鉴定到质粒。进化分支系数显示,5种ST型分离株与数据库中疾病暴发菌株有较近的亲缘关系;此外,菌膜形成相关基因luxS和sigB分别在6种和7种ST型菌株中发生了突变;菌膜形成能力显示,ST1403和ST87型分离株的菌膜形成能力较强,ST1402型分离株能力最弱。结论：生鲜畜禽肉中...     

基于全基因组测序的蜡样芽孢杆菌食品分离株分子特征及耐药性研究

目的 研究上海市食品中分离的蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)的基因组特征及其耐药性。方法 本研究对上海市食品中分离的蜡样芽孢杆菌进行鉴定、药物敏感性实验和全基因组测序,利用BioNumerics软件对测序数据进行拼接组装,利用拼接数据进行多位点序列分型(MLST)、毒力基因和耐药基因分析,并与PubMLST数据库中的ST型进行比较;对耐药基因和耐药表型进行比较分析。结果 本研究中37株蜡样芽孢杆菌均可分型,其中7株为ST新型。37株蜡样芽孢杆菌分为34个ST型,其中3株菌为ST26型,其余ST型各占1株,呈高度多样性。37株蜡样芽孢杆菌均携带nheA、nheB、nheC基因,hblACD基因簇的携带率为37.8%,而完整ces呕吐基因簇的携带率只有16.2%,其中2株为分离自即食食品的ST26型。药敏实验显示37株蜡样芽孢杆菌对氨苄西林、青霉素和苯唑西林耐药性较高,与其携带耐药基因种类并不完全一致。结论 上海市食品中分离的蜡样芽孢杆菌菌株分子分型呈现高度多样性,应加强食品中蜡样芽孢杆菌分子生物学监测,为预防控制由其引起的食源性疾病提供科学依据。     

2020—2021年辽宁省食源性单核细胞增生李斯特菌毒力基因分布

目的 分析2020—2021年辽宁省食源性单核细胞增生李斯特菌（Lm）毒力基因分布特征及分子血清分型情况。方法 采用普通PCR方法对Lm的19个毒力基因包括毒力岛Ⅰ在内的6个位点（prfA、plcA、plcB、hlyA、mpl和actA）和毒力岛Ⅱ内化素家族蛋白基因的10个位点（inlA、inlB、inlC、inlD、inlE、inlF、inlG、inlH/C2、inlI、inlJ）,以及3个毒力基因相关位点（iap、fbpA、hpt）进行检测。同时应用多重PCR对所有菌株进行5种（1/2a、1/2b、1/2c、4b和3a）血清型分型检测。结果 在辽宁省食源性分离到的91株Lm中,36株Lm的19种毒力基因全部检出,其检出率高达39.6%。55株Lm菌株出现2种及2种以上毒力基因的不同缺失。inlG和inlF基因缺失率较高,分别为41.8%（38/91）和52.7%（48/91）。依据毒力基因携带情况,可分为13个基因型,其中携带19种毒力基因的Ⅰ型为辽宁省的优势基因型别。辽宁省Lm被分成4组分子血清型,1/2a（3a）血清型占比为59.3%（54/91）,1/2b（3b）占比为34.1%（31/91）,1/2c（3c）占比为3.3%（3/91）,4b（4d、4e）占比为3.3%（3/91）,3株4b血清型均分离自肉及肉制品。结论 辽宁省食源性Lm的毒力基因携带率高,毒力基因缺失具有多样性且存在样品种类上的差异。     

台州市食源性单核细胞增生李斯特菌分子特征研究

目的了解台州市食品中分离的单核细胞增生李斯特菌的血清型、毒力基因以及基因分型情况,建立食源性单核细胞增生李斯特菌的分子特征本底信息,为食源性疾病的防治提供技术支持。方法对近几年从食品中分离的37株单核细胞增生李斯特菌进行多重PCR血清分型、9种毒力基因(prf A、inl A、inl B、iap、fla A、hly A、plc B、mpl和act A)PCR检测、PFGE基因分型,用Bio Numerics 6.6软件对分型数据进行聚类分析。结果 37株食源性单核细胞增生李斯特菌的血清型以1/2a或3a型别为主;所有菌株均检出4种以上毒力基因,有15株菌携带所有9种毒力基因;37株菌经Apa I酶切PFGE分型后,共得到22种带型,每种带型包含1~5株不等,相似度区间为67%~100%。结论台州市食源性单核细胞增生李斯特菌存在致病流行风险,建立的指纹图谱数据库可为食源性疾病的防治提供技术支持。     

2019年北京市食源性单增李斯特菌的分子特征和耐药性研究

研究2019年北京市食源性单增李斯特菌进行分子特征和耐药性。 方法 使用多重PCR进行血清群分型、对分离的56株菌进行脉冲场凝胶电泳（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）、多位点序列分析（multilocus sequence typing, MLST）,使用微量肉汤法检测菌株的耐药性。 结果 56株单增李斯特菌中有28株分离自冷锅串串和中式凉拌菜,1/2a, 3a是主要的血清群。56株菌共分为29个PFGE带型、14个ST型,ST9、ST5、ST8、ST121是其主要的ST型别。2株菌对环丙沙星耐药,1株菌对四环素耐药。结论 冷锅串串和中式凉拌菜是单增李斯特菌污染的高危食品。北京市食品来源单增李斯特菌的ST型别与国内其他地方食品来源菌株一致,与北京市临床分离株一致。     

赣州市食源性腹泻患者分离沙门菌耐药性和分子分型特征研究

目的 了解赣州市食源性沙门菌耐药性和分子分型特征,建立赣州市食源性沙门菌耐药性和分子指纹图谱数据库,为临床合理用药和食源性沙门菌病的暴发溯源提供科学依据。方法 对赣州市2020—2022年食源性疾病主动监测中分离的136株沙门菌进行血清分型、药物敏感性试验、全基因组测序（WGS）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）,并进行耐药基因注释和图谱聚类分析。结果 赣州市食源性沙门菌对STR耐药率最高（83.09%）,其次为TET（78.68%）和AMP（76.47%）;多重耐药菌株占76.47%,耐药谱型广泛,主要流行耐药谱型为AMP-TET-CHL-STR-SXT;WGS预测出7种类别共61种耐药基因,以氨基糖苷类耐药基因携带率（99.19%）最高,大环内酯类（8.87%）最低;136株沙门菌以鼠伤寒变种和鼠伤寒为优势血清型,经PFGE分子分型分为98种带型。结论 赣州市食源性沙门菌耐药状况严重,耐药基因携带率高且基因型多样,PFGE分子型别呈多态性,优势血清型别可能引起暴发流行,应加强监测和研究。     

广西单核细胞增生李斯特菌的流行率、毒力特征和分子分型研究

目的 比较广西不同种类食品中单核细胞增生李斯特菌（以下简称单增李斯特菌）的流行情况、毒力特征和分子分型特征,更好地了解单增李斯特菌的遗传特点及其传播的潜力。方法 对来自2002—2020年的210株单增李斯特菌进行全基因组测序（WGS）,分析其序列分型（ST）、克隆群（CC）型及毒力基因。结果 2002—2020年广西53.8%单增李斯特菌分离株来源于肉与肉制品,59.0%分离株来自于谱系Ⅱ,优势ST型为ST8和ST9。79.4%菌株携带LIPI-1基因（hly、prfA、plcA、plcB、mpl、actA）,83.7%菌株携带LIPI-2基因（inlC、inlF、inlJ、inlK）。17.6%菌株携带LIPI-3基因（llsA、llsB、llsD、llsG、llsH、llsP、llsX、llsY）。结论 肉与肉制品是广西单增李斯特菌检出率最高的食品类型,分子分型结果证实了单增李斯特菌种群具有高度的遗传多样性,WGS的高分辨力可用于监测食源性单增李斯特菌病的暴发。毒力基因的分布表明广西单增李斯特菌存在不同程度毒力基因的缺失,应警惕高致病性的菌株引起的食源性暴发事件。     

单核细胞增生李斯特菌毒力基因及其致病机制的研究进展

单核细胞增生李斯特菌是常见的食源性致病菌,广泛存在于环境中。单核细胞增生李斯特菌感染后主要表现为败血症、脑膜炎和单核细胞增多,也可导致孕妇流产、胎死宫内、新生儿死亡等。单核细胞增生李斯特菌致病性与其毒力基因及毒力岛密切相关,其机制是众多毒力因子在各调控因子复杂的网络调控下的结果。本综述旨在了解单核细胞增生李斯特菌毒力基因及其致病机制。     

辽宁省婴幼儿食品源阪崎克罗诺杆菌生物膜与耐药性分析

目的 探究婴幼儿食品中的阪崎克罗诺杆菌在形成生物膜后对其耐药性表达的影响,并对该致病菌的耐药性监测提供建议。方法 本研究对2018—2021年辽宁省婴幼儿配方食品中分离出的58株阪崎克罗诺杆菌进行了15种抗生素的药物敏感性、生物膜成膜力检测和不同生物态下耐药性分析。结果 辽宁省婴幼儿食品中检出的阪崎克罗诺杆菌对头孢唑啉、头孢噻肟、复方磺胺、氯霉素、头孢西丁、萘啶酸、氨苄西林/舒巴坦存在不同程度耐药性,88%的受试菌株对多黏菌素的耐药性达到中介,并且存在多重耐药菌;婴幼儿奶粉源阪崎克罗诺杆菌的耐药性均高于婴幼儿谷物辅食源阪崎克罗诺杆菌;生物膜成膜率100%,中等黏附力菌株居多占61.02%;基于生物膜态对应受试菌的药敏试验结果分析,头孢唑啉、头孢噻肟、亚胺培南、四环素和氨苄西林的药物抗性均增加,复方磺胺的药物抗性消失。结论 辽宁省市售婴幼儿食品中阪崎克罗诺杆菌不仅对多种抗生素具有单一耐药性,且存在多重耐药株;不同生物态的阪崎克罗诺杆菌均对头孢类抗生素药物抗性较高,同时生物膜态可以改变其药物抗性,应持续对婴幼儿食品源中不同生物态的阪崎克罗诺杆菌进行耐药监测。     

成都市冷藏即食预包装熟肉制品中单核细胞增生李斯特菌定量检测及污染风险研究

目的 为探明了解冷藏即食预包装熟肉制品中单核细胞增生李斯特菌（单增李斯特菌）污染情况及潜在风险,本研究针对短保质期的冷藏即食预包装熟肉制品开展单增李斯特菌定量污染风险调查。方法 2022年5~8月,从成都市采集样品64份,依据采用传统培养分离鉴定和RT-PCR分子检测方法进行单增李斯特菌的定性和定量检测,分离菌株提取DNA后进行二代全基因组测序并开展相关流行病学特征分析。结果 检测结果发现64份即食熟肉样品中,6份样品检出单增李斯特菌,检出份数为6/64。6份阳性样品均由某同一工厂生产,其中5份为卤肉三拼样品。定量检测结果表明,卤肉三拼的单增李斯特菌污染水平为30~200 CFU/g;单增李斯特菌阳性的猪肉样品污染水平为<10 CFU/g。阳性样品中的6株分离菌株经全基因组测序分析鉴定为单增李斯特菌,均含有LIPI-1毒力岛相关基因,多序列位点分型发现主要的序列型（ST）为ST3（n=2）和ST121（n=2）,其次是ST8和ST9。单核苷酸多态性（SNP）结果分析发现同一工厂分离到的单增李斯特菌菌株LM22071911和LM22080802之间检测到23个SNP差异,单增李斯特菌株LM22062706和LM22080806之间检测到13个SNP差异,说明在该工厂加工环节存在两种克隆群的单增李斯特菌直接传播的风险。结论 成都市部分市售冷藏即食预包装熟肉制品污染多种李斯特菌,需加强源头控制。     

Characterization of Listeria monocytogenes strains isolated from Gorgonzola cheese rinds

Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen frequently present in ripened soft cheeses. Forty-three strains of L. monocytogenes isolated from the rind of ripened Gorgonzola cheeses produced in 24 different dairy plants were characterized by biotyping, serotyping, and molecular typing. Biotyping was performed by studying two phenotypes closely associated with virulence, such as hemolytic and phospholipase C activities. Traditional typing techniques did not allow a discrimination among the 43 strains studied. All strains showed a good hemolytic activity on blood agar, and only slight differences were observed when titration of hemolytic activity of culture supernatants was performed. Also phospholipase activities were quite similar for all the strains. Concerning serotyping, all strains belonged to serotype 1/2a. The molecular characterization was performed by RAPD-PCR. Combined cluster analysis following PCR amplification experiments allowed to group L. monocytogenes strains into few distinguishable profiles. At a level of similarity of 80%, the 43 strains were grouped into only 5 composite profile groups. Although isolated in 24 different plants, the presence of a few closely related strains demonstrated a possible relationship between these cheese isolates; a special ability of these strains to adapt to Gorgonzola cheese processing environment could be suggested.     

2014—2019年岳阳市食源性蜡样芽胞杆菌溶血素hblA与磷脂酶C plc基因特征分析

目的 了解湖南省岳阳市2014－2019年食源性蜡样芽胞杆菌菌株病原学特征,并为蜡样芽胞杆菌引起的食物中毒事件的科学防控提供依据。方法 对2014—2019年分离自湖南省岳阳市城区餐饮门店的26株蜡样芽胞杆菌菌株的致病毒力因子溶血素BL的hblA基因和磷脂酶C的plc基因进行序列扩增和测序,并使用Seqman和MEGA X软件对蜡样芽胞杆菌的hblA和plc基因进行遗传进化分析。结果 从岳阳市分离到的蜡样芽胞杆菌hblA、plc毒力基因的同源性与GenBank中的蜡样芽胞杆菌群相比均大于93.0%。结论 岳阳市分离的蜡样芽胞杆菌的hblA和plc基因与GenBank中的蜡样芽胞杆菌群的同源性高,具有一定的亲缘关系。本研究为进一步了解和科学防控蜡样芽胞杆菌引起的食物中毒事件奠定了研究基础。     

1株食源性蜡样芽胞杆菌分离株的分子特征毒性及耐药性研究

目的 研究株蜡样芽胞杆菌SCY分离株的毒力和耐药性。方法 使用选择性培养基从银川市某餐厅鱼肉菜肴中培养分离获得蜡样芽胞杆菌SCY分离株,经23S rRNA基因PCR测序鉴定后,通过二代全基因组测序技术分析SCY分离株的基因组特征,进而分别采用免疫组化技术和药敏纸片实验研究SCY分离株的毒性和耐药性。结果 SCY分离株的基因组大小为5.82 Mb,编码基因个数为5 767,编码区总长度占全基因组的85.50%。SCY分离株基因组中共含有11个基因岛、16个CRISPR和5个前噬菌体;其中,SCY编码基因分别在PHI和VFDB毒力因子数据库中注释到了14个和62个毒力基因（Identiy>80,Evalue<0.05）,在CARD耐药数据库中注释到了215个耐药基因（Best Hit evalue<0.05）。小鼠肠道组织切片免疫组化结果表明,炎性因子IL-1β、CASP1和Nlrp3的表达水平发生差异显著性上调。22种细菌抗生素药敏纸片试验结果显示,SCY分离株对氯霉素、克林霉素等高度敏感,对四环素、头孢唑啉、头孢哌酮、氨苄青霉素表现为中介,对青霉素、苯唑西林、哌拉西林、杆菌肽、头孢他啶等10种抗生素表现为耐药,SCY分离株多重耐药情况较为严重。结论 本研究发现的SCY分离株属于肠毒株,携带多种肠毒素毒力基因,且具有典型的多重耐药特征。研究结果为揭示蜡样芽胞杆菌分离株的致病机制提供参考依据。