处理垃圾渗滤液复合式膜生物反应器中微生物群落结构的演变和分析

为了揭示复合式膜生物反应器中微生物群落结构多样性的演变过程,为改进工艺提供依据,分别3次从反应器混合液中和生物膜上采集样品并提取样品的微生物总DNA,然后使用V6-V8区引物对(GC968F/1492R)进行PCR扩增,最后用PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE).DGGE分析表明,在反应器运行初期微生物群落结构变化较大;在整个反应器运行过程中,微生物群落多样性较高;在该系统中,由于有生物填料的存在,可能存在厌氧微环境,所以在该反应器中可能存在短程脱氮和同步脱氮.在反应器运行约2个月时,出现的一些菌群是膜污染物产生和累积的主要因素.     

处理垃圾渗滤液复合式膜生物反应器中微生物群落结构的演变和分析

为了揭示复合式膜生物反应器中微生物群落结构多样性的演变过程,为改进工艺提供依据,分别3次从反应器混合液中和生物膜上采集样品并提取样品的微生物总DNA, 然后使用V6-V8区引物对(GC968F/1492R)进行PCR扩增,最后用PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE).DGGE分析表明,在反应器运行初期微生物群落结构变化较大;在整个反应器运行过程中,微生物群落多样性较高;在该系统中,由于有生物填料的存在,可能存在厌氧微环境,所以在该反应器中可能存在短程脱氮和同步脱氮.在反应器运行约2个月时,出现的一些菌群是膜污染物产生和累积的主要因素.     

PCR-DGGE技术分析浸矿体系细菌群落结构的实验优化

为了研究低品位黄铜矿细菌搅拌浸出的浸矿菌液中的细菌群落结构,对 PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术相关的实验方法进行了优化,主要涉及低丰度基因组 DNA提取方法优化、16SrRNA基因的 PCR扩增条件优化以及变性梯度凝胶电泳条件的优化.结果表明,采用分级离心多次浓缩的方法收集矿浆样品中的菌体,再用试剂盒提取基因组 DNA,有较好效果;使用含特定“GC夹板”的引物5′-CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG-3′进行热启动降落 PCR,能显著提高目的条带的 PCR扩增效率;当 DGGE电泳设置温度为60℃左右,胶浓度为6%,尿素变性梯度为30%~50%,恒定电压为100V,时间为9h时,可以获得效果较好的 DGGE电泳图谱,该优化方案提高了对浸矿体系中细菌群落结构的检测效果     

厌氧活性污泥PCR-DGGE图谱的优化

针对特种污泥PCR-DGGE图谱的优化一直是微生物分子生态学研究的重点.在反硝化抑制硫酸盐还原菌的研究中,研究厌氧硫酸盐还原污泥和反硝化污泥DNA的提取方法,应用通用引物958F/1401R扩增16S rDNA序列,探讨不同的退火温度对DGGE指纹图谱多样性影响,同时采用时间进程法对DGGE图谱进行优化.结果表明,采用PBS洗涤污泥和超声震荡有利于硫酸盐还原污泥DNA提取;采用958F/1401R为引物时,扩增片段大约500 bp,不同的退火温度对DGGE指纹图谱的多样性影响不显著;采用时间进程法可以很好地再现不同电泳阶段对样品的分离效果,最佳变性剂梯度为40%～60%,在130 V电压下,最佳电泳时间为5 h.     

生活污水污泥驯化过程中细菌多样性及演替规律

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析了实验室生活污水处理系统(Anoxic/Oxic工艺)好氧池内细菌多样性及演替规律,推究污泥中优势细菌与水质变化之间的关系.提取不同驯化时期污泥的细菌总DNA,以细菌的通用引物PCR扩增16S rRNA基因V3区,DGGE分析扩增产物,并对优势细菌的DNA片段进行回收、序列分析;构建驯化稳定后污泥的16SrDNA克隆文库.结果表明:系统内细菌群落结构随污泥驯化过程的进行发生了明显的演替变化,克隆文库的序列分析表明污泥中细菌种群具有丰富的多样性,主要包括Proteobacteria类群,Bacteroidetes类群,Firmicutes类群,Zoogloea sp.,Pseudomonas sp.,Rhodobacter sp.,Planctomyces sp.,Clostridium sp.等.DGGE优势条带的测序结果结合水质处理效果分析表明:Proteobacteria类群,Pedobacter sp.,Sphingobacterium sp.对CODcr的去除起到了关键的作用.     

PCR—DGGE用于浓香型大曲微生物群落分析的条件优化

试验对浓香型大曲微生物群落的PCR—DGGE电泳最佳变性剂梯度范围、电泳时间进行了优化。结果表明：细菌DGGE电泳最佳变性剂浓度梯度为35％～55％;而真菌DGGE电泳最佳变性剂浓度梯度为30％～50％。通过时间进程法得出最佳电泳时间为16小时。运用此优化后的PCR—DGGE技术对不同时期曲药微生物群落进行了研究,获得了较丰富的微生物多样性。     

水体微生物多样性PCR-DGGE分析方法的比较研究

PCR-DGGE法是一种分析微生物群落和微生物多样性的分子生物学技术.阐述了在应用PCR-DGGE分析水体微生物多样性研究当中进行优化菌体收集、DNA提取、凝胶染色的方法,结果表明:用过滤法收集菌体更具完整性,用CTAB法提取环境总DNA最佳,用16 h电泳更具可信度,银染法优于EB法.     

PCR-DGGE在真菌群落研究中的应用解析

论述了变性梯度凝胶电泳（DGGE）在真菌群落结构研究中的技术应用的主要步骤：从样品中直接提取真菌DNA,选取5′端含GC夹的特异性引物对18S rDNA或IST序列等的部分片段进行扩增,得到合适的目的DNA片段,并在变性梯度的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳,使不同来源的真菌DNA片段有效分离,再进行各种分类分析。     

水体微生物多样性PCR-DGGE分析方法的比较研究

PCR-DGGE法是一种分析微生物群落和微生物多样性的分子生物学技术．阐述了在应用PCR-DGGE分析水体微生物多样性研究当中进行优化菌体收集、DNA提取、凝胶染色的方法，结果表明：用过滤法收集菌体更具完整性，用CTAB法提取环境总DNA最佳，用16h电泳更具可信度，银染法优于EB法．     

分子生态技术在污染土壤微生物生态研究中的应用

分子生态学技术克服了传统微生物培养技术的限制,可以更精确地揭示环境中微生物种群结构及其遗传的多样性,使得污染微生物生态学的研究进入一个新的阶段.本文主要介绍了基于16S rDNA的分子分析技术,包括16S rD-NA序列分析、ARDRA((扩增rDNA限制性分析)、T-RFLP、RFLP(末端限制性片段长度多态性)技术、RISA(核糖体基因间隔序列分析)法、SSCP(单链构象多态性)分析、DGGE/TGGE(变性/温度梯度凝胶电泳)技术、RAPD(随机扩增多态性DNA分子标记)技术,及其在污染环境微生物多样性研究中的应用研究进展,为污染微生物生态学的进一步研究应用提供帮助.     

BEAC工艺中微生物群落变化和种群稳定性

为了解生物增强活性炭(BEAC)上微生物群落变化和种群的稳定性,从运行13 d、26 d和39 d的BEAC炭柱的上层、中层、下层进行取样,通过细胞裂解来获取基因组DNA,纯化后,用对细菌16S rDNA基因V3区具有特异性的通用引物F357-GC和R518对其进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,得到长约250 bp的PCR产物.用变性梯度凝胶电泳(DGGE)对PCR产物进行分离,获得炭柱内微生物群落的16S rDNA基因V3区的指纹图谱.研究表明:随着反应器的运行,活性炭柱内微生物的群落结构、种类以及数量都具有时序动态性;原水带入的其他菌的种类和数量不断减少;人工强化固定的5株菌一直存在,它们在空间上呈现不同的分布,这些菌经历了动态的演替后,逐渐成为优势菌群,群落结构趋于稳定.固定化菌群的稳定性从根本上保证了整个系统的运行和处理效果的稳定性.     

Microbial community study in a petrochemical industry wastewater treatment system by PCR-DGGE

To improve the efficiency of petrochemical wastewater purification, the relationship between bacterial community structure and pollutants loading/degrading rates in A/O process for petrochemical wastewater treatment was investigated by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of the 16S rRNA gene fragments amplified by polymerase chain reaction (PCR). Results show that while the influent COD and NH4+-N concentrations are 425.92-560 mg/L and 64-100 mg/L respectively, the corresponding average concentrations of the effluent are 160 mg/L and 55 mg/L, which are 1.6 and 3.6 times more than the national standards respectively. It demonstrates that the performance of pollutants removal process is inefficient. The analysis of PCR-DGGE profile indicates that the bacterial community structure of the activated sludge in A/O system is species-rich but unstable, and the highest and the lowest similarity coefficients are 36% and 6.25% respectively, which shows that remarkable community structure evolution exists in the system. The variation of bacterial community structure and pollutants loading influences the removal efficiency of pollutants obviously, and relatively stable community structure leads to the stable operational performance of biological wastewater treatment system.     

PCR技术对浓香型白酒糟醅细菌菌群的解析

为探索中国浓香型白酒发酵糟醅中细菌类微生物区系的形成和演变规律，通过发酵全过程跟踪取样和借助PCR扩增技术，对窖池中心糟醅样品进行了DGGE分析和16SrDNA同源性比较。研究发现，发酵初期表现出明显的微生物多样性分布，共检出Erwinoa、Kozakia、Acetobacter、Bacilllus、Staphylococcus、Lactobacillus、Granulicatella、Arthrobacter、Microbacterivm、Shewanella、Clostridium以及未分类Clostidales等11个以上的细菌分类属；随着发酵的进行，Lactobacillus属细菌成为主要优势菌，检出的有效克隆达到全部克隆的56．1％，并全部为Lac．Acetotolerans（98％）菌株。主要细菌菌群的数量分布及变化趋势揭示，在浓香型白酒糟醅发酵过程中，Lactobacillus属细菌可能充当着重要的角色。     

生物制氢细菌分离培养与分子鉴定技术进展

分离鉴定、培养产氢发酵细菌是提高利用高浓度有机废水制氢系统产氢能力的重要因素.首先对连续流发酵法生物制氢系统进行工程调控和生态位调整,达到产氢最佳的乙醇型发酵阶段后,设计HPB-LR培养基,用改良Hungater等3种厌氧培养技术分离培养产氢菌;采用16S rRNA/rDNA序列分析和16S-23S rDNA间隔区测序技术对分离出产氢细菌进行鉴定.     

长白山湿地细菌群落结构分析及优势菌株鉴定

对长白山北坡和西坡不同湿地的土壤细菌的群落结构及优势菌株进行了总体研究.采用PCR-DGGE分子生物学技术,对湿地土壤样品中总DNA的16S rDNA的V3区进行PCR扩增,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)对扩增产物进行分离.回收了26个清晰的条带,对其中19个特征性条带进行了测序,除了条带12、13、16为可培养的微生物外,其他16个条带都是不可培养微生物.通过传统培养法,利用MIDI微生物鉴定系统,对8种可培养的最优势菌株进行了分析,各菌种分别为Bacillus sp., Bacillus licheniformis, Virgibacillus pantothenticus, Bacillus cereus, Micrococcus luteus, Paenibacillus alginolyticus, 优势菌株间的相似性水平较低.     

厌氧氨氧化细菌的分子生物学鉴定

采用分子生物学方法从厌氧氨氧化污泥中提取细菌总DNA,使用特异性引物进行PCR扩增。扩增产物经过克隆、测序后,得到厌氧氨氧化菌部分16S rDNA序列(长度为838 bp)。将得到的序列构建系统发育树进行分析。结果表明,厌氧氨氧化污泥中的厌氧氨氧化细菌与Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete(AJ131819)细菌在进化上关系最近,并将该类细菌暂命名为Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete ASBBR Gene。     

西施舌16S rRNA基因片段PCR扩增及其核苷酸序列分析

利用酚/氯仿抽提法提取了西施舌闭壳肌总DNA,以总DNA为模板,利用两条16S rRNA基因特异引物,进行PCR扩增,扩增产物测序后进行序列分析。结果从西施舌的闭壳肌提取得到总DNA,获得一个长度约300 bp的PCR扩增产物;测序结果显示此片段为294 bp;核苷酸序列经WU-blast2分析,与Spisula subtruncata(AJ548774)和Corbicula sp(AY097259)的16S rRNA的同源性均为74%。经DNAStar分析,此核苷酸序列A,G,T,C含量分别为35.74%,25.51%,26.19%和13.59%,A T(61.90%)含量明显高于G C(38.10%)含量。