烟草4种病毒的多重RT-PCR检测方法构建

为有效鉴定烟草的主要病毒,包括烟草普通花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)和烟草脉带花叶病毒(Tobacco vein banding mosaic virus,TVBMV),建立了一种同时检测这4种病毒的多重RT-PCR检测方法。通过人工接种4种病毒试验,发现TVBMV在混合侵染中受TMV、CMV和PVY的拮抗作用。为提高4种病毒复合侵染下TVBMV的检测灵敏度,筛选出TVBMV中表达水平最高的PIPO基因,利用该基因结合TMV、CMV和PVY的CP基因,基于保守区域设计引物,并优化引物及模板的浓度,在一个PCR反应体系中稳定扩增获得大小分别为700、452、275和235 bp的产物。该方法实现了对多种病毒的同时检测,适用于目前大部分烟区田间病毒复合侵染的监控。     

烟草中TMV、CMV和PVY多重RT-PCR检测体系的建立与应用

利用DNAMAN软件对GenBank数据库中已登录的烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaicvirus,CMV)和马铃薯Y病毒(Potato virusY,PVY)全基因组序列进行序列比对,选择最保守的区域,进行相应病毒的引物设计,建立了多重RT-PCR检测烟草中TMV、CMV和PVY的技术体系。对3条扩增片段进行回收、测序和BLAST比较,结果表明多重RT-PCR所扩增的片段序列均与预期设计序列相符,同源性均在98%以上。利用多重RT-PCR对广西区132个烟草病毒病样品进行检测分析,结果表明TMV检出率为91.7%,CMV检出率为18.2%,PVY检出率为55.3%。较单一的RT-PCR,具有简便、快速和经济的特点。与酶联免疫吸附法(Enzyme Linked Immunosorbent Assay,ELISA)相比,其检测限度高出ELISA的检测限度104级数,具有更高的特异性与准确性。该方法可以同步快速、特异地检测出烟草中TMV、CMV和PVY病毒的侵染。     

烟草上马铃薯Y病毒的RT-PCR检测

本文根据已报道的PVY CP基因序列,设计合成了2套扩增PVY CP基因全序列和中间部分序列的寡核苷酸引物,用两套程序分别对马铃薯Y病毒普通株系(PV YO)和马铃薯Y病毒坏死株系PV YN) CP基因进行RT-PCR扩增,结果分别得到了与预期大小一致的804和301bp片段,健康植株对照中未扩增到任何产物,建立了RT-PCR检测烟草上马铃薯Y病毒的程序。      

烟草黄瓜花叶病毒一步法RT-PCR检测试剂盒的研制与初步应用

为快速准确地检测烟草黄瓜花叶病毒(CMV),根据黄瓜花叶病毒基因组序列相对保守区域设计了一对特异性引物,整合了反转录和PCR反应所需酶和缓冲液,通过反应条件的优化,建立了基于一步法RT-PCR检测烟叶感染CMV的方法,在此基础上组装了检测试剂盒.进一步分析了该试剂盒的特异性、稳定性和检测灵敏度.结果表明,该试剂盒具有很强的特异性、良好的重复性和较高的灵敏度(模板RNA浓度最低达到10 ng量级).初步应用结果显示,在多个烟区采集的病叶样品检测结果均与ELISA检测结果一致,能够成功检测出CMV.     

烟草白粉病抗性基因型的多重PCR检测体系及其在回交育种中的应用

为提高烟草白粉病隐性抗病基因（感病基因）NtMLO1（M1）和NtMLO2（M2）在分子标记辅助选择育种中基因型的选择效率,根据已报道的M1和M2突变基因序列,设计4对单基因特异性引物,组成2个双重PCR反应体系,分别用于同时扩增M1和M2突变型或M1和M2野生型等位基因。结果表明,建立的2个双重PCR体系扩增的特异性片段与单重PCR体系扩增的片段完全吻合,突变基因纯合体只在突变基因多重PCR体系中产生191和306 bp的特异性片段,野生基因纯合体只在野生基因多重PCR体系中产生437和652 bp的特异性片段,杂合体在2个反应体系中均有特异性片段。利用该体系可经过1次或2次PCR扩增准确检测出回交转育过程中回交或自交后代M1和M2的基因型,加快抗病品种育种进程。      

RT-PCR法检测贝类中的甲肝病毒的研究

在世界范围内,甲肝病毒是与食用贝类有关的主要传染性疾病之一。由于贝类中含有PCR抑制剂以及病毒富集过程中病毒的回收率低,阻碍了天然污染的贝类中HAV的PCR检测。研究中建立了一种经苷氨酸缓冲液洗涤,2次PEG沉降富集病毒,然后进行RNA提取和RT-PCR对贝类中的甲肝病毒进行检测的方法。经比较,采用小体系肠道样品检测比采用全贝检测的富集效果更佳,并比较了PEG8000和PEG6000对病毒富集的效果,回收率分别为13.5%和7.6%,此方法可有效地降低PCR抑制剂的影响,最低检测限可达10个TCID50/1.5 g。     

草莓中诺如病毒和甲肝病毒的多重实时荧光逆转录PCR检测方法的建立

目的建立草莓中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒等3种食源性病毒的多重实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品检测。方法对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA提取和纯化后,先采用单重实时荧光RT-PCR进行检测,随后进行多重实时荧光RT-PCR反应条件优化,建立多重实时荧光RT-PCR检测方法并分析其特异性和灵敏度。结果所采用的病毒富集和核酸提取方法可以实现病毒的有效富集和抑制剂的去除,建立的多重实时荧光RT-PCR方法特异性强(100%),对草莓样品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的检测灵敏度分别为56.2 RT-PCR50/20 g、31.6 RT-PCR50/20 g和31.4 CCID50/20 g。同时对50份样品进行检测,结果均为阴性。结论所建立的检测方法快速、灵敏、特异性强,适用于草莓产品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的同时检测。     

烟草五种土传病原菌的多重PCR快速检测

【目的】建立一种可同时检测烟草黑胫病菌（Phytophthora parasitica）、青枯病菌（Ralstonia solanacearum）、立枯病菌（Rhizoctonia solani）、根腐病菌（Fusarium oxysporum）和根黑腐病菌(Thielaviopsis basicola)5种烟草重要土传病原菌的五重PCR快速检测方法。【方法】筛选5种病原菌的特异性引物组合,通过不同的引物浓度和退火温度对多重PCR体系进行优化,检测体系的灵敏度,并对土壤和植株样品进行测试,验证其实用性。【结果】根据青枯病菌fliC基因、立枯病菌RPB2基因、根腐病菌COI基因以及根黑腐病菌TEF1基因设计特异性引物,并结合已报道的黑胫病菌parA1基因的特异性引物,成功建立5种烟草土传病害的多重PCR检测方法。反应体系(25μL):Sf1/Sr1、Ff1/Fr1、Pf1/Pr1每条引物分别0.3μL,Rf1/Rr1每条引物各1.8μL,TBf1/TBr1每条引物各1μL,2×PCR Mix 12.5μL,退火温度为58℃,灵敏度可达到100 pg/μL。【结论】本研究建立的多重PCR体...     

口蹄疫、水泡性口炎和猪水泡病多重荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立同时检测口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒和猪水泡病病毒的多重荧光RT-PCR检测方法。方法根据口蹄疫病毒3D蛋白编码基因、水泡性口炎病毒N蛋白编码基因和猪水泡病病毒VP1蛋白编码基因的高保守区设计特异性引物和探针,对3种动物病毒进行多重荧光定量RT-PCR扩增。结果经过扩增,可以同时检测口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒和猪水泡病病毒,而其他参试病原均无扩增信号,显示其良好的特异性。对口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒、猪水泡病病毒的最低检测限分别达到101、102、102个质粒拷贝浓度。结论本方法灵敏度高,特异性良好,可实现多种病毒混合感染的同时检测。     

多重PCR快速检测三种食品病原菌

建立一种快速、经济、实用的可以同步检测食品中金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌的多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的方法。根据金黄色葡萄球菌的nuc基因,沙门氏菌的invA基因,小肠结肠炎耶尔森氏菌的ail基因,分别设计了三对引物,对单个基因PCR和单管多重PCR扩增进行特异性、灵敏性实验以及优化反应体系。三对引物能特异性扩增出236、475、127bp的目的条带。建立的多重PCR同时对3种食源性致病菌进行检测具有较高的灵敏度,灵敏度金黄色葡萄球菌为102CFU/mL、沙门氏菌为102CFU/mL、小肠结肠炎耶尔森氏菌为102CFU/mL。初步建立能同步、简便、快速、灵敏地检测食品中金黄色葡萄球菌、沙门氏菌和小肠结肠炎耶尔森氏菌的三重PCR方法。     

多重实时荧光定量PCR分析转基因烟草外源基因拷贝数

[目的]采用多重实时荧光定量PCR方法在一个反应内同时检测转基因烟草中插入外源基因35S、NOS、NPT Ⅱ的拷贝数。[方法]将转基因阳性参照烟草基因组DNA经梯度稀释,通过多重荧光定量PCR反应同时获得烟草内源参照基因NR、外源基因35S、NOS、NPT Ⅱ的相关性标准曲线方程,将待测株系外源基因的Ct值代入标准曲线方程后估算其拷贝数。[结果]获得了上述4个基因的标准曲线,其R2均接近于1,相关性较高。在检测的六个转基因株系中初筛到3株3个外源基因均为单拷贝的株系。[结论]可使用该方法对转基因烟草外源基因插入拷贝数进行估算,为获得稳定遗传材料提供初筛依据。      

实时荧光RT-PCR检测冷冻草莓中诺如病毒

目的：建立冷冻草莓中的GI、GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品的检测。方法：对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA的提取和纯化,然后采用实时荧光RT-PCR进行检测。结果：核酸提取方法能够有效地去除抑制因子,同时对104份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论：所建立的核酸提取与实时荧光RT-PCR结合的检测体系适合于草莓样品中诺如病毒GI、GII型的检测。     

水产品三种致病菌多重PCR检测方法的建立

根据副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的耐热直接溶血素基因(tdh)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的耐热核酸酶基因(nuc)和单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)的侵入关联蛋白基因(iap)分别设计引物,进行PCR扩增及反应条件的优化,建立了对3种菌的多重PCR检测方法.结果表明:3对引物能特异性地扩增出202 bp、484 bp和714 bp的目的片段.优化后的多重PCR反应体系为:10×PCR buffer(Mg2+)2.5 μL、200 μmol/L dNTP、2 mmol/L Mg2+、模板2 μL、2.5 U Taq酶,引物浓度分别为:副溶血弧菌200 nmol/L、金黄色葡萄球菌40 nmol/L、单增李斯特菌320 nmol/L,总反应液25 μL.对贝类模拟样品的检测结果显示,应用多重PCR技术对3种菌的检测限分别为副溶血弧菌2.3×102 CFU/mL、金黄色葡萄球菌2.5×101 CFU/mL、单增李斯特菌1.5×103 CFU/mL.作者通过多重PCR技术实现了对副溶血弧菌、金黄色葡萄球菌和单增李斯特菌的同时检测,具有快速、灵敏度高、特异性强等优点.     

多重RT-PCR法检测燕窝及其制品掺伪成分

目的建立一种食用燕窝中主成分及掺伪成分的双重和三重实时荧光PCR检测方法。方法本研究通过合成金丝燕成分、银耳成分、红藻成分特异性的引物和探针,建立燕窝中主成分及掺伪成分的双重和三重实时荧光PCR检测体系,并设计相应的特异性实验保证检测体系的准确性,最后使用所建立的方法对市售样品进行检测并收集数据,验证多重实时荧光PCR检测方法的适用性。结果本方法可在1 d内完成样品的检测,建立的体系对金丝燕成分、银耳成分的检测灵敏度为0.1 ng/μL,红藻成分的检测灵敏度为0.5 ng/μL;燕窝中掺入银耳的检测限可达到0.1%;燕窝中掺入石花菜的检测限可达到0.5%。结论本研究建立的多重实时荧光PCR检测方法具有准确、灵敏度高、特异性好的优点,可用于燕窝及其制品中掺假物成分的准确定性检测。     

云南省烟草正番茄斑萎病毒属病毒的调查和鉴定

  背景和目的  烟草是云南省支柱产业,近年来烟草斑萎类病害发生严重。了解烟草斑萎类病害在云南的病原种类、病害发生、流行和分布势在必行。  方法  2012以来,本课题组从云南省10个地州市共采集疑似Orthotospovirus属病毒侵染的烟草样品38份,采用症状学观察、酶联免疫吸附反应以及RT-PCR鉴定。  结果  结果显示有20份烟草样品感染Orthotospovirus属病毒,其中番茄斑萎病毒单独侵染样品11份、朱顶红褪绿环斑病毒单独侵染样品4份、番茄环纹斑点病毒单独侵染样品2份、马蹄莲褪绿斑病毒单独侵染样品2份、番茄斑萎病毒和朱顶红褪绿环斑病毒复合侵染1份。  结论  本研究首次报道朱顶红褪绿环斑病毒侵染烟草,同时发现番茄斑萎病毒和朱顶红褪绿环斑病毒复合侵染烟草,鉴定结果对于科学制定烟草斑萎病害综合防治措施,保障云南省烟草种植业的持续健康发展具有重要意义。      

Taqman-MGB探针RT-PCR方法检测食品中脊髓灰质炎病毒

目的：建立食品中脊髓灰质炎病毒Taqman-MGB 探针实时荧光RT-PCR 检测方法。方法：在脊髓灰质炎病毒基因组2A 区设计引物和探针,对3 种血清型脊髓灰质炎病毒进行单独和同时检测。通过参照分子建立标准曲线,对人工接种病毒的牡蛎、蓝莓、生菜和水食品样品进行检测。结果：建立的检测体系分别高度特异于相应血清型病毒检测,对3 种血清型脊髓灰质炎病毒进行单独和同时检测的下限均为2 拷贝参照分子DNA。基于参照分子建立的4 条标准曲线具有很好线性关系(R2 ＝ 0.999)和较高反应效率(1.01～1.04)。对4 种食品样品的分析表明,建立的实时荧光RT-PCR 方法可稳定检测到各添加浓度脊髓灰质炎病毒。结论：建立的Taqman-MGB 探针实时荧光RT-PCR 检测体系适于食品中脊髓灰质炎病毒的检测。     

山东省烟草病毒病毒原鉴定

１９９６年鉴定出５种为害烟草的病毒，它们是马铃薯Ｙ病毒（ＰＶＹ）、黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）、烟草蚀纹病毒（ＴＥＶ）、普通花叶病毒（ＴＭＶ）、马铃薯Ｘ病毒（ＰＶＸ）。其中，烟草蚀纹病毒病（ＴＥＶ）和马铃薯Ｘ病毒病（ＰＶＸ）在山东烟区未见正式报道。烟草马铃薯Ｙ病毒病和烟草黄瓜花叶病毒病是当前生产上发病率较高、造成损失较大的两种病害；同时，黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）和马铃薯Ｙ病毒（ＰＶＹ）的复合侵染也是当前生产上亟待解决的主要问题。     

三种食源性致病菌多重PCR检测方法的建立

目的:建立同时快速检测沙门氏菌、志贺氏菌和肠出血性大肠杆菌O157∶H7的多重PCR方法。方法:根据沙门氏菌的invA基因、志贺氏菌的ipaH基因及肠出血性大肠杆菌O157∶H7的uidA基因设计3对引物,通过单因素实验、L9(34)正交实验优化反应体系,并对多重PCR扩增的敏感性进行分析。结果:3对引物能特异性扩增出495、620、252bp的目的片段;在最优多重PCR反应体系下,多重PCR检测3种致病菌的灵敏度达104CFU/mL;将该法应用于人工污染实验,可在5h内得到准确、稳定的检测结果。结论:该方法操作简单、检测特异性和灵敏度较高,能够实现对沙门氏菌、志贺氏菌和肠出血性大肠杆菌O157∶H7 3种食源性致病菌的快速监控和诊断。      

多重PCR检测4种常见食源性致病菌

目的 建立一种多重聚合酶链式反应法(multiplex polymerase chain reaction, MPCR)快速检测肉制品中金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌和单增李斯特氏菌的分析方法。方法 选取金黄色葡萄球菌nuc基因、沙门氏菌SipB基因、志贺氏菌ipaH基因、单增李斯特菌inlA基因作为目标基因, 设计4对PCR引物, 建立并优化多重PCR反应体系, 评价该体系的特异性和灵敏度, 并对人工污染的熟肉样品进行检测。结果 构建的多重PCR方法特异性强、灵敏度高, 人工污染熟肉匀浆中4种致病菌的检出限为103 CFU/mL。结论 构建的多重PCR检测方法能够快速、准确、高效地检测肉制品中金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌和单增李斯特氏菌, 为食源性疾病菌的快速检测提供参考依据。