恩施市3种泡辣椒样品中细菌多样性研究

以恩施市3种泡辣椒为研究对象,使用MiSeq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术相结合的手段对样品中细菌群落的结构进行解析,并采用传统微生物培养方法及分子生物学技术对其中的乳酸菌进行分离和鉴定。结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为泡辣椒中的优势细菌门,其平均相对含量分别为85.70%、12.59%;乳酸杆菌属(Lactobacillus)为优势细菌属,其平均相对含量达67.37%。通过传统微生物培养方法共分离鉴定出14株乳酸菌,其中7株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),2株为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),3株为屎肠球菌(Enterococcus faecium),2株为香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)。结果表明,泡辣椒中的优势乳酸菌为植物乳杆菌。     

鄂尔多斯地区酸粥细菌多样性分析及乳酸菌的分离鉴定

以采集自内蒙古鄂尔多斯地区的8个酸粥样品为研究对象,利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对样品进行细菌菌群结构及多样性研究,分离鉴定其优势菌株。结果表明:8个样品中的细菌主要来自厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),乳酸杆菌属(Lactobacillus)和醋酸杆菌属(Acetobacter)为优势菌属。乳酸杆菌属在各样品中占比最高,为42.63%～97.49%。SZ1、SZ2样品与其他样品的菌群结构差异较大,可能与不同采集时间有关。对上述样品中的乳酸菌进行分离纯化,通过生理生化试验结合分子生物学方法,鉴定获得1株干酪乳杆菌(Lactobacillus casei),1株发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),2株植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和4株副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。上述研究结果为酸粥工业化生产提供菌种资源和理论依据。     

基于高通量测序技术鉴定酸浆水中的微生物

利用高通量测序技术和传统的分离纯化相结合的方法,以及API 50CHL乳杆菌鉴定试剂盒对酸浆水中的微生物群落组成进行分析,结果表明:酸浆水中的优势菌群为乳酸杆菌;从酸浆水中分离出66株乳酸菌,其中好氧菌36株,厌氧或兼性厌氧菌30株;经试剂盒生化鉴定,得到3种乳酸杆菌L1、L2、L3,其中L1为乳明串珠菌(Leuconostoc lactis),有27株;L2为德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii subsp.lactis),有13株;L3为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),有26株。     

恩施地区酸萝卜中细菌多样性研究

采用Miseq高通量测序技术、变性梯度凝胶电泳技术以及传统微生物学手段对恩施地区酸萝卜中细菌和乳酸菌多样性进行了解析。结果发现酸萝卜中的优势菌主要为隶属于Firmicutes的Lactobacillus和Pediococcus构成,其平均相对含量分别为55.76%和34.50%。经DGGE分析发现,酸萝卜中乳酸菌主要包括L. kefiri、P. tuberculata、L. senmaizukei、L. acetotolerans、L. acetotolerans和L. kefiri。从3个样品中共分离出14株乳酸菌,其中L.plantarum subsp. plantarum 5株,E.faecium、L.paracasei subsp. paracasei、L.fermentum和L.alimentarius各2株以及L.brevis 1株。由此可见,Lactobacillus是恩施酸萝卜中的优势细菌且多样性较高。     

枣阳酸浆水中乳酸菌的可培养多样性及其分离方式评价

采用变形梯度凝胶电泳(DGGE)对浆水样品细菌群落进行分析,使用6种常用的乳酸菌分离方式对酸浆水中的乳酸菌进行了分离与鉴定,并对这些方法的分离效果进行了评价。结果表明,酸浆水样品中乳酸菌的数量约为5×106~2.5×108 cfu/mL,不同来源的浆水样品中乳酸菌数量差异较大。通过这6种培养方式共分离得到90株乳酸菌。经过鉴定,它们是德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentium)、副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)与玉米乳杆菌(Lactobacillus zeae)。在6种乳酸菌分离方式中,非增菌法中厌氧罐-厌氧袋法、厌氧工作站(10% H₂,10% CO₂,80% N₂)及增菌法对酸浆水中的乳酸菌分离效果较好。     

德宏水牛乳饼中乳酸菌的分离鉴定及发酵性能研究

德宏水牛奶乳饼是云南特有的乳制品,微生物资源丰富,是乳酸菌的重要来源,也是分离筛选优良发酵剂的天然基础。本文采用16S rRNA基因序列分析法和纯培养法对15份水牛奶乳饼中乳酸菌种属进行分离鉴定,通过对菌株产酸、产香、发酵乳活菌计数等比较,以筛选出具有优良发酵特性的乳酸菌。结果表明:15份水牛奶乳饼样品中共分离鉴定出57株乳酸菌(3个属,6个种和1个亚种),其中Lactobacillus fermentum和Lactobacillus oris为优势菌属,占总菌属的36.84%和24.56%。57株乳酸菌发酵特性比较后得到两株优势菌株MGR3-1和MBR1-1。此研究为后续开发和应用优良发酵剂提供理论基础。     

浆水中细菌多样性分析及乳酸菌的分离鉴定

为研究自然发酵浆水中细菌的多样性并分离可以用于批量生产浆水的乳酸菌菌株,分析从3个不同地方采集的浆水中的细菌多样性,分离和鉴定浆水中对常见食源性致病菌抑菌效果好的优势菌乳酸菌。提取浆水总DNA,采用Mi Seq技术对细菌16S r RNA的V3~V4区进行测序分析,获得浆水中的细菌多样性。结果显示,乳杆菌在3种浆水中为优势菌,3种浆水中的细菌多样性存在差异,TS_taian和XA_changan 2种浆水中的细菌多样性组成比较相近,而XA_yanta则与前面2种浆水差异性比较大,在3种浆水中检测到致腐菌和可能的致病菌(或条件致病菌)。利用改良的MRS培养基从3种浆水中分离获得35株产生溶钙圈的菌株,挑选其中10株对4种常见食源性致病菌抑制效果好的菌株进行16S r RNA测序鉴定,其中8株为植物乳杆菌,2株为鼠李糖乳杆菌,说明该2种菌在浆水中为优势菌,为今后利用此两株菌进行单菌发酵或混合发酵生产浆水提供一定的理论和实践的依据。     

腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定

以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术（HTS）与变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术相结合的方法对其中所 含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门 为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、 Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸 菌 有 Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp. plantarum 和 Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L. plantarum 7株,L. alimentarius 2株,L. curvatus和L. brevis各1株以及L. sakei 4株。 由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。     

酸菜水中细菌多样性研究

以恩施地区酸菜水为研究对象,使用Miseq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)相结合的手段对样品中的微生物多样性和群落结构进行解析,同时利用纯培养的方法进行乳酸菌的分离鉴定。结果表明:酸菜水中的细菌种类较为丰富,其中隶属于硬壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌属(Lactobacillus)为优势属,其相对含量达76.25%。通过PCR-DGGE技术与纯培养方法发现,酸菜水中的优势乳酸菌为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。     

基于MiSeq高通量测序技术内蒙古地区酸粥细菌多样性研究

从内蒙古地区采集了3个酸粥样品,使用MiSeq高通量测序技术,对其细菌多样性进行了评价。结果表明,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为酸粥样品中的优势细菌门,其平均相对含量分别为87.45%和11.84%。相对含量大于1.0%的属为乳酸杆菌(Lactobacillus)和醋酸杆菌(Acetobacter),其平均相对含量分别为87.23%和11.67%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现13个核心OTUs,其中8个隶属于乳酸杆菌(Lactobacillus),5个隶属于醋酸杆菌(Acetobacter)。通过传统微生物学手段从3个样品中共分离到9株乳酸菌,经鉴定为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和卷曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus)。由此可见,该地区酸粥中的细菌主要为乳酸杆菌(Lactobacillus)和醋酸杆菌(Acetobacter)。     

西藏地区发酵牛乳中产细菌素乳酸菌的筛选及鉴定

从西藏地区藏族传统发酵乳中分离乳酸菌,采用生理生化特性和16S基因序列同源性分析对其进行鉴定,通过双层琼脂平板扩散法筛选具有抑菌活性的菌株。结果表明,共分离37株乳酸菌,其中,乳杆菌属(Lactobacillus)35株、明串珠菌属(Leuconostoc)2株;35株乳酸杆菌为Lactobacillus casei 16株、Lactobacillus paracasei 7株、Lactobacillus plantarum 4株、Lactobacillus fermentum 2株、L.delbrueckii subsp.bulgaricus 2株、Lactobacillus helveti-cus 1株、Lactobacillus diolivorans 3株;7株L.casei和L.paracasei的发酵上清液对3株细菌指示菌表现出明显抑制作用,所有菌株对真菌无抑菌活性;在排除有机酸、H2O2等的干扰和经蛋白酶K处理后,初步确定7株乳酸菌发酵上清液中的抑菌物质为细菌素。     

传统发酵食品-浆水中微生物的分离与初步鉴定

通过对浆水中的微生物进行分离培养及数量测定，查明了浆水中的优势菌为乳酸菌及酵母菌，其次尚有少量放线菌，霉菌为污染菌。从不同样品中分离得到了2株乳酸菌、3株酵母菌，1株放线菌及2株霉菌，通过对其形态、培养特征及生物学特性的研究，初步鉴定2株乳酸菌分属于乳杆菌属（Lactobacillus）和明串珠菌属（Leaconostoc）；3株酵母菌分属于酒香酵母属（Brettanomyces）、隐球酵母属（Cryptococcus）及裂殖酵母属（Schizosaccharomyces）；放线菌属于诺卡氏菌属（Nocardia）；2株霉菌分属于青霉属（Penicillium）和曲霉属（Aspergillus）。     

丹江镇辣椒红酸汤细菌菌群多样性分析及抗食源性致病菌乳酸菌筛选

以贵州丹江镇传统辣椒红酸汤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术进行细菌菌群多样性分析,结合微生物纯培养技术和双层平板法从中分离优势乳酸菌,通过分子生物学技术对其进行菌种鉴定,并筛选抗食源性致病菌乳酸菌。结果表明,辣椒红酸汤样品中的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。从辣椒红酸汤样品中共分离得到17株乳酸菌,经鉴定,11株为干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）、3株为副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）、1株为副干酪乳杆菌亚种（Lactobacillus paracasei subsp.）、1株为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、1株为乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）,其中4株乳酸菌具有较好的产酸和抑菌性能,且干酪乳杆菌ST7-14的抑菌能力最好,对蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）ST2-1和阴沟肠杆菌（Enterobacter cloacae）ST2-6的抑菌圈直径分别为37.0 mm和31.5 mm。     

山羊乳饼中乳酸菌的多样性研究

云南省西北部的剑川县传统上有加工羊乳饼的历史,其产品工艺独特,选用的凝乳剂为发酵酸乳清和贯筋藤浸泡液,乳饼中的乳酸菌资源值得探索。对采自剑川县3个镇的12份羊乳饼样品采用传统培养方法结合16S rRNA基因序列进行鉴定,并绘制乳酸菌系统发育树,探索进化途径和亲缘关系。乳饼中乳酸菌活菌数均大于6.0×107g-1,共鉴定42株乳酸菌,分为6个属,12个种和2个亚种,其中34株杆菌分离株归属2个不同属中的8个种,8株球菌分离株归属4个不同属中的6个种,Lactobacillus plantarum和Lactobacillus fermentum是优势菌株,分别占总分离株的30.95%和21.43%。研究结果有利于乳酸菌资源开发利用。     

自然发酵腐乳中细菌多样性评价

以腐乳为研究对象,利用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术与Miseq高通量测序技术相结合的手段解析及评价细菌多样性,同时利用传统纯培养的方法对乳酸菌进行分离、纯化与鉴定。结果显示:腐乳中主要微生物为变形菌门(Proteobacteria,80.45%),其中绿脓杆菌属、不动杆菌属、鞘氨醇杆菌属、布丘氏菌属和草螺菌属细菌为优势细菌属。同时通过PCR-DGGE和纯培养发现腐乳中鉴定出7株乳酸菌,其中2株为戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),1株为乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici),4株为屎肠球菌(Enterococcus faecium)。由此可知腐乳中蕴含着丰富的微生物资源,同时屎肠球菌(Enterococcus faecium)为优势乳酸菌。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。     

建始地区酸豇豆盐水细菌多样性及乳酸菌分离鉴定

该研究采用MiSeq高通量测序技术对酸豇豆盐水的细菌多样性进行了解析,并通过纯培养方式分离了其中的乳酸菌。结果发现,细菌以硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为主,平均相对含量分别为84.41%和10.52%;细菌属以乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和片球菌属（Pediococcus）为主,平均相对含量分别为57.02%、9.33%、7.07%、4.73%和3.40%;发现44个操作分类单元（OTU）存在于所有样品中,所包括序列占总序列数的25.06%,其中有6个、11个和13个分别被鉴定为假单胞菌属（Pseudomonas）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）,所含序列平均含量分别为4.61%、4.97%和14.46%;通过纯培养共分离出了13株乳酸菌,其中12株被鉴定为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。由此可见,乳酸杆菌为建始地区酸豇豆盐水中的优势细菌,且乳酸杆菌主要为植物乳杆菌。     

传统乳扇中乳酸菌的多样性研究

采用传统培养方法和16SrRNA基因序列分析法对云南洱源地区传统乳扇中的乳酸菌进行多样性分析。结果表明,从9份传统乳扇样品中分离到32株乳酸菌,通过16S r RNA基因序列分析和系统进化关系将32株乳酸菌鉴定为13株Lactobacllus fermentum、10株Lactobacillus reuteri、4株Enterococcus faecium、3株Lactobacillus pontis、1株Enterococcus durans和1株Enterococcus mundtii。Lactobacllus fermentum和Lactobacillus reuteri为传统乳扇中的优势菌种,分别占总分离株的40.63%和31.25%。     

自然发酵风干肠中乳酸菌的分离与鉴定

以自然发酵风干肠为研究对象,分析了细菌总数和乳酸菌菌数的变化情况,结果表明,乳酸菌为风干肠发酵过程中的优势菌群.通过对风干肠中乳酸菌的分离鉴定,共分离出戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)、乳酸乳球菌乳酸亚种(Lactococcus lactis subsp lactis)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus)和发酵乳杆菌(Lactobacilus fermentum)5株乳酸菌.24h产酸速率测定结果表明,弯曲乳杆菌＞短乳杆菌＞乳酸乳球菌乳酸亚种＞戊糖片球菌＞发酵乳杆菌.     

山西老陈醋发酵过程中细菌群落组成与有机酸变化的关系研究

山西老陈醋含有丰富的有机酸,发酵过程微生物种类众多,共同作用赋予山西老陈醋独特的口感,其中细菌是主要的产酸微生物。研究对山西老陈醋整个发酵过程细菌群落组成和有机酸变化规律进行了分析,并利用典范对应分析(CCA)方法对它们之间的关系进行了研究。PCR-DGGE对发酵过程中细菌群落组成分析总共检测到优势菌18株,包括乳酸菌12株,醋酸菌2株,未培养细菌4株,发酵过程中细菌多样性在酒精发酵阶段和醋酸发酵初期逐渐增加,在醋酸发酵后期开始减少,其中部分乳酸菌醋酸发酵阶段开始减少直至消失,醋酸菌在醋酸发酵阶段开始出现并且逐渐增加。乙酸和乳酸占有机酸总量的90%以上,是山西老陈醋的主体有机酸。CCA对应分析结果表明发酵过程中对乙酸生成贡献率较大的菌株分别为Acetobacter pasteurianusGluconacetobacter liquefaciensLactobacillus panisLactobacillus helveticus,对乳酸生成贡献率较大的菌株分别为Lactobacillus reuteriLactobacillus malefermentansLactobacillus fermentum。