利用16S rDNA序列分析鉴定一株产抗菌物质的微生物菌株

从桃子上分离纯化得到1株产抗菌物质的菌株,命名为fmb3菌,通过抑菌实验发现该菌对革兰氏阳性菌蜡样芽孢杆菌、革兰氏阴性菌大肠埃希菌和真菌扩展青霉等3种常见食品病原菌具有显著的抑菌效果。利用16SrDNA分析对该菌作了系统进化鉴定,首先提取fmb3菌基因组DNA,根据不同种属的细菌的16SrDNA序列两端的保守性设计通用引物,对fmb3菌16SrDNA片断进行PCR扩增,对扩增得到的目标片段测序,并且利用NCBIBLAST对测序结果进行比对,构建系统进化树进行分析,初步确定该菌属于枯草芽孢杆菌。     

一株细菌型豆豉发酵菌种的筛选及鉴定

从临沂细菌型豆豉中筛选出一株适于豆豉生产的高产蛋白酶菌种,并对此菌种进行鉴定。结果表明：采用酪蛋白平板初筛,制曲复筛,根据曲样蛋白酶酶活以及游离态含量共选出5株优良菌株用于豆豉的制作,由成品豆豉的理化指标和感官评定认为D2号菌种发酵的豆豉风味好,滋味鲜美。结合生理生化和16SrDNA序列分析初步鉴定D2号菌种为枯草芽孢杆菌,该菌株来源于豆豉,属于安全菌种,具有研究开发价值。     

云南重楼内生细菌的分离鉴定及系统发育树分析

利用云南文山采集的人工栽培和野生云南重楼Paris polyphylla Smith var.yunnanensis(Franch)根茎,对其内生细菌进行了分离、纯化及鉴定。分离得到40和44株云南重楼内生细菌。经16S rDNA测序,在NCBI中比对,MEGA4建系统进化树,所得内生细菌分别鉴定为分属于6和8个属。其中,人工栽培云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和肠杆菌属(Enterobacter)分离频率分别为35%、27.5%,是其优势内生细菌群;野生云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)分离频率分别为36.4%、20.4%,是其优势内生细菌群。本研究结果体现了人工栽培和野生云南重楼内生细菌分布的差异及云南重楼根中内生细菌的多样性,也为后续重楼内生菌的多样性开发提供了理论和实验基础。     

一株产抗菌活性物质解淀粉芽孢杆菌的筛选及鉴定

从菜园土壤中分离筛选到1 株产广谱抗菌活性物质的菌株K6,其抗菌活性物质对藤黄微球菌、大肠杆菌、铜绿假单孢菌、枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌、酿酒酵母、匍枝根霉和白色念珠菌均有抑制作用,其中对革兰氏阳性菌的抑菌作用最强,对霉菌的抑制作用相对较弱。通过形态特征、16SrDNA 序列分析和系统发育分析,菌株K6 与B. amyloliquefaciens 位于同一簇群,同源性达99%,将其初步鉴定为解淀粉芽孢杆菌。     

一株海洋细菌产几丁质酶培养条件研究

从海洋环境中筛选出1株产几丁质酶细菌B-25。进行不同碳源、氮源、温度、pH值等对B-25菌株发酵产生几丁质酶的影响试验,研究几丁质酶的培养条件。该菌株产酶最佳碳源为甘露醇,最佳氮源为蛋白胨,通过培养条件优化,该菌株酶活力达到0.43U/mL,较始发菌株提高了4.9倍。     

产纤维素酶粘细菌的分离鉴定及其酶活测定

采用滤纸分离并纯化得到粘细菌菌株CMC0605,通过形态观察和分子生物学方法对其进行鉴定。从土壤中分离出产纤维素酶的粘细菌菌株,通过总DNA提取、PCR扩增,经16S rDNA测序及序列分析初步鉴定为Myxococcusxanthusstrain CMC 0605。菌株CMC 0605的纤维素酶最适pH6.0～7.0,最适温度40℃。得出的结论是:粘细菌纤维素酶能高效水解纤维素,其纤维素酶资源需要进一步的研究和开发。     

腌鱼中硝酸盐还原菌的筛选及系统发育分析

微生物作用是硝酸盐还原成亚硝酸盐的主要原因,而亚硝酸盐在一定条件下会合成强致癌物质——亚硝胺类化合物,存在潜在的食品安全问题。从浙江省特色腌制水产品腌鱼中分离形态颜色各异的菌株,应用硝酸盐还原实验快速筛选具有硝酸盐还原能力的菌株,进而对筛选的菌株进行形态观察、革兰氏染色、生理生化与分子生物学鉴定。最终筛选出有两株菌具有硝酸盐还原性,F-1菌株为Psychrobacter glacincola,F-2菌株为Psychrobacter faecalis。      

一株降解树脂细菌的鉴定及培养基的优化

采用16SrDNA基因序列比对和进化树分析,鉴定出具有降解天然树脂能力的微生物Z75为enterobacterpulveris。同时,对其进行单因素实验和响应面分析设计实验,得出该菌最优发酵培养基的配方:葡萄糖12.5g/L,酵母粉38.5g/L,MgSO42.5g/L,K2HPO42.5g/L,NaCl30g/L,pH7.63,接种菌龄OD600=1.300。利用新的培养基配方发酵的发酵液,对反应底物颗粒降解从6.5%提高到22.49%,约提高了3.5倍。     

胡萝卜表面产纤维素酶细菌初步鉴定分析

从胡萝卜表面筛选到一株产纤维素酶活性较高的菌株HP1。使用PCR方法获得此菌株长度为1435bp的16SrDNA序列。利用生物信息学方法在美国国立生物技术信息中心NCBI基因库比对分析了该序列,发现其与Bacilluscereus相似性最高,为99%。结合菌落观察和生理生化分析,初步确定菌株HP1为Bacillussp.。序列和生化分析显示其是一株新型的芽孢杆菌,其在NCBI上的登录号是:FJ908092。     

腌鱼中硝酸盐还原菌的筛选及系统发育分析

微生物作用是硝酸盐还原成亚硝酸盐的主要原因,而亚硝酸盐在一定条件下会合成强致癌物质——亚硝胺类化合物,存在潜在的食品安全问题。从浙江省特色腌制水产品腌鱼中分离形态颜色各异的菌株,应用硝酸盐还原实验快速筛选具有硝酸盐还原能力的菌株,进而对筛选的菌株进行形态观察、革兰氏染色、生理生化与分子生物学鉴定。最终筛选出有两株菌具有硝酸盐还原性,F-1菌株为Psychrobacter glacincola,F-2菌株为Psychrobacter faecalis。     

一株产共轭亚油酸乳酸菌的筛选和鉴定

从酸菜汁中分离到一株具有较高产共轭亚油酸(CLA)能力的乳酸菌菌株9#,在小麦胚芽培养基中发酵CLA产量达到64.28μg/mL.通过菌株菌落形态学特征、菌体形态学特征、菌株生化特征和细菌16S rDNA进行的同源性比对,利用MEGA4软件构建系统发育树,表明菌株9#属于干酪乳杆菌(Lactobacillus casei).     

新鲜哈密瓜汁中可培养细菌的分离鉴定及系统发育分析

采用稀释平板法从新鲜哈密瓜汁中分离出48株可培养细菌,通过传统的形态特征鉴定,将其归为10个类群。利用细菌通用引物PCR扩增10个类群代表菌株的16S rRNA基因,并进行序列测定。将获得的序列通过Blast在GenBank数据库中搜索相关菌株的同源性序列,采用Clustal1.81软件比对,用Mega4.1软件构建系统发育树。系统发育分析结合表型特征研究表明,新鲜哈密瓜汁中可培养细菌以芽孢杆菌属为优势微生物类群,主要为枯草芽孢杆菌Bacillus sub-tilis,其次为地衣芽孢杆菌Bacillus licheniformis、苏云金芽孢杆菌Bacillus mojavensis。此外还有铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa、洋葱伯克霍尔德氏菌Burkholderia cepaciastrain、鲍曼不动杆菌Acinetobacter baumannii,以及肠球菌属Enterococcussp、克雷伯氏菌属Klebsiellasp的菌株。     

一株产中性蛋白酶海洋细菌的筛选与初步鉴定

目的从海洋环境及生物中筛选高产蛋白酶菌株,初步研究其生长特性及酶学特性,为进一步研究开发提供依据。方法将从青岛黄海海域的鱼类、贝类、海水、海泥等样品中分离的细菌,用奶粉平板法和Folin-酚法筛选蛋白酶酶活性较高的菌株,测定该菌株的最佳产酶条件并初步检测其酶学特点,通过形态学、分子生物学鉴定,初步确定种属。结果菌株为革兰阴性杆菌,好氧,无芽孢,无荚膜,有鞭毛。奶粉平板上的菌落直径1～2 mm,圆形乳白色、光滑、边缘整齐、半透明。根据16S rDNA序列测定和系统发育树分析,初步鉴定该菌为Aranicola proteolyticus。该菌生长温度15～37℃,最适生长温度25℃。生长pH 5.5～9.0,最适pH 7.5。生长氯化钠浓度0～6%,最适浓度1%;所产蛋白酶的最适酶活性温度40℃,最适pH 7.5。结论菌株XF-1环境适应性较好,为中度嗜冷细菌。所产蛋白酶为中性蛋白酶。     

上海临港海域产蛋白酶海洋细菌的筛选及鉴定

从上海临港海域采集海水及海泥样品,分离得到170株海洋细菌,经酪蛋白点种法初筛及福林酚显色法复筛筛选到一株高产蛋白酶菌株SE2011.通过形态学观察、生理生化鉴定及16S rDNA鉴定和系统发育分析,鉴定为鳗利斯顿氏菌 . 生长特性研究表明,该菌在15～30℃范围内生长良好,最适生长温度为30℃;生长盐度范围为0～7％(W/V),最适生长盐度为1％(W/V) 酶学性质研究表明,该菌所产蛋白酶在30～90℃范围内有活性,最适温度为55℃;在pH6.0～10.0之间有活性,最适pH为8.0,属碱性蛋白酶范畴.     

腐败杨梅中两株细菌的分离与鉴定

以腐烂杨梅为研究对象,采用平板划线分离与斜面纯化技术,筛选出两株编号为YMS-7和YMN-5的细菌,分别提取两株菌的DNA后,扩增16S r DNA序列并克隆测序,获得的基因序列在Ez Bio Cloud数据库中进行同源性比对,构建16S r DNA系统发育树,结合生理生化分析,将YMS-7和YMN-5分别鉴定为类芽孢杆菌Paenibacillus agaridevorans与嗜气芽孢杆菌Bacillus aerophilus。      

一株产细菌素乳酸菌的分离和鉴定

从市售3种酸乳中分离得到4株乳酸菌,通过发酵液的抑菌实验确定S1菌株为细菌素产生菌,综合S1菌株的形态学特征、生理生化特征将其初步鉴定为乳酸乳球菌(Lactococcus lactis.)。在排除过氧化氢和有机酸对指示菌的抑制作用后,确定该菌株产生的抑菌物质为细菌素,该细菌素对大肠杆菌具有较好抑制作用。     

酒鬼酒成熟糖化料细菌的分离和系统发育多样性分析

采集酒鬼酒成熟糖化料样品,采用纯培养法以3种基础分离培养基分离样品中的细菌(含放线菌),采用16S rRNA基因序列分析法对分离菌株进行发育多样性分析。用营养琼脂(nutrient agar)、LA(Luria-Bertani agar)和海洋琼脂(marine agar)培养基进行分离,得到82个细菌菌株。根据菌落形态、细胞形态和革兰氏染色实验结果,去除部分冗余,最终得到47个代表性菌株。系统发育分析结果表明,所得47个代表性菌株分属于细菌域(Bacteria)的5个大的系统发育类群/门(phylogenetic group/phylum),近半数菌株(23株,48.9%)属于厚壁菌门,其中优势菌群为芽孢杆菌科(Bacillaceae)的芽孢杆菌属(Bacillus),共有11个分离菌株(23.4%)。这47个代表性菌株可以归为31个不同物种,且大多数与它们的系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异,16S r RNA基因序列相似性处于96.52%～99.73%之间。其中有2个菌株(JSM 2032011,JSM 2032014)与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间的16S rRNA基因序列相似性较低,可能代表潜在的新分类单元(potential new taxa)。菌株JSM 2032011与假单胞菌属(Pseudomonas)的Pseudomonas hunanensis LVT的系统发育关系最密切,但它们之间的序列相似性较低(97.54%);菌株JSM 2032014与赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus)的Lysinibacillus jejuensis N2-5T的系统发育关系最密切,它们之间的序列相似性只有96.52%。而且这2个菌株在系统发育树上在各自的簇群中形成了独立的进化分支。因此,菌株JSM 2032011和JSM2032014可能分别代表了假单胞菌属和赖氨酸芽胞杆菌属的潜在新种(potential new species)。以上结果表明,酒鬼酒成熟糖化料分离的细菌具有较高的类群多样性和物种多样性,且蕴含着一些新的微生物类群/物种。     

传统干酪中一株产IIa类细菌素乳酸菌的分离与鉴定

从内蒙古传统干酪中分离到一株产抑菌活性物质的乳酸菌M-2，其对单核细胞增生李斯特氏菌、金黄色葡萄球菌等食品中常见致病菌和腐败菌都有抑制作用。排除有机酸、H202等的干扰后，仍有抑菌活性：进一步硫酸铵沉淀、透析及浓缩处理后，其抑菌活性显著增强；用蛋白酶K处理后，其抑菌活性消失，因此确定该抑菌活性物质为蛋白类物质，进而确定乳酸菌M-2为细菌素产生菌。通过生理生化实验和16SrRNA基因序列分析对该菌株进行了鉴定。PCR扩增得到1675bp的16SrRNA序列，并将其通过BLAST软件在NCBI网站中进行同源性比，同时，通过Bioedit7．0和Treedrawing软件绘制系统发育树。结果显示，M-2的16SrRNA序列和数据库中的屎肠球菌SF菌株的序列的同源性为99．87％。在细菌系统发育分类学上，M-2菌株归属屎肠球菌（Enterococcus faecium）。这与生理生化实验初步鉴定结果一致。根据细菌素的分类原则，将该细菌素归类为IIa类细菌素。     

上海临港海域产蛋白酶海洋细菌的筛选及鉴定

从上海临港海域采集海水及海泥样品,分离得到170株海洋细菌,经酪蛋白点种法初筛及福林酚显色法复筛筛选到一株高产蛋白酶菌株SE2011。通过形态学观察、生理生化鉴定及16SrDNA鉴定和系统发育分析,鉴定为鳗利斯顿氏菌。生长特性研究表明,该菌在15～30℃范围内生长良好,最适生长温度为30℃;生长盐度范围为0～7%(W/V),最适生长盐度为1%(W/V)。酶学性质研究表明,该菌所产蛋白酶在30～90℃范围内有活性,最适温度为55℃;在pH6.0～10.0之间有活性,最适pH为8.0,属碱性蛋白酶范畴。      

一株海洋细菌所产琼胶酶酶学特性的研究

从海水中分离筛选到一株高活力的海洋琼胶降解菌2.2-g。通过硫酸铵盐析、透析袋透析、离子交换柱层析和凝胶柱层析,得到了电泳纯的琼胶酶样品,通过SDS-PAGE电泳,其分子量约为55kDa。该琼胶酶的最适pH值和温度分别为7.0和55℃。Mg2 和Ca2 对酶促反应有较强的促进作用,而Mn2 、Zn2 、NH4 、EDTA和SDS等则有不同程度的抑制作用。酶解产物的质谱和核磁共振谱结果证明,该琼胶酶降解琼胶后得到由新琼二糖、新琼四糖、新琼六糖组成的混合物,证明该琼胶酶为β-琼胶酶。