9种蔬菜发酵体系真核微生物群落结构的分析

目的:为了探究发酵蔬菜体系中真菌微生物的群落结构。方法:以市售9种发酵蔬菜为对象,提取其中所有微生物宏基因DNA,通过聚合酶链式反应结合变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术,分离9种发酵蔬菜体系微生物混合真菌18S r DNA V（1-2）区基因片段,采用Quantity One软件分析真核微生物Shannon-Wiener多样性指数和9种发酵蔬菜真菌群落结构相似性聚类分析。通过回收DGGE电泳中荧光强度强、不同时间差异的电泳带,经克隆后测定碱基序列、与Gen Bank库序列对比鉴定。结果:泡菜、榨菜、酱菜和酸菜真核Shannon-Wiener指数差异显著,其中,泡菜真菌的多样性指数差异相对最小。四种工艺发酵蔬菜真核微生物相似性为20%,而酱菜与泡菜的相似性较与榨菜的高。同一工艺不同原料发酵蔬菜真核微生物相似性38%。同一工艺袋装与散装泡菜真核微生物相似性为51%。碱基序列鉴定结果:所有的测序条带均为酵母菌,Trichosporon mucoides sp.、Zyqosaccharomyces sp.存在于市售9种发酵蔬菜样品中,且为优势菌;Candida palmioleophila存在于泡菜、榨菜、酱菜工艺发酵蔬菜中;Dabaryomyces sp.为散装榨菜中所特有的真菌菌群。结论:实验结果表明泡菜工艺下制得的发酵蔬菜制品真菌区系相对于榨菜、酱菜和酸菜稳定;加工工艺对发酵蔬菜真核微生物群落的影响较原料、包装条件的影响显著;同一工艺条件下原料较包装的影响显著。      

海南传统发酵蔬菜中微生物多样性分析

为研究海南发酵蔬菜中微生物的多样性,以采自海南白沙、昌江、临高、琼中、文昌、万宁和五指山7个地区的30份不同种类的发酵竹笋、小西瓜、白菜和豆角样品为研究对象,通过传统分离培养方法、16S rRNA基因序列分析和荧光定量PCR技术对样品中的微生物进行多样性分析。共获得了172株乳酸菌,分属于3个属,16个种,其中乳杆菌属数量最多,占菌株总数的84.30%,肠球菌属和片球菌属分别占15.12%和0.58%,测得每份样品中乳杆菌的平均含量为5.22×10^7 CFU/g,片球菌的平均含量为9.42×10^5 CFU/g,肠球菌的平均含量为1.07×10^4 CFU/g。乳杆菌属是海南发酵蔬菜中的优势菌属,植物乳杆菌是海南发酵蔬菜中的优势菌种。研究表明不同地区、不同种类的发酵蔬菜中微生物多样性存在差异。本研究初步揭示了海南发酵蔬菜中微生物的多样性,为海南微生物资源的深入研究和开发利用打下基础。     

传统发酵成熟期豆瓣酱醅中的微生物群落分析

为了探明传统发酵成熟期豆瓣酱醅中的功能微生物种类,采用免培养法(基因克隆文库的构建技术)对发酵成熟酱醅中的细菌16SrRNA和真菌18SrRNA进行了分析。结果表明,成熟酱醅中存在的细菌分别为Staphylococcus属、Lactobacillus属和Tetragenococcus属,其与具有最高同源性的菌株的相似性分别为99%、98%、99%。成熟酱醅中发现的真菌共5个属,分别为Zygosac charomyces属、Rhizochaete属、Aspergillus属、Rhodotorula属和Phaseoleae environmental sample,与具有最高同源性的菌株的相似性均为99%。      

蚕豆酱传统发酵微生物群落中的菌株相互作用分析

蚕豆酱传统发酵过程中微生物菌群在不同批次保持相对稳定,为了分析这种微生物群落的稳定形成机制,该研究以从发酵过程中分离的不同基因型菌株为实验对象,利用杯碟法和滤纸片法分析优势好氧菌与兼性厌氧芽孢杆菌、乳酸菌及酵母菌的相互作用,同时利用PCR技术检测优势菌株基因组内可能存在的抗菌肽编码基因。研究结果表明,所有厌氧菌和酵母菌株均被1株或多株优势生长的好氧芽孢杆菌菌株抑制,而且部分优势菌株存在较强的抑制作用,同时抑制多个菌种的生长,其中以1株Bacillus subtilis HYM05,1株B.amyloliquefaciens HYM24以及1株B.tequilensis HYM42为典型代表。通过PCR探测,发现HYM42和HYM05的基因组中存在编码Subtilosin以及Plipastatin的基因,而3株菌的基因组中均没有完整地编码Surfactin的3个基因。所以,蚕豆酱传统酿造过程中,好氧芽孢杆菌存在生长优势,通过多个菌株之间的协同相互作用,抑制其他微生物生长,在各个批次之间形成相对稳定的微生物群落结构。     

传统发酵豆酱的微生物群落结构和游离氨基酸组成及其相关性分析

研究传统发酵豆酱产品质量的差异,通过定量描述分析法对吉林省长春、黑龙江省桦南、黑龙江省宝泉岭和黑龙江省黑河4 个地区发酵豆酱样品（分别为ChangC、HuaN、BaoQL、HeiH）进行感官评价,运用高通量测序技术和氨基酸分析技术测定其微生物群落结构和游离氨基酸组成,并探讨两者的相互关系。结果表明：BaoQL感官评价最好。不同豆酱样品的菌群组成差异较大,菌群中优势细菌和优势真菌的种类也各不相同,其中样品HuaN和HeiH的优势细菌为四联球菌（Tetragenococcus）,样品ChangC的优势细菌为乳杆菌（Lactobacillus）,样品BaoQL的优势细菌为魏斯氏菌（Weissella）;样品HuaN和HeiH的优势真菌为青霉菌（Penicillium）,样品ChangC的优势真菌为unclassified-k-Fungi,样品BaoQL的优势真菌为曲霉菌（Aspergillus）。通过对其游离氨基酸进行主成分分析和综合性评价,可得东北不同地区传统发酵豆酱游离氨基酸含量存在差异,样品BaoQL的游离氨基酸综合评分最高,样品ChangC次之,HeiH评分最低。采用偏最小二乘回归模型分析豆酱的微生物多样性和游离氨基酸组成的相关性可知,菌群的种类和丰度对游离氨基酸的组成和含量影响较大,从而影响豆酱的质量,其中对游离氨基酸含量影响较大的细菌为Weissella,真菌为毕赤酵母菌（Millerozyma）和Aspergillus。本研究揭示了豆酱中游离氨基酸与微生物群落组成之间的相关性,为豆酱产品的工业化生产提供理论依据。     

新疆柯尔克孜族传统发酵饮料博扎中微生物群落结构的PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE 技术分析新疆柯尔克孜民族古老传统发酵饮料--博扎(Bozaa)中微生物种群结构,对博扎细菌和酵母菌DGGE 图谱上主要条带的DNA 进行测序和序列分析。结果表明,博扎中细菌组成包括植物乳杆菌(Lactobacterium plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、巴氏醋酸杆菌(Acetobacerpasteurianus)、啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),初步成功解析评估了博扎中微生物的多样性。     

云南省普洱市传统发酵豆豉微生物的群落多样性

豆豉采自云南省普洱市,使用不依赖培养的方法并结合焦磷酸高通量测序分析了豆豉中微生物群落多样性。结果表明,豆豉中的细菌都属于厚壁菌门,主要的优势细菌是嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus),其次是葡萄球菌属(Staphylococcus)。豆豉中的真菌都属于假丝酵母属(Candida),丰度最高的真菌是Candida etchellsii,其次还有Candida apicola和Candida versatilis。所有的真菌和嗜盐四联球菌都是耐盐菌,它们在豆豉中的优势地位显示了普洱豆豉高盐的特点。葡萄球菌属的检出,暗示了豆豉可能存在一定的食品安全隐患。     

青菜泡菜工业发酵过程中微生物群落结构变化分析

采用PCR-DGGE和qPCR技术检测四川工业青菜泡菜发酵过程中微生物群落组成。细菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜中含有2个门,分别是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);共有12个细菌属,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)和假单胞菌属(Pseudomonas)等,其中乳杆菌属的相对丰度最高,qPCR检测其含量为10~7～10~(11) copies/mL。真菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜的真菌属有5个,分别是德巴利氏酵母属(Debaryomyces)、假丝酵母属(Candida)、酵母属(Saccharomyces)、柯达酵母属(Kodamaea)、Cystofilobasidium,其中德巴利氏酵母属的相对丰度最高。     

传统酿造食醋微生物群落结构分析及功能优化

酿醋工业是我国生物技术产业的重要组成部分,2012年我国食醋产量达500万吨,居世界首位。食醋的酿造方法可分为固态发酵和液态发酵两大类。我国的食醋大多采用传统"固态开放式多菌种混合发酵酿醋工艺",该方法酿制的食醋不仅具有酸味,还具有独特的风味和保健功能。食醋发酵过程中,醋酸等风味物质以及川芎嗪等功能性物质的生成是一个十分复杂的生化和物化反应过程,其中主要以微生     

四川传统腊肉中微生物群落结构研究

为了揭示四川腊肉的微生物多样性和群落结构,基于Illumina Mesiq高通量平台,对腊肉样品中细菌16S rRNA的V3-V4区和真菌的ITS区进行测序。结果表明:不同腊肉样品的Shannon指数、Chao1指数和ACE指数存在差异,并且细菌的多样性指数高于真菌;在腊肉样品中共检测出5个细菌门,共有优势门为厚壁菌门(Firmicutes),62个细菌属,共有优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus);4个真菌门,共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),70个真菌属,共有优势属为曲霉属(Aspergillus)。主成分分析结果表明,不同来源的样品间微生物组成有一定差异,为四川传统腊肉的品质控制提供参考依据。     

传统自然发酵蔬菜的显微表征及其细菌群落多样性分析

以陕西西安地区采集的19个市售传统发酵蔬菜为样本,采用扫描电子显微镜与高通量测序技术相结合,对发酵蔬菜样本的显微表征及其细菌群落结构多样性两个方面进行分析研究。结果表明:传统自然发酵蔬菜样品的显微表征显示19个发酵蔬菜样本的细菌菌群结构各有差异,一些占优势的菌群为杆菌,一些为球菌,另一些以酵母菌为主,泡菜样本中的细菌菌群在数量和种类上都较浆水菜样本丰富。总体而言,传统发酵蔬菜样本中菌体大多存在于发酵液中,多于附着在菜体上,而浆水菜样本(GLQ1、GLQ2)菜体上附着的菌体则多以酵母菌为主,泡菜样本则以球菌为主,前者在菜体上附着的菌体要比后者多。该研究选取Illumina MiSeq高通量测序技术,对其中细菌群落丰富的5个样本(HBZ1、HBZ2、LHL2、LHL5、LHL6)针对其16S rRNA V3+V4区基因片段进行扩增,进而对其分析研究,结果5个样本中细菌的属所占的丰度各不相同,样本HBZ1中存在较多的片球菌属和乳杆菌属,前者略高于后者,而在样本HBZ2、LHL2、LHL5、LHL6中的绝对优势菌属为乳杆菌属。优势菌群乳杆菌属(Lactobacillus)在样本HBZ1中的丰度为35.70%,在5个样本中丰度最低,在样本LHL5中的丰度为95.03%,在5个样本中丰度最高,在样本LHL6、LHL2和HBZ2中的丰度依次为94.83%、89.24%、83.36%,片球菌属(Pediococcus)在5个样本中的丰度依次为59.59%(HBZ1)、2.94%(LHL6)、2.19%(LHL2)、1.60%(HBZ2)、1.04%(LHL5),且在细菌群落中,除优势菌外,其余细菌属的丰度较低。可见样本不同,细菌的菌群群落结构差异显著。     

浓香型白酒发酵黄水中微生物群落结构解析

运用传统培养和构建SSU r RNA文库的方法探索发酵黄水中微生物多样性。所获得的151个细菌克隆子分别归为变形菌门、柔膜菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、黏胶球形菌门及放线菌门等6个门以及一个未分类类群,其中厚壁菌门(47.6%)、变形菌门(29.1%)为主要类群。在种属分类水平上,梭菌属(25.8%)、乳酸菌属(15.9%)和沙雷氏菌属(14.6%)为优势菌群。随机选择的37株古菌克隆子均属于广古菌门、甲烷微菌纲,其中以A13为代表甲烷八叠球菌属古细菌(59.5%)及以A8为代表的产甲烷囊菌属(35.1%)占古菌数量的绝大多数。细菌和古菌克隆文库的多样性指数(香浓指数H)分别为2.75和0.83、优势度指数12.88和2.14、盖度指数99.9%和100%。物种鉴定结果显示,黄水中多数微生物为功能性微生物,在营养物质代谢、酸、醇、酯、醛、酮等功能成分合成方面发挥着重要作用,是浓香型白酒香味物质的来源与基础之一。     

传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构分析

以采集不同原料制备的黑龙江省传统自然发酵黏豆包面团为研究对象,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术研究黏豆包中微生物群落结构及其多样性,结果表明：收集到的6?份黏豆包发酵面团样品中细菌组成主要为食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）、融合魏斯氏菌（W. confuse）、肠系膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）和罗氏乳杆菌（Lactobacillus reuteri）,此外还有一些不能培养的细菌。黏豆包发酵面团中含有酵母菌主要为：诞沫假丝酵母（Candida zeylanoides）、卡利比克毕赤酵母（Pichia caribbica）、普兰久浩酵母（Guehomyces pullulans）和一些不能培养的酵母。传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构与面团原料组成有一定相关,本研究可为改良黏豆包品质,开发专属发酵剂,实现黏豆包工业化、规模化、自动化生产提供理论支持。     

传统自然发酵蔬菜的显微表征及其细茵群落多样性分析

以陕西西安地区采集的19个市售传统发酵蔬菜为样本,采用扫描电子显微镜与高通量测序技术相结合,对发酵蔬菜样本的显微表征及其细菌群落结构多样性两个方面进行分析研究.结果表明:传统自然发酵蔬菜样品的显微表征显示19个发酵蔬菜样本的细菌菌群结构各有差异,一些占优势的菌群为杆菌,一些为球菌,另一些以酵母菌为主,泡菜样本中的细菌菌...     

普洱茶发酵过程中可培养微生物的群落结构分析

为建立普洱茶传统渥堆发酵微生物菌种库,改善普洱茶传统发酵工艺,开发新的普洱茶产品,本试验采用传统培养技术、分子生物学测序技术对茶原料(SC)、不同发酵阶段茶样(JC)、发酵空间空气(KQ)和发酵地面(DM)的可培养微生物进行分离培养、纯化、鉴定,并对SC、JC、KQ和DM中的可培养微生物种类的异同进行网络关系分析。结果表明,普洱茶发酵过程中可培养的细菌多样性较真菌丰富,分离到细菌14种,分布于2个门,9个属,Bacillus sp.的微生物种类较多。真菌12种,分布于3个门,6个属,Aspergillus sp.和Arxula sp.的微生物种类较多。发酵茶样与茶原料中的可培养微生物种类相似性较大,与发酵环境中可培养微生物的种类相似性较小。     

朗姆酒发酵过程中微生物群落结构及其动态演替

采用高通量测序技术对朗姆酒发酵过程中的微生物群落结构及其动态演替进行研究,共检出53个细菌属和25个真菌属。结果表明,朗姆酒发酵液中细菌群落多样性始终大于真菌,且细菌群落多样性在第3天添加丹多液后达到最大,此阶段中主要优势细菌为未分类的蓝细菌属（unclassified Cyanobacteria）,第5天的细菌群落多样性最小,此阶段主要优势细菌为厚壁菌门的乳酸杆菌属（Lactobacillus）;真菌群落多样性在第2天最大,酵母菌在整个发酵过程中始终属于优势真菌;采用Mantel text分析样品中微生物群落与环境因子间的相关性,结果显示,在OUT水平上,影响细菌群落和真菌群落多样性的主要是pH值,且真菌群落多样性与pH之间具有显著正相关（P＜0.05）。     

雪茄烟叶发酵过程中微生物群落及功能微生物分析

采用高通量测序和代谢组学对雪茄烟叶发酵过程中理化代谢物质和微生物群落结构进行分析,通过相关性分析和网络分析确定功能微生物及其共生类群,以明确微生物群对雪茄烟叶品质的影响。结果表明：优势微生物属Staphylococcus和Aspergillus的相对丰度在发酵过程中均呈先上升后下降的趋势,并在第21 d分别占据细菌和真菌群落的主导地位;Aspergillus、Staphylococcus、Filobasidium可能对总糖变化和还原糖的生成具有直接或间接作用,Bacillus对含氮物质具有一定的降解作用;Candida作为微生物共生类群和发酵后期的标志微生物属,不仅可以降解含氮物质、合成风味物质,而且对维持微生物群落结构的稳定具有重要作用。     

PCR-DGGE技术分析传统臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对黄山臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落结构组成进行研究。以发酵0~8 d的臭鳜鱼为研究对象,每2 d取样,提取样品的总DNA,同时进行16S r DNA V6~V8区的PCR扩增,产物纯化后进行DGGE分析。结果表明:肠球菌(Enterococcus sp.,D带)、腐败西瓦氏菌(Shewanella putrefaciens,C带)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus,A带)和乙酰微小杆菌(Exiguobacterium acetylicum,F带)在整个发酵过程,特别是发酵后期占较大比例,是黄山臭鳜鱼发酵过程中的优势菌。臭鳜鱼样品的PCR-DGGE图谱相似度分析显示,臭鳜鱼发酵后期菌群结构比较相似,微生物菌落结构趋于稳定。本研究结果为筛选适合工业化生产的发酵菌株,有效控制臭鳜鱼生产中存在的腐败菌、致病菌,对提高臭鳜鱼安全性和产品品质具有一定应用价值。     

传统发酵豆制品中微生物多样性分析

本文围绕传统发酵豆制品中的微生物多样性进行了探讨,概述了传统发酵豆制品的发酵机理和生产现状,分析了目前的研究进展,对发酵豆制品中微生物的多样性进行了论述,供相关人士参考。     

中温大曲在发酵和贮存过程中微生物群落结构分析

通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术解析中温大曲在不同发酵期和贮存期的微生物群落结构,获得表征中温大曲细菌和真菌群落结构的DGGE指纹图谱。结果表明,中温大曲细菌有19种,其中芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）均属于优势菌群;真菌共13种,其中根霉属（Rhizopus）和酵母属（Saccharomyces）均属于优势菌。大曲微生物总体的变化趋势是发酵开始时微生物数量较少,发酵中期（4～8 d）微生物数量达到顶峰,大量细菌和真菌旺盛繁殖,发酵后期（12 d）微生物群落逐渐减少并趋于稳定;贮存期内,微生物的种类的趋于平稳,数量变化较大。