基于网络药理学探索芪甲扶正方治疗非小细胞肺癌的分子机制

目的:基于网络药理学研究芪甲扶正方治疗非小细胞肺癌的潜在分子机制。方法:利用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库筛选芪甲扶正方中药物的成分,并进行靶点预测,通过TCGA、TTD、CTD等数据库筛选非小细胞肺癌相关靶点,构建疾病模型。获得共有靶点后,构建"药物-靶点"映射网络,并通过网络拓扑分析方法筛选关键靶点,进行GO富集和KEGG通路分析。结果:本研究共预测得到106个芪甲扶正方治疗非小细胞肺癌的潜在靶点,利用网络拓扑分析筛选得到20个关键靶点。根据关键靶点GO富集分析和KEGG通路注释结果,芪甲扶正方可能具有调节一氧化氮合酶活性、细胞外基质降解、细胞周期蛋白结合、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶活性等分子功能,其作用通路与膀胱癌、雌激素信号转导、VEGF信号、非小细胞肺癌、IL-17信号转导等通路相关。结论:芪甲扶正方通过多靶点作用于非小细胞肺癌,其主要机制与调节一氧化氮合酶活性、细胞周期、细胞外基质降解等生物学过程,并可影响多条癌症相关通路。     

基于网络药理学的酒炖白芷药效作用机制研究

目的:通过网络药理学研究酒炖白芷的活性成分、作用靶点、相关信号通路和疾病的关联性,揭示酒炖白芷药效的作用机制。方法:选取酒炖白芷中27个活性成分,依据反向药效团匹配(Pharm Mapper)方法预测活性成分作用靶点,进而构建活性成分-作用靶点、疾病-作用靶点-通路网络,进行GO富集和KEGG通路富集分析,研究酒炖白芷的作用机制。结果:根据疾病-作用靶点-通路网络分析,涉及偏头痛的关键靶点为ESR1、IL-2和NOS3;涉及鼻炎的关键靶点为EGFR和MAPK8;涉及癫痫的关键靶点为GSTA1、GSTP1和GSTM1。GO富集条目1316个,其中生物过程相关的条目1172个,分子功能相关的条目48个,细胞组成相关的条目96个。KEGG通路117条,主要涉及hsa04024、hsa04022、hsa04151、hsa04370、hsa04014等通路。结论:酒炖白芷的药效作用机制体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,本研究为酒炖白芷炮制机理、药效作用的深入研究及都梁丸的临床应用提供科学依据。     

基于网络药理学方法分析小半夏汤药效物质及作用机制

目的:运用网络药理学方法研究小半夏汤活性成分、靶点、通路及生物过程,探讨其药效物质及作用机制。方法:通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM分析平台获取小半夏汤活性成分及靶点;采用string数据库构建PPI网络,运用Cytoscape软件进行可视化展示;通过DAVID数据库富集靶点KEGG信号通路;利用BINGO、ClueGO插件进行GO生物过程富集和聚类分析。结果:发现小半夏汤16种活性成分作用于209个靶基因,主要富集在心血管、神经、癌症、炎症等7大类30条KEGG通路;SRC、MAPK1、FOS、JUN、CREB1、ESR1、 BCL2、TNF等43个关键靶基因,主要参与轴突再生、神经元投影再生等神经生物过程。结论:小半夏汤除了化痰散饮、和胃降逆的传统功效外,还可能在炎症、癌症以及心血管和神经系统方面具有药理作用。     

先天性心脏传导阻滞药物作用靶点的生物信息学研究

目的通过对CHB药物靶点的研究,为研发CHB特异性治疗药物提供理论依据。方法 201609-201812月,构建与先天性心脏传导阻滞直接相关的阳性基因和蛋白集合以及候选阴性集,通过语义相似性计算两个集合间基因的相关性,利用ENDEAVOUR数据库对潜在药物靶点进行功能注释,然后使用GENECODIS对潜在药物靶点蛋白及基因分别进行GO、KEGG、SNP和MicroRNA富集分析。结果挖掘出20个潜在的CHB药物靶点,GO富集分析发现药物靶点蛋白分子功能主要集中于电压门控离子通道活性、转运活性和信号转导活性等;KEGG通路主要富集于钙信号传导通路;SNP富集次数最多的是C/T,出现773次;MicroRNA富集分析发现有15个基因富集于hsa-miR-770-5P上。结论候选阴性集中的20个蛋白可能是CHB潜在的药物靶点,可能为下一步CHB的治疗和药物研发奠定基础。     

麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎邪热壅肺证的潜在药效物质及作用机制探析

将网络药理学和分子对接技术相结合,旨在探析麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)邪热壅肺证的潜在药效物质,并预测其作用机制.首先利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选麻杏石甘汤的主要活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-靶点"网络并进行分析.借助Uniprot数据库和Genecards数据库分别获取靶蛋白基因名和疾病相关靶点,将二者的共同靶点上传STRING数据库构建蛋白质相互作用核心网络,筛选出核心靶标.通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.最后利用分子对接软件将关键活性成分与潜在治疗COVID-19的作用靶点进行对接筛选.结果表明,麻杏石甘汤采用多种活性成分作用于多个靶点,通过炎症通路、抑制细胞因子风暴、免疫调节等多条途径,从而对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用.     

茯苓杏仁甘草汤与橘枳姜汤“同病异治”冠状动脉粥样硬化性心脏病

目的:基于网络药理学方法探讨茯苓杏仁甘草汤与橘枳姜汤治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的作用靶点及可能作用机制。方法:利用TCMSP、DrugBank数据库,采用口服生物利用度和药物相似性筛选获取茯苓杏仁甘草汤与橘枳姜汤的成分和靶点,通过CTD、DrugBank数据库筛选抗冠心病相关的蛋白,构建成分-靶点网络图,用DAVID数据库对基因富集分析,通过KEGG通路分析结果,获得参与相关通路的候选基因及功能。结果:目前,茯苓杏仁甘草汤与橘枳姜汤的化学成分分别为186、163个;茯苓杏仁甘草汤与橘枳姜汤共有270个潜在靶点,其中256个潜在靶点与冠心病相关;成分-靶点网络图显示两方可能通过CHRM2、PTGS2、SLC6A2、CHRM1与PTGS1等关键基因,经由神经信号传递通路、cGMP-PKG信号通路、钙离子信号通道、血清素神经突触和甲状腺激素信号通路等干预冠心病的进程。茯苓杏仁甘草汤调节NOS2、PTGS2、F2、ABAT与PLA2G2E基因及Mapk信号通路和Egf信号通路等通路发挥特有的干预冠心病基础;F12、CHRM5、SELE、OPRD1与HAS2基因及抗生素的生物合成、脯氨酸代谢等通路的调控为橘枳姜汤特有的治疗冠心病机制。结论:茯苓杏仁甘草汤及橘枳姜汤药物之间存在相同及不同的化学成分及靶点效应干预冠心病,通过分析成分、靶点及通路的相互关系分析"同病异治"的科学内涵。     

基于生物信息学探讨植物拟南芥的UV-B辐射保护机制

UV-B照射对植物的分子和细胞造成损害,为了适应生存植物也进化出一套UV-B保护机制.为了更好地了解植物的UV-B保护机制,本研究采用生物信息学的方法对公共数据库中UV-B响应相关的基因进行深入挖掘.采用GEO2R挖掘GEO数据库中的表达芯片数据(GSE3533和GSE22951),获取差异表达基因,然后采用Venny 2.1.0、DAVID、STRING、Cytoscape 3.6.1等工具对差异表达基因进行深入分析.通过对GSE3533和GSE22951的差异表达基因做交集,共鉴定到251个上调DEGs和246个下调DEGs.功能富集分析结果显示,上调的DEGs共注释到58个GO条目和5条KEGG通路中,下调的DEGs共注释到46个GO条目和3条KEGG通路中.上调的DEGs主要与karrikin反应、UV-B反应、热反应、UDP-糖基转移酶活性和类黄酮生物合成等功能相关,下调的DEGs则主要与戊糖和葡萄糖醛酸互变异构、脂肪酸延长等功能相关.PPI网络分析总共鉴定3个与UV-B相关的核心基因,其中AT5G25930、F3H在UV-B处理组中表达升高,AT3G49670在UV-B处理组中表达降低.结果表明,通过对UV-B表达芯片及其DEGs进行深入分析得到3个关键基因,为揭示植物的对UV-B辐射保护机制提供了未来的研究方向.     

基于网络药理学探讨半夏厚朴汤作用机制

目的:基于网络药理学分析半夏厚朴汤的重要成分与作用机制,为半夏厚朴汤的临床应用、实验研究提供客观依据。方法:基于中药系统药理学分析平台检索半夏厚朴汤的化学成分,以口服生物利用度≥30%和类药性≥0. 18为标准筛选主要活性成分;运用Swiss Target Prediction系统依次检索各活性成分的作用靶点,并构建半夏厚朴汤活性成分-靶点网络图、靶蛋白互作网络图;利用David平台进行KEGG信号通路以及GO生物过程富集分析。结果:通过筛选共挖掘出半夏厚朴汤主要活性成分44个,其相应的作用靶点218个,并筛选出100个关键作用靶点以及10条重要的信号通路。结论:本研究初步揭示了半夏厚朴汤的药效物质基础,并探讨了半夏厚朴汤的药理作用机制,为半夏厚朴汤的临床应用以及实验研究提供了重要参考依据。     

has-miR-155-5p靶基因预测及其生物信息学分析

深入了解miR-155-5p参与的生命过程和疾病类型,为后续的功能研究提供理论依据。对miR-155-5p进行生物信息学分析发现,已知的其成熟序列在不同物种间高度保守;基因本体论(GO)分析发现其分子功能显著富集于杂环化合物结合、核酸结合等,生物学过程主要富集于细胞大分子代谢、生物调节和有机物代谢等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现其显著富集于癌症通路、MAPK和Fox O信号通路等。分析结果表明miR-155-5p通过调控靶基因在人类生命活动和疾病发生发展过程中起重要作用,尤其是作为癌症早期诊断和预后的生物标志值得进一步研究。     

红白锦鲤皮肤转录组测序分析

为进一步开发红白锦鲤Cyprinus carpio haematopterus肤色基因资源,采用Illumina PE150高通量测序技术对体长为(28.34±3.12)cm的红白锦鲤的白色和红色皮肤组织进行了转录组测序,获得116.26 Gb Clean Date,并与Nr、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG等7个数据库进行BLAST信息比对,共获得10 476个注释基因。结果表明:Nr数据库注释成功比例最高,为35.62%;通过功能、通路富集分析,差异基因富集在包括激动蛋白细胞骨架调节/黏着斑通路在内的132个代谢途径;随机选取9个差异基因进行qRT-PCR验证发现,红白锦鲤皮肤差异表达基因的表达趋势与RNA-seq定量结果一致,表明转录组测序结果是可靠的。本研究中获得的转录组数据可为今后观赏鱼肤色关键基因开发及功能分析等研究提供基础数据。     

住宅楼安装中央空调的加固案例分析

文章通过两处住宅用房安装中央空调的事例,现场查勘、验算与鉴定,证实了在住宅用房的混凝土梁上钻孔洞安装中央空调管线的做法,影响了房屋结构的安全,同时给出了加固处理意见,提出了个人的几点看法.     

测量标志普查资料汇集技术处理

为了适应新的形势发展需要,安徽省国土资源厅已启动新一轮测量标志普查工作。与过去不同,此次普查在资料汇集、调查人员组织、调查资料归档与调用等方面做了较大变革,文章简明阐述了变革后的测量标志普查资料汇集技术处理的过程。     

Regularities of development of settling of models of deep footings

Conclusions 1. The effect of relative penetration on the change in magnitude of settlement is substantial. With the same specific pressure on the base the settlement of the model decreases as the relative penetration increases.2. Published data on values of unit friction forces along lateral surfaces of deep foundations were confirmed. The maximum value of resistance along the side surface was 2 tons/m².3. It was established that the realtionship between the settlement of the model and its diameter is nonlinear. This is of great importance in working out a method for calculating foundations of deep footings from deformations especially if one considers that in this case the foundation carries substantial pressures and deforms under conditions of strongly developed shear regions.Translated from Osnovaniya, Fundamenty i Mekhanika Gruntov, No. 6, pp. 11–12, November–December, 1971.     

自动扶梯逆行故障成因与分析

对自动扶梯突然反转而导致逆行故障的类别和成因进行了分析,讨论了逆行速度及症状,分析了逆行概率及风险,并针对逆行提出了一些对策。     

浅析步行街的建筑工效学——上海市吴江路步行街建筑工效学调研

从建筑工效学的角度对上海市吴江路休闲步行街进行了调查研究，根据调查结果，分析了其在建筑工效学上的一些特点与不足之处并进行了探讨，以期对步行街的建筑工效学设计提供准确的参考。     

环境的共鸣--大连水产学院图书馆的设计

本文通过对大连水产学院图书馆的介绍,向人们展示了建筑与环境之间相辅相成,共同作用,引起环境共鸣的原则方法.     

浅谈饲料中有效能的测定技术

饲料中有效能是供动物生长发育的基础。不同动物所用的有效能体系不同,目前大多数动物采用消化能、代谢能体系,但随着研究的发展与深入,发现最能反映饲料有效能的是净能体系。无论哪种体系,采用合理的测定技术准确测定饲料中的有效能值显得尤其重要,通过对饲料有效能值的准确测定可以实现动物所需能量的精确供给,减少养殖成本,使经济效益最大化。文章综述了几种有效能评价体系的测定技术。     

混凝土碳化深度的灰色预测

混凝土碳化是导致钢筋混凝土结构耐久性损伤的主要原因之一。为了预测混凝土碳化深度,本文建议采用一种基于灰色系统理论的预测模型,该模型可以根据已知的混凝土碳化序列,较精确地预测未来时刻的碳化深度。文章最后以实例说明了该模型的应用。