基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性

目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性。方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对。结果:初乳组样本共得到19个门,292个属和437个种。而常乳两组样本共得到7个门,203个细菌属和330个细菌种,初乳组的细菌多样性高于常乳组。初乳组中的优势菌属为金黄杆菌属（Chryseobacterium）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单胞菌属（Pseusomonas）,而常乳组中的优势菌则为金黄杆菌属（Chryseobacterium）、乳球菌属（Lactococcus）、肠球菌属（Enterococcus）。样本层级聚类显示:初乳组与常乳组组间群落差异不显著。PCA与PLS-DA分析表明:两组样本组间菌群结构差异显著。结论:三品杂水牛初乳与常乳均呈现较丰富的多样性,常乳组中细菌多样性显著高于初乳组。     

基于16S rDNA高通量测序技术分析水牛原料乳中细菌的多样性

为研究不同品种水牛原乳中的细菌组成,本研究采用16SrDNA高通量测序技术分析了印摩拉水牛、尼里·拉菲水牛及三品杂水牛原乳中的细菌多样性,结果显示,3品种原料乳样本中的细菌种类覆盖430个种314个属,共540个OTU,其中包括有益菌如乳酸杆菌(Lactobacillus)和致病菌如大肠埃希菌属志贺菌(Escherichia-Shigella);各样本的菌群组成和相对丰度分析结果表明,不同品种原料乳中主要菌群组成和优势菌均呈现明显差异,其中三品杂、摩拉、尼里·拉菲水牛原料乳中的优势菌属分别为肠球菌属(Enterococcus)、籍伏氏菌属(Vogesella)、假单胞菌属(Pseudomonas),样本中还有部分未鉴定的细菌,需要进一步研究。     

基于高通量测序技术奶豆腐核心细菌类群的研究

使用MiSeq高通量测序技术对15个奶豆腐样品中细菌多样性进行了解析。结果表明,新疆维吾尔自治区塔城地区奶豆腐中优势细菌门为Proteobacteria(变形菌门)、Frimicutes(硬壁菌门)、Actinobacteria(放线菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)。在所有样品中均存在且相对含量大于1.0%的细菌属为Lactobacillus(乳杆菌属,19.66%)、Acetobacter(醋酸杆菌属,16.69%)、Lactococcus(乳球菌属,13.90%)、Enterobacter(肠杆菌属,11.42%)、Staphylococcus(葡萄球菌属,3.33%)、Acinetobacter(不动杆菌属,2.79%)和Streptococcus(链球菌属,1.14%)。核心分类操作单元矩阵OTU注释为乳酸杆菌属、Macrococcus(巨球菌属)、乳球菌属、肠杆菌属、不动杆菌属和醋酸杆菌属。由此可见,塔城地区奶豆腐中含有大量的细菌类群,且以乳杆菌属、醋酸杆菌属、乳球菌属和肠杆菌属细菌为主。     

基于高通量测序对宜宾芽菜中细菌群落结构分析

目的:研究宜宾芽菜发酵过程中细菌微生物多样性。方法:采用Illumina高通量测序技术对芽菜样本中所有细菌的16S V1-V3区进行测序,应用QIIME软件和Mothur软件分析和统计样品序列数目、OUT数量,并进行聚类分析。结果:宜宾芽菜发酵过程中6个阶段的样本共获得204997条有效序列,优化后有效序列数为41703条,共9202个OTU分类;主要细菌类群为Firmicutes(厚壁菌门)下的Bacillus(芽孢杆菌属),Bacteroidetes(拟杆菌门)下的Flavobacteriaceae(黄杆菌属)和Sphingobacterium(鞘脂杆菌属),Proteobacteria(变形菌门)下的Sphingomonas(鞘脂单孢菌属)、Acidovorax(嗜酸菌属)、Chromohalobacter(色盐杆菌属)和Pseudomonas(假单胞菌属)以及Actinobacteria(放线菌门)下的Arthrobacter(节杆菌属)。结论:宜宾芽菜发酵过程中细菌菌群处于动态变化中,随着发酵的进行,部分细菌逐渐减少或消失,优势细菌趋于稳定。     

应用16S rDNA全序列测序技术鉴定生鲜乳中的细菌种类

采用玻璃珠法提取生鲜乳中分离的34株细菌基因组DNA,用细菌通用引物(27f/1492r)PCR扩增16S r DNA片段并测序,与Gen Bank数据库同源序列比对,系统发育树聚类分析,并结合形态学和生理学特征确定了34株菌的种属地位。结果表明,共鉴定出16个种属。3个生鲜乳样中细菌种类及其分布特点不同。其中1号样有7种细菌,以Acinetobacter sp.(不动杆菌属)为主,2号样有6种细菌,以Klebsiella sp.(克雷贝氏杆菌属)为主,3号样有6种细菌,分布较为分散。从致病性来看,分离菌株主要为条件致病菌或腐败菌,无烈性致病菌。     

哈密地区奶疙瘩微生物多样性研究

采用MiSeq高通量测序技术对采集自新疆维吾尔自治区哈密地区4个奶疙瘩样品中微生物多样性进行解析。结果表明,奶疙瘩中细菌门主要隶属于硬壁菌门（Firmicutes,44.47%）、变形菌门（Proteobacteria,41.63%）和放线菌门（Actinobacteria,5.77%）;真菌门主要隶属于子囊菌门（Ascomycota,77.10%）、担子菌门（Basidiomycota,11.74%）和毛霉菌门（Mucoromycota,7.36%）。细菌属主要隶属于乳杆菌属（Lactobacillus,21.34%）、醋杆菌属（Acetobacter,12.44%）、不动杆菌属（Acinetobacter,9.86%）和乳球菌属（Lactococcus,9.06%）;真菌属主要隶属于毕赤酵母属（Pichia,19.53%）、曲霉属（Aspergillus,18.94%）和耐碱酵母属（Galactomyces,15.87%）。核心分类操作单元（operational taxonomic units,OTU）中细菌类群主要以Lactobacillus、Acetobacter、Acinetobacter和Lactococcus为主,核心真菌类群主要以Pichia、Aspergillus和Backusella为主。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较传统发酵乳、肉食品中细菌多样性

为全面了解内蒙古特色发酵食品中细菌微生物多样性,比较不同发酵食品的细菌群落结构。运用高通量测序技术,对发酵乳制品(饼状奶酪、棒状奶酪及奶豆腐)和发酵肉制品(发酵香肠、风干羊肉和风干牛肉)中细菌群落组成和多样性进行分析。本研究中共获得194568条有效序列,237个OTU。菌群多样性分析表明:发酵肉制品中菌群Shannon指数较高于发酵乳制品,乳肉制品之间的菌群组成差异较大。发酵乳制品中主要以厚壁菌门为主,而发酵肉制品则以厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,发酵乳制品的优势菌属为乳杆菌属,而发酵肉制品中的优势菌属为假单胞菌属,次优势菌属为乳杆菌属。在种水平上,由于未检测到的菌群含量较高,所以不能确定乳、肉制品优势菌种,而在发酵乳、肉食品中可检测到的菌群中清酒乳杆菌含量较高。通过16s预测功能分析,发酵乳、肉食品中的绝大部分细菌与转运代谢有关,如脂肪代谢、氨基酸代谢等功能。     

PCR-DGGE分析西藏雪莲菌细菌多样性

细菌是雪莲菌中的重要功能菌群,对于雪莲菌的形成及其功能作用的发挥有着重要作用,因而探明其细菌的种群特征具有重大意义。本文采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和16S r DNA测序技术对3个西藏雪莲菌颗粒(A、B和C)中细菌多样性进行了研究。DGGE电泳结果显示,样品的丰度值介于12~16之间,细菌多样性指数在1.79~2.11之间,相似性指数在0.62~0.77之间。通过对DGGE指纹图谱优势条带切胶测序结果显示:它们分别属于马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir)、气单胞菌属(Aeromonas)和醋酸菌属(Acetobacter)。旨在为雪莲菌微生物资源开发以及加快雪莲菌工业化生产奠定基础。     

来凤地区泡凤头姜盐水细菌群落结构及功能解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北来凤地区泡凤头姜盐水样品的细菌菌群结构进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能进行预测。结果表明,泡凤头姜盐水样品中的细菌菌群归属于19个门、46个纲、96个目、163个科和393个属;优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、气单胞菌属（Aeromonas）、乳球菌属（Lactococcus）、拉恩氏菌属（Rahnella）、弧菌属（Vibrio）、肠杆菌属（Enterobacter）、克吕沃氏菌属（Kluyvera）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、黄杆菌属（Flavobacterium）和欧文氏菌属（Erwinia）,其中Lactobacillus为主要的核心细菌类群（累计相对含量16.97%）;泡凤头姜盐水样品中细菌的基因主要富集在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及能量生产和转换功能上。     

传统发酵乳制品中微生物多样性研究

为了探究传统发酵乳制品中核心菌群,本研究采用454焦磷酸测序技术对传统发酵酸牛奶、酸马奶和酸驼奶样品中微生物的群落多样性和丰度进行了分析。研究发现,在三份传统发酵乳制品中存在一定共有微生物群。这部分共有微生物的OTU(可分类操作单元)数目较少,但拥有较大比例的序列数。在门水平上,三份样品细菌和真菌菌门分别以Firmicutes(硬壁菌门)和Ascomycota(子囊菌门)为主。在属水平上,酸牛奶样品中的细菌属以Lactococcus(乳球菌属)为主,真菌菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主;酸马奶样品中的细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,真菌属以Vanderwaltozyma(范氏酵母属)为主;酸驼奶样品的优势细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,优势真菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主。在三份样品共有菌群中Lactococcus与Galactomyces、Lactococcus与Leuconostoc(明串珠菌属)的相对含量存在显著负相关(p<0.05),Leuconostoc与Galactomyces、Gibberella(赤霉菌属)与Prevotella(普氏菌属)的相对含量存在显著正相关(p<0.05)。结果表示,在三份传统发酵乳制品中存在共有微生物群落,且该微生物群群落之间存在一定相关关系。     

Effect of prepartum feeding on milk yield and calf growth rate in limited-suckled and nonsuckled buffaloes

Two experiments were conducted to measure response to prepartum feeding using 101 Nili-Ravi buffaloes of mixed ages and lactation numbers. Nutritional treatment was initiated approximately 75 d before calving and stopped at parturition. Levels of prepartum feeding were moderate and high in Experiment 1 and high and very high in Experiment 2. Estimated daily intakes of metabolizable energy by buffaloes on moderate, high, and very high intake treatments were 31.9, 45.8, and 50.6 Mcal, respectively. Prepartum feeding affected the BW gain by buffaloes in both experiments. Yields of milk and milk fat for first 75 d were greater for buffaloes on higher prepartum feeding treatments. In Experiment 2, buffaloes suckled for a limited time produced more milk than nonsuckled buffaloes, but the difference was small. Calf birth weight increased with increasing prepartum feeding in both experiments. Gain in BW of buffalo calves from birth to 75 d of age had no relationship with birth weight. In Experiment 2, calf weight gain was influenced by the interaction of dam's prepartum feeding and suckling. In conclusion, improvement in prepartum feeding can be used to increase milk yield and birth weight of Nili-Ravi buffaloes.     

利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析原料乳的菌群分布

为测定原料乳中的菌群分布情况,应用Illumina MiSeq高通量测序方法,主要对14?个奶牛场的原料乳进行采集,通过DNA测序确定菌群的多样性及致病菌的分布情况,进行操作分类单元聚类分析、Alpha多样性分析、物种分类分析3?方面的测定。结果表明不同牧场的菌群存在多样性,位于前列的分别是肠球菌属（Enterococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）,同时表明,个别牛场原料乳中有金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）和志贺菌（Shigella）的存在。     

基于PCR-DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼细菌多样性评价

作为我国传统的发酵食品,腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以16 s rDNA基因为标靶,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与Mi Seq高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。PCR-DGGE结果表明,腊鱼样品中的细菌以Psychrobacter和Lactobacillus为主。Mi Seq高通量测序结果表明,腊鱼中的优势细菌门主要为变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),其平均相对含量分别为61.29%、30.21%、5.34%和1.74%。腊鱼中的优势细菌主要为Psychrobacter、Brochothrix、Pseudomonas、Staphylococcus、Acinetobacter、Vibrio、Pseudoalteromonas和Chryseobacterium,其平均相对含量为35.70%、19.74%、7.13%、7.12%、4.19%、3.90%、3.09%和1.98%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现了64个核心OTU,累计平均相对含量高达62.67%。由此可见,恩施地区腊鱼中的优势细菌主要由隶属于Proteobacteria的Psychrobacter及隶属于Firmicutes的Brochothrix构成,且不同样品共有大量的核心细菌菌群。     

Signatures of selection reveal candidate genes involved in production traits in Chinese crossbred buffaloes

Identification of selection signature is important for a better understanding of genetic mechanisms that affect phenotypic differentiation in livestock. However, the genome-wide selection responses have not been investigated for the production traits of Chinese crossbred buffaloes. In this study, an SNP data set of 133 buffaloes (Chinese crossbred buffalo, n = 45; Chinese local swamp buffalo, n = 88) was collected from the Dryad Digital Repository database (https://datadryad.org/stash/). Population genetics analysis showed that these buffaloes were divided into the following 2 groups: crossbred buffalo and swamp buffalo. The crossbred group had higher genetic diversity than the swamp group. Using 3 complementary statistical methods (integrated haplotype score, cross population extended haplotype homozygosity, and composite likelihood ratio), a total of 31 candidate selection regions were identified in the Chinese crossbred population. Here, within these candidate regions, 25 genes were under the putative selection. Among them, several candidate genes were reported to be associated with production traits. In addition, we identified 13 selection regions that overlapped with bovine QTLs that were mainly involved in milk production and composition traits. These results can provide useful insights regarding the selection response for production traits of Chinese crossbred buffalo, as identified candidate genes influence production performance.     

单分子实时测序技术研究不同来源原料乳中群落组成及多样性

目的 采用三代单分子实时测序法(single molecule real time sequencing,SMRT)研究北京和内蒙古两地原料乳中的细菌群落组成及多样性,解析其携带污染菌的差异,为原料乳质量及风险评估提供基础数据.方法 收集北京和内蒙古两地春夏季和秋冬季的原料乳样品20份,采用SMRT技术对其进行基于16...     

高通量测序技术对不同采奶环节细菌多样性的研究

为探究影响生鲜乳质量的采奶环节中的细菌多样性,本研究选取河北地区具有代表性的荷斯坦奶牛养殖场,对采奶环节的4个重要环节(牛乳头消毒前C1、牛乳头消毒后C2、采奶罩杯E、储奶罐奶M1)中的细菌多样性特征进行研究与分析,利用高通量测序方法研究了个4个样点中24个样本的细菌多样性特征.结果共获得1152394对读数,聚成90...     

水牛乳中可培养乳酸菌多样性分析

采用传统分离培养方法,从三品杂交生水牛奶混合样品中,分离出105株乳酸菌,通过形态、生理生化、API细菌鉴定系统及16S rDNA基因序列分析方法对各菌株属种进行鉴定。16S rRNA序列分析结果显示,105株菌共分为5个属8个种,呈现较为丰富的乳酸菌多样性,具体数量分布为乳酸乳球菌21株,植物乳杆菌19株,格氏乳球菌17株,乳明串珠菌13株,食窦魏斯氏菌11株,肠膜明串珠菌8株,类肠膜魏斯氏菌6株,嗜热链球菌5株,糊精乳杆菌5株。由此可知,水牛乳中可培养乳酸菌优势菌群的主次关系为：乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）＞植物乳杆菌（Lactobacillus plantaru）＞格氏乳球菌（Lactococcus garvieae）＞乳明串珠菌（Leuconostoc lactis）＞食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）,此为后续开发水牛乳中优势乳酸菌资源提供了良好的理论基础。     

中国主要牧区特色干制发酵乳制品细菌多样性和游离氨基酸及脂肪酸特征性分析

为研究我国主要牧区特色干制发酵乳制品中细菌、游离氨基酸、脂肪酸组成及其相关性,通过高通量测序技术对新疆酸奶疙瘩、西藏曲拉、内蒙古奶渣子和云南乳扇中细菌16S rDNA V4-V5区测序,利用气相色谱-质谱联用技术和液相色谱技术分别测定脂肪酸和游离氨基酸含量,最后再利用冗余分析研究细菌群落与α多样性、脂肪酸和游离氨基酸的相关性。高通量测序结果表明,干制发酵乳制品样本共获得2 421 338条reads,其中clean reads为1 871 524条,云南乳扇中细菌Chao1指数和Shannon指数均明显高于其他3个地区的干制乳制品样品。细菌群落组成分析发现,不同干制乳制品样品的菌群组成差异较大,4个地区的干制乳制品中的菌群均以Firmicutes为主,其中新疆酸奶疙瘩的Firmicutes相对最高,西藏曲拉的Proteobacteria相对于其他地区的干制乳制品占比最高。在属水平上,不同地区的干制乳品主要以Lactococcus或Lactobacillus为主。脂肪酸分析发现,云南乳扇中的16种脂肪酸均高于其他3个地区。对游离氨基酸进行分析,共检出24种游离氨基酸,其中新疆酸奶疙瘩的游...